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万見
- PDB-6wwz: Cryo-EM structure of the human chemokine receptor CCR6 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wwz
タイトルCryo-EM structure of the human chemokine receptor CCR6 in complex with CCL20 and a Go protein
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • C-C chemokine receptor type 6,C-C chemokine receptor type 6
  • C-C motif chemokine 20
  • scFv16
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / Chemokine / Chemokine receptor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


isotype switching to IgA isotypes / DN3 thymocyte differentiation / thymocyte migration / positive regulation of flagellated sperm motility involved in capacitation / CCR6 chemokine receptor binding / Beta defensins / sperm principal piece / regulation of T cell migration / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / T cell migration ...isotype switching to IgA isotypes / DN3 thymocyte differentiation / thymocyte migration / positive regulation of flagellated sperm motility involved in capacitation / CCR6 chemokine receptor binding / Beta defensins / sperm principal piece / regulation of T cell migration / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / T cell migration / DN2 thymocyte differentiation / lymphocyte migration / chemokine receptor activity / CCR chemokine receptor binding / lymphocyte chemotaxis / leukocyte migration involved in inflammatory response / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / vesicle docking involved in exocytosis / chemokine-mediated signaling pathway / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Chemokine receptors bind chemokines / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / chemokine activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / dendritic cell chemotaxis / sperm plasma membrane / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / photoreceptor outer segment membrane / regulation of heart contraction / spectrin binding / positive regulation of epithelial cell migration / plasma membrane => GO:0005886 / Interleukin-10 signaling / monocyte chemotaxis / humoral immune response / : / mu-type opioid receptor binding / photoreceptor outer segment / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / sperm flagellum / positive regulation of T cell migration / cellular response to interleukin-1 / negative regulation of insulin secretion / cellular defense response / G protein-coupled serotonin receptor binding / sperm midpiece / cardiac muscle cell apoptotic process / photoreceptor inner segment / neutrophil chemotaxis / cell chemotaxis / locomotory behavior / muscle contraction / calcium-mediated signaling / electron transport chain / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / cellular response to type II interferon / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling
類似検索 - 分子機能
CC chemokine receptor 6 / Chemokine CC, DCCL motif-cointaining domain / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / Chemokine receptor family / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain ...CC chemokine receptor 6 / Chemokine CC, DCCL motif-cointaining domain / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / Chemokine receptor family / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / G-protein alpha subunit, group I / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / Few Secondary Structures / Irregular / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha / Soluble cytochrome b562 / C-C chemokine receptor type 6 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / C-C motif chemokine 20
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Wasilko, D.J. / Johnson, Z.L. / Ammirati, M. / Han, S. / Wu, H.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for chemokine receptor CCR6 activation by the endogenous protein ligand CCL20.
著者: David Jonathan Wasilko / Zachary Lee Johnson / Mark Ammirati / Ye Che / Matthew C Griffor / Seungil Han / Huixian Wu /
要旨: Chemokines are important protein-signaling molecules that regulate various immune responses by activating chemokine receptors which belong to the G protein-coupled receptor (GPCR) superfamily. ...Chemokines are important protein-signaling molecules that regulate various immune responses by activating chemokine receptors which belong to the G protein-coupled receptor (GPCR) superfamily. Despite the substantial progression of our structural understanding of GPCR activation by small molecule and peptide agonists, the molecular mechanism of GPCR activation by protein agonists remains unclear. Here, we present a 3.3-Å cryo-electron microscopy structure of the human chemokine receptor CCR6 bound to its endogenous ligand CCL20 and an engineered Go. CCL20 binds in a shallow extracellular pocket, making limited contact with the core 7-transmembrane (TM) bundle. The structure suggests that this mode of binding induces allosterically a rearrangement of a noncanonical toggle switch and the opening of the intracellular crevice for G protein coupling. Our results demonstrate that GPCR activation by a protein agonist does not always require substantial interactions between ligand and the 7TM core region.
履歴
登録2020年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21950
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
C: C-C motif chemokine 20
Y: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
A: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha,Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
S: scFv16
R: C-C chemokine receptor type 6,C-C chemokine receptor type 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,5086
ポリマ－173,5086
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area13150 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area60610 Å2

