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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wsi | ||||||
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タイトル | Intact cis-2,3-epoxysuccinic acid bound to Isocitrate Lyase-1 from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
![]() | Isocitrate lyase | ||||||
![]() | LYASE / enzyme / covalent inhibitor / substrate analog / Structural Genomics / PSI-Biology / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
機能・相同性 | ![]() isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / carboxylic acid metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Krieger, I.V. / Mellott, D. / Meek, T.D. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Covalent Inactivation of Mycobacterium tuberculosis Isocitrate Lyase by cis -2,3-Epoxy-Succinic Acid. 著者: Pham, T.V. / Mellott, D.M. / Moghadamchargari, Z. / Chen, K. / Krieger, I. / Laganowsky, A. / Sacchettini, J.C. / Meek, T.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 366 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 294.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 70.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 103.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 47134.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: aceA_1, aceA, aceA_2, icl1, DSI38_20225, E5M05_01375, ERS007661_00054, ERS007670_00334, ERS007681_01797, ERS007688_01303, ERS007703_00218, ERS007720_01262, ERS007722_00697, ERS007741_ ...遺伝子: aceA_1, aceA, aceA_2, icl1, DSI38_20225, E5M05_01375, ERS007661_00054, ERS007670_00334, ERS007681_01797, ERS007688_01303, ERS007703_00218, ERS007720_01262, ERS007722_00697, ERS007741_02575, ERS013471_01927, ERS023446_00716, ERS024276_00897, ERS027646_00855, ERS027659_01610, ERS027661_00891, ERS075361_01798, ERS094182_00218, F6W99_03123, FRD82_04680, SAMEA2683035_00941 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 1210分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GLV.gif)
![](data/chem/img/U9S.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GLV.gif)
![](data/chem/img/U9S.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-GLV / #4: 化合物 | ChemComp-U9S / ( #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | ChemComp-PEG / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.79 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 0.2 M NaAc, 25% PEG 4,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.749→71.048 Å / Num. obs: 172875 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 1.008 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 12489 / CC1/2: 0.544 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1F8I 解像度: 1.749→71.048 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.14 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 66.84 Å2 / Biso mean: 24.0292 Å2 / Biso min: 12.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.749→71.048 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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