PDB-6wqp: GH5-4 broad specificity endoglucanase from Ruminococcus champanel...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wqp

タイトル

GH5-4 broad specificity endoglucanase from Ruminococcus champanellensis

要素

Endoglucanase

キーワード

HYDROLASE / Cellulase / xylanase / GH5 / endoglucanase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Ruminococcus champanellensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Bianchetti, C.M. / Bingman, C.A. / Smith, R.W. / Glasgow, E.M. / Fox, B.G.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
Department of Energy (DOE, United States)	DEFC0207ER64494	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	NIH 5 T32 GM008349 Biotechnology Training Program	米国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: A structural and kinetic survey of GH5_4 endoglucanases reveals determinants of broad substrate specificity and opportunities for biomass hydrolysis.
著者: Glasgow, E.M. / Kemna, E.I. / Bingman, C.A. / Ing, N. / Deng, K. / Bianchetti, C.M. / Takasuka, T.E. / Northen, T.R. / Fox, B.G.

履歴

登録	2020年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wqp.cif.gz	502.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wqp.ent.gz	343.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wqp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6wqp_validation.pdf.gz	445.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wqp_full_validation.pdf.gz	446.3 KB	表示
XML形式データ	6wqp_validation.xml.gz	32.1 KB	表示
CIF形式データ	6wqp_validation.cif.gz	48.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/6wqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/6wqp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4im4SC 6mq4C 6pz7C 6q1iC 6ui3C 6wqvC 6wqyC 6xrkC 6xsoC 6xsuC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ui3-d 4e94-1 4w85-1 5xd0-1 5d9p-1 6q1i-1 4v1r-2 6xsu-1 1v5d-1 7cju-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endoglucanase

B: Endoglucanase

ヘテロ分子

80.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.980, 85.850, 87.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.538, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Endoglucanase 分子量: 39822.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ruminococcus champanellensis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: D4LAX7
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 646 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Crystals were grown from protein solution mixed with an equal volume of reservoir solution, 0.5% Jeffamine, 100 mM HEES pH 7.0, and 1.1 pM Sodium Malonate H 7.0 (Hampton Index HT screen: C9) ...詳細: Crystals were grown from protein solution mixed with an equal volume of reservoir solution, 0.5% Jeffamine, 100 mM HEES pH 7.0, and 1.1 pM Sodium Malonate H 7.0 (Hampton Index HT screen: C9) in a SD2 format microplate set with a TTP Labtech Mosquito robot. Crystals were cryoprotected with 1.0% Jeffamine, 100 mM HEES pH 7.0, 1.1 M Sodium Malonate pH 7.0, and 20% ethylene glycol

結晶

マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.29 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Crystals were grown from protein solution mixed with an equal volume of reservoir solution, 0.5% Jeffamine, 100 mM HEES pH 7.0, and 1.1 pM Sodium Malonate H 7.0 (Hampton Index HT screen: C9) ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月13日
放射	モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→45.37 Å / Num. obs: 94298 / % possible obs: 97.62 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 17.19 Å² / CC_1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1073 / R_pim(I) all: 0.06165 / R_rim(I) all: 0.1242 / Net I/σ(I): 8.31
反射シェル	解像度: 1.6→1.657 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.7174 / Mean I/σ(I) obs: 1.54 / Num. unique obs: 9451 / CC_1/2: 0.681 / CC star: 0.9 / R_pim(I) all: 0.3954 / R_rim(I) all: 0.8206 / % possible all: 98.49

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IM4

4im4

解像度: 1.6→45.37 Å / SU ML: 0.2051 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.6988

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2422	2000	2.13 %
R_work	0.2029	-	-
obs	0.2038	94068	97.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→45.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5551	0	26	646	6223

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0055	5743
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7898	7844
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0483	865
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0052	1023
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.276	2049

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.3188	100	0.2669	6615	X-RAY DIFFRACTION	98.45
1.64-1.68	0.3294	200	0.2459	6610	X-RAY DIFFRACTION	98.58
1.68-1.73	0.2507	100	0.2365	6680	X-RAY DIFFRACTION	98.86
1.73-1.79	0.3008	200	0.2344	6546	X-RAY DIFFRACTION	98.6
1.79-1.85	0.3071	100	0.2217	6690	X-RAY DIFFRACTION	98.85
1.85-1.93	0.279	200	0.2248	6551	X-RAY DIFFRACTION	98.8
1.93-2.02	0.2913	100	0.2068	6684	X-RAY DIFFRACTION	98.62
2.02-2.12	0.2725	181	0.1991	6560	X-RAY DIFFRACTION	98.14
2.12-2.26	0.2082	119	0.1931	6556	X-RAY DIFFRACTION	97.02
2.26-2.43	0.226	100	0.1821	6584	X-RAY DIFFRACTION	97.35
2.43-2.67	0.234	200	0.1919	6453	X-RAY DIFFRACTION	96.7
2.67-3.06	0.2138	100	0.1959	6486	X-RAY DIFFRACTION	95.23
3.06-3.86	0.2125	200	0.1934	6413	X-RAY DIFFRACTION	95.36
3.86-45.37	0.2328	100	0.2019	6640	X-RAY DIFFRACTION	96.15

