PDB-5j9r: Structure of Penicillin V acylase from Agrobacterium tumefaciens

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j9r

タイトル

Structure of Penicillin V acylase from Agrobacterium tumefaciens

要素

Choloylglycine hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Ntn hydrolase / Penicillin V / quorum quenching / cholylglcine hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

choloylglycine hydrolase activity / choloylglycine hydrolase
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Ramasamy, S. / Avinash, V.S. / Pundle, A.V.

引用

ジャーナル: Appl. Microbiol. Biotechnol. / 年: 2017
タイトル: Penicillin V acylases from gram-negative bacteria degrade N-acylhomoserine lactones and attenuate virulence in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Sunder, A.V. / Utari, P.D. / Ramasamy, S. / van Merkerk, R. / Quax, W. / Pundle, A.

履歴

登録	2016年4月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j9r.cif.gz	249.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j9r.ent.gz	202.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j9r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/5j9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/5j9r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wl2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3spl-d 4k8s-d 5lnu-d 4i0i-d 3nsh-d 2hiz-d 2p83-d 3spd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Choloylglycine hydrolase

B: Choloylglycine hydrolase

D: Choloylglycine hydrolase

C: Choloylglycine hydrolase

144 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.660, 134.771, 215.075
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	D
1	3	A
2	3	C
1	4	B
2	4	D
1	5	B
2	5	C
1	6	D
2	6	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 326 / Label seq-ID: 1 - 326

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	D	C
1	3	A	A
2	3	C	D
1	4	B	B
2	4	D	C
1	5	B	B
2	5	C	D
1	6	D	C
2	6	C	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Choloylglycine hydrolase 分子量: 36124.570 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 遺伝子: SY94_4548 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star / 参照: UniProt: A0A083ZJN8, choloylglycine hydrolase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 12% (w/v) PEG 3350, PEG Rx crystallization screen

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.988 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月17日 / 詳細: Rh coated collimating mirrors, K-B focusing mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.988 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→39.55 Å / Num. obs: 37299 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WL2

4wl2

解像度: 2.8→38.067 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24505	2000	5.4 %	RANDOM
R_work	0.20843	-	-	-
obs	0.21037	35236	99.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.717 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.8→38.067 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10180	0	0	33	10213

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	10140
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	9460
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.599	1.938	13796
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.679	3	21744
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.061	5	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.43	24.196	448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.661	15	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.247	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	11532
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	2368
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.627	3.734	5064
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.626	3.734	5063
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.276	5.596	6316
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.276	5.596	6317
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.276	4.008	5076
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.276	4.008	5077
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.908	5.885	7481
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.093	30.039	11313
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.093	30.041	11314
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	18235	0.13
1	2	B	18235	0.13
2	1	A	18078	0.13
2	2	D	18078	0.13
3	1	A	18463	0.13
3	2	C	18463	0.13
4	1	B	18035	0.13
4	2	D	18035	0.13
5	1	B	17962	0.14
5	2	C	17962	0.14
6	1	D	18099	0.14
6	2	C	18099	0.14

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	144	-
R_work	0.314	2547	-
obs	-	-	99.7 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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