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- PDB-6wo5: Structure of Hepatitis C Virus Envelope Glycoprotein E2 core from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wo5
タイトルStructure of Hepatitis C Virus Envelope Glycoprotein E2 core from genotype 1a bound to neutralizing antibody 212.1.1 and non neutralizing antibody E1
要素
  • Envelope glycoprotein E2
  • Fab 212.1.1 heavy chain
  • Fab 212.1.1 light chain
  • Fab E1 heavy chain
  • Fab E1 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/Viral Protein / HCV / broadly neutralizing antibodies / bNAbs / E2 core / IGHV1-69 / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-Viral Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hexokinase activity / modulation by virus of host cellular process / translocation of peptides or proteins into host cell cytoplasm / Toll-like receptor 2 binding / viral capsid assembly / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / TBC/RABGAPs / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet ...positive regulation of hexokinase activity / modulation by virus of host cellular process / translocation of peptides or proteins into host cell cytoplasm / Toll-like receptor 2 binding / viral capsid assembly / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / TBC/RABGAPs / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / positive regulation of cytokinesis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / negative regulation of protein secretion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / kinase binding / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal ...: / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.619 Å
データ登録者Tzarum, N. / Wilson, I.A. / Law, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)Al123365 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)Al106005 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: An alternate conformation of HCV E2 neutralizing face as an additional vaccine target.
著者: Tzarum, N. / Giang, E. / Kadam, R.U. / Chen, F. / Nagy, K. / Augestad, E.H. / Velazquez-Moctezuma, R. / Keck, Z.Y. / Hua, Y. / Stanfield, R.L. / Dreux, M. / Prentoe, J. / Foung, S.K.H. / ...