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- PDB-6sn1: Crystal structure of the human INTS13-INTS14 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sn1
タイトルCrystal structure of the human INTS13-INTS14 complex
要素
  • Integrator complex subunit 13
  • Integrator complex subunit 14
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Integrator / Interlocked chains / VWA / pseudosymmetrical heterodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of fertilization / snRNA 3'-end processing / snRNA processing / protein localization to nuclear envelope / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / flagellated sperm motility / integrator complex / centrosome localization / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / regulation of mitotic cell cycle ...regulation of fertilization / snRNA 3'-end processing / snRNA processing / protein localization to nuclear envelope / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / flagellated sperm motility / integrator complex / centrosome localization / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / regulation of mitotic cell cycle / mitotic spindle organization / nuclear body / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Integrator complex subunit 14 / Integrator complex subunit 14, beta-barrel domain / Integrator complex subunit 14, C-terminal / Integrator complex subunit 14, beta-barrel domain / Integrator complex subunit 14, alpha-helical domain / Cell cycle regulator Mat89Bb / Cell cycle and development regulator Mat89Bb / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrator complex subunit 14 / Integrator complex subunit 13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Jonas, S. / Sabath, K. / Staeubli, M.L.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation182880 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: INTS10-INTS13-INTS14 form a functional module of Integrator that binds nucleic acids and the cleavage module.
著者: Sabath, K. / Staubli, M.L. / Marti, S. / Leitner, A. / Moes, M. / Jonas, S.
履歴
登録2019年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrator complex subunit 13
B: Integrator complex subunit 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,1728
ポリマ－143,5962
非ポリマー5766
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11360 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area46450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)190.987, 115.354, 147.819
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Integrator complex subunit 13 / Cell cycle regulator Mat89Bb homolog / Germ cell tumor 1 / Protein asunder homolog / Sarcoma antigen NY-SAR-95


分子量: 86069.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS13, ASUN, C12orf11, GCT1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NVM9
#2: タンパク質 Integrator complex subunit 14 / von Willebrand factor A domain-containing protein 9


分子量: 57526.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS14, C15orf44, VWA9 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96SY0
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 6.0), 0.75 M AmSO4 and 1% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→45.47 Å / Num. obs: 107306 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 55.76 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.54→2.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 10162 / CC1/2: 0.354 / Rpim(I) all: 1.012 / Rrim(I) all: 3.806 / % possible all: 95.33

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MLPHARE位相決定
SHELXD位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.54→45.47 Å / SU ML: 0.4516 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.2423
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2437 5463 5.09 %
Rwork0.2241 --
obs0.2252 107306 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 81.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→45.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7895 0 30 90 8015
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00198085
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48110989
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03921268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00321413
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.84664911
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.54-2.570.4681480.4712953X-RAY DIFFRACTION86.79
2.57-2.60.45581750.43683348X-RAY DIFFRACTION99.55
2.6-2.630.411740.42883364X-RAY DIFFRACTION99.72
2.63-2.670.42151700.38773368X-RAY DIFFRACTION99.8
2.67-2.70.39541940.38233366X-RAY DIFFRACTION99.97
2.7-2.740.35631790.35043370X-RAY DIFFRACTION99.75
2.74-2.780.38371620.33393393X-RAY DIFFRACTION99.94
2.78-2.820.34181750.32143395X-RAY DIFFRACTION99.89
2.82-2.860.34972110.31743314X-RAY DIFFRACTION99.83
2.86-2.910.3331890.29553400X-RAY DIFFRACTION99.86
2.91-2.960.31171720.29373382X-RAY DIFFRACTION99.97
2.96-3.010.30171690.28953410X-RAY DIFFRACTION99.94
3.01-3.070.35331830.29143359X-RAY DIFFRACTION99.97
3.07-3.130.33571730.29433410X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.20.30412090.27923361X-RAY DIFFRACTION99.97
3.2-3.280.26851920.26033391X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.360.28961780.25023404X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.450.27941900.2513381X-RAY DIFFRACTION99.92
3.45-3.550.25851860.24363397X-RAY DIFFRACTION100
3.55-3.670.27321920.23973411X-RAY DIFFRACTION100
3.67-3.80.23671770.22133396X-RAY DIFFRACTION99.97
3.8-3.950.24281900.21013397X-RAY DIFFRACTION99.97
3.95-4.130.20121890.18413430X-RAY DIFFRACTION100
4.13-4.350.17431650.17083447X-RAY DIFFRACTION100
4.35-4.620.20181780.16593439X-RAY DIFFRACTION100
4.62-4.970.20182020.17163412X-RAY DIFFRACTION100
4.97-5.470.1841810.18933502X-RAY DIFFRACTION100
5.47-6.260.23831750.21343456X-RAY DIFFRACTION100
6.26-7.890.21171810.20173537X-RAY DIFFRACTION100
7.89-45.470.17612040.16963650X-RAY DIFFRACTION99.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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