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0771830094641	0.0012086532603	-0.00531719515807	0.228344418497	-0.272035973379	0.174156580009	0.0769906495739	0.0276271553019	0.20588417113	0.279797695284	0.10173836034	-0.00533163028665	-0.0996276036846	-0.0235709476881	0.000738095823171	0.164373999274	0.00502576770177	0.0351260027852	0.105564306792	-0.0125393828539	0.199853843846	-5.0514230462	58.9512853473	-3.08584296454
2	0.341037096448	0.241874726833	0.0642674639564	0.520964954172	-0.150653477964	0.631282615835	-0.0427265541742	0.180778771693	-0.0432254193971	-0.0524910843476	-0.0106415235897	-0.0166833040182	0.0286510615807	0.108258076346	-5.06126463509E-7	0.115166793089	0.000662046438263	0.00412371067032	0.165394529814	0.0130431173349	0.127798351717	3.87890602266	48.0028358418	-22.7521980935
3	0.167365920825	-0.278105505679	0.0810784280457	0.652969763996	-0.118793030228	0.361825369755	-0.151129185428	0.198676143978	0.214758641878	0.00323788793935	0.0478005185719	-0.121850896547	-0.0752821687908	0.185419733673	-0.00221183300864	0.110724305931	-0.0157052737136	-0.0112913607764	0.148307076122	-0.00724756418627	0.097048644917	10.598577498	51.4336170985	-13.6351276421
4	0.313714968716	0.281174306894	0.116067806638	0.402955969852	-0.156498512812	0.956292457877	0.00862251828034	0.0201606185347	0.0223411092367	-0.0864017940952	-0.0168508356982	-0.0228529184535	-0.010047722424	0.0756586468769	-1.04975197511E-5	0.138870187947	-0.012408762842	0.0101036680257	0.0959533474634	0.00934669806757	0.100958109569	7.68967676	52.2419671713	-12.2638058774
5	0.122735740119	0.048520827152	-0.00474891901818	0.15311652279	0.0944115341325	0.0615992955449	0.0576050230102	0.118333216969	-0.0128565748757	0.0776874481303	-0.0627110440339	-0.0349297792438	0.000775262913508	0.177335240852	-2.72190605183E-5	0.110589117641	-0.0242899429508	0.0173287806249	0.190747867296	0.00953825533869	0.135427254451	17.7628844817	53.5111671344	-5.62875803919
6	0.875169958675	0.308554938621	0.326259010322	0.318504666285	-0.026416306144	0.538102305978	0.0448075005785	-0.0372531334139	0.0106828225402	0.0692321252396	-0.0772275342228	0.0327890955851	-0.0339989733738	0.0509041574639	-1.09586182239E-5	0.117573997976	-0.0129646301102	0.0145468267885	0.109362992857	-0.00369229466706	0.0917558181259	9.10998057108	48.9843105245	-0.820639111363
7	0.829936247258	-0.267986837251	0.0162044252111	0.129067437103	-0.0972433193063	1.02501407763	0.104841452969	-0.0499279696947	-0.0925002474169	0.0629695076452	0.0112643910629	0.0309040112015	0.105901667547	-0.0322317011889	0.00135887416109	0.13692399343	-0.0197867833264	0.00225387932669	0.121716185028	0.0125546634402	0.126015635238	-0.421404154958	39.5959504193	0.553068298608
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14	0.793707896756	0.383445687266	0.143876561956	0.474862813647	0.330323864355	0.596958398578	0.115417949254	0.102524934672	-0.154020874559	-0.00578123304427	-0.0564729403313	-0.128242850135	0.170168866158	0.0780374024555	0.0019940514231	0.152993639281	-0.00832911058504	-0.0157200227264	0.113438529444	-0.00652305979411	0.129215457946	2.80950576742	41.7880278772	29.0015216713
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16	0.94093194359	-0.300875374484	0.0502568414256	0.630548260724	0.10395388806	0.299139024117	-0.0170374513444	-0.0991276664307	-0.197672277196	0.0304203111031	0.0270015424736	-0.0817691594844	0.173821895336	0.0966483448602	9.21836296264E-6	0.132689719303	0.00554468625399	0.00487347373073	0.171713744087	0.0256791731416	0.159120617751	13.3895574558	43.8410063334	40.4229678635

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 29 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 68 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 69 through 93 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 94 through 131 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 132 through 149 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 150 through 211 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 212 through 259 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 260 through 296 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 297 through 354 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1 through 29 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 30 through 68 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 69 through 93 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 94 through 223 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 224 through 259 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 260 through 296 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 297 through 354 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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