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 BYA

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 38744.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gnb1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P54311
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2


分子量: 7563.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P59768*PLUS
#4: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha,Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha


分子量: 28195.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAO1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P09471

-
タンパク質 , 2種, 2分子 CR

#2: タンパク質 C-C motif chemokine 20 / Beta-chemokine exodus-1 / CC chemokine LARC / Liver and activation-regulated chemokine / Macrophage ...Beta-chemokine exodus-1 / CC chemokine LARC / Liver and activation-regulated chemokine / Macrophage inflammatory protein 3 alpha / MIP-3-alpha / Small-inducible cytokine A20


分子量: 8043.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL20, LARC, MIP3A, SCYA20
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P78556
#6: タンパク質 C-C chemokine receptor type 6,C-C chemokine receptor type 6 / CCR-6 / Chemokine receptor-like 3 / CKR-L3 / DRY6 / G-protein coupled receptor 29 / GPR-CY4 / ...CCR-6 / Chemokine receptor-like 3 / CKR-L3 / DRY6 / G-protein coupled receptor 29 / GPR-CY4 / GPRCY4 / LARC receptor


分子量: 60064.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCR6, CKRL3, CMKBR6, GPR29, STRL22
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P51684, UniProt: P0ABE7*PLUS

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抗体 , 1種, 1分子 S

#5: 抗体 scFv16


分子量: 30895.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1CCR6-CCL20-Go complexCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1, Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2COMPLEX#1, #31RECOMBINANT
3C-C motif chemokine 20, Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha,Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha, C-C chemokine receptor type 6,C-C chemokine receptor type 6COMPLEX#2, #4, #61RECOMBINANT
4scFv16COMPLEX#51RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Rattus norvegicus (ドブネズミ)10116
23Homo sapiens (ヒト)9606
34Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
23Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
34Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESHEPES1
2100 mMSodium ChlorideNaCl1
30.001 %Lauryl Maltose Neopentyl GlycolLMNG1
40.0002 %Cholesteryl HemisuccinateCHS1
50.2 mg/mlFLAG Peptide1
63 mMFluorinated Fos-Choline-81
試料濃度: 6.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 100 K / 最低温度: 80 K
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 81 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5303
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0258 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリFitting-ID詳細
1RELION3.0.5粒子像選択
2SerialEM3.8.0 beta画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング1
8Coot0.8.9.2モデルフィッティング1
10RELION3.0.5初期オイラー角割当
11RELION3.0.5最終オイラー角割当
12RELION3.0.5分類
13RELION3.0.5３次元再構成
20Coot0.8.9.2モデル精密化1
21PHENIXdev-3026モデル精密化1
22REFMACCCP4 7.0モデル精密化1Refmac5
34UCSF Chimera1.14モデルフィッティング2
35Coot0.8.9.2モデルフィッティング2
36Coot0.8.9.2モデル精密化2
37PHENIXdev-3026モデル精密化2
38REFMACCCP4 7.0モデル精密化2Refmac5
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1000382
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 230450 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDプロトコル空間B valueTarget criteria
1RIGID BODY FITREAL
2FLEXIBLE FITREAL123.52Correlation coefficient
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-ID
16G79

6g79

1
26DDE

6dde

E1
31M8A

1m8a

A1
46G79

6g79

2
56DDE

6dde

E2
61M8A

1m8a

A2
精密化解像度: 3.34→154 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.86 / SU B: 109.675 / SU ML: 2.255 / ESU R: 0.432
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.3813 --
obs0.3813 117557 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 107.024 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20.36 Å2-0.51 Å2
2--0.51 Å2-1.59 Å2
3----0.84 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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