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万見
- PDB-6x0o: Single-Particle Cryo-EM Structure of Arabinosyltransferase EmbB f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x0o
タイトルSingle-Particle Cryo-EM Structure of Arabinosyltransferase EmbB from Mycobacterium smegmatis
要素Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Glycosyltransferase / nanodisc
機能・相同性
機能・相同性情報


indolylacetylinositol arabinosyltransferase / indolylacetylinositol arabinosyltransferase activity / arabinosyltransferase activity / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / cell wall organization / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Arabinofuranosyltransferase, central domain / Arabinofuranosyltransferase, domain 1 / Arabinosyltransferase, C-terminal / Arabinosyltransferas, concanavalin like domain / Arabinosyltransferase, C-terminal, subdomain 2 / Mycobacterial cell wall arabinan synthesis protein / EmbC C-terminal domain / Arabinosyltransferase concanavalin like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / Probable arabinosyltransferase A / Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Tan, Y.Z. / Rodrigues, J. / Keener, J.E. / Zheng, R.B. / Brunton, R. / Kloss, B. / Giacometti, S.I. / Rosario, A.L. / Zhang, L. / Niederweis, M. ...Tan, Y.Z. / Rodrigues, J. / Keener, J.E. / Zheng, R.B. / Brunton, R. / Kloss, B. / Giacometti, S.I. / Rosario, A.L. / Zhang, L. / Niederweis, M. / Clarke, O.B. / Lowary, T.L. / Marty, M.T. / Archer, M. / Potter, C.S. / Carragher, B. / Mancia, F.
資金援助 米国, ポルトガル, European Union, カナダ, 12件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM128624 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM111980 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM132120 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R21 AI119672 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103310 米国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPD/BD/128261/2016 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPTDC/BIA-BQM/30421/2017 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaIF/00656/2014 ポルトガル
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITNNo 731005European Union
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITNNo 823780European Union
Canadian Glycomics Network (GLYCONET) カナダ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM116799 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of arabinosyltransferase EmbB from Mycobacterium smegmatis.
著者: Yong Zi Tan / José Rodrigues / James E Keener / Ruixiang Blake Zheng / Richard Brunton / Brian Kloss / Sabrina I Giacometti / Ana L Rosário / Lei Zhang / Michael Niederweis / Oliver B ...著者: Yong Zi Tan / José Rodrigues / James E Keener / Ruixiang Blake Zheng / Richard Brunton / Brian Kloss / Sabrina I Giacometti / Ana L Rosário / Lei Zhang / Michael Niederweis / Oliver B Clarke / Todd L Lowary / Michael T Marty / Margarida Archer / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Filippo Mancia /
要旨: Arabinosyltransferase B (EmbB) belongs to a family of membrane-bound glycosyltransferases that build the lipidated polysaccharides of the mycobacterial cell envelope, and are targets of anti- ...Arabinosyltransferase B (EmbB) belongs to a family of membrane-bound glycosyltransferases that build the lipidated polysaccharides of the mycobacterial cell envelope, and are targets of anti-tuberculosis drug ethambutol. We present the 3.3 Å resolution single-particle cryo-electron microscopy structure of Mycobacterium smegmatis EmbB, providing insights on substrate binding and reaction mechanism. Mutations that confer ethambutol resistance map mostly around the putative active site, suggesting this to be the location of drug binding.
履歴
登録2020年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月8日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月6日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_audit_support.country

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21983
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,3615
ポリマ－118,8351
非ポリマー1,5264
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2550 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area44500 Å2

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要素

#1: タンパク質 Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB


分子量: 118835.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: embB, MSMEI_6221 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: I7GAQ2, UniProt: A0R614*PLUS, indolylacetylinositol arabinosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.119 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影

Imaging-ID: 1 / 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1

ID平均露光時間 (sec.)電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル実像数
186.478.02FEI FALCON III (4k x 4k)2158
2877.53GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)7833
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 80

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリImage processing-ID
1Gautomatch0.53粒子像選択1
2Leginon3.4画像取得
4cryoSPARC2CTF補正1
5RELION2.1CTF補正1
6cisTEM1CTF補正1
9UCSF Chimera1.13モデルフィッティング
10Coot0.8モデルフィッティング
12cryoSPARC2初期オイラー角割当1
13cryoSPARC2最終オイラー角割当1
15cryoSPARC2３次元再構成1
16Gautomatch0.53粒子像選択2
18cryoSPARC2CTF補正2
19RELION2.1CTF補正2
20cisTEM1CTF補正2
21cryoSPARC2初期オイラー角割当2
22cryoSPARC2最終オイラー角割当2
24cryoSPARC2３次元再構成2
25PHENIX1.14モデル精密化
画像処理
IDImage recording-ID
11
22
CTF補正
IDEM image processing-IDタイプ
11PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
22PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択
IDImage processing-ID選択した粒子像数
11162271
22700201
対称性
IDImage processing-IDEntry-ID点対称性
116X0OC1 (非対称)
226X0OC1 (非対称)
3次元再構成

Entry-ID: 6X0O / 粒子像の数: 57970 / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 対称性のタイプ: POINT

IDImage processing-ID詳細
11Combined with K2 dataset
22Combined with Falcon III dataset
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
原子モデル構築PDB-ID: 3PTY

3pty


Accession code: 3PTY / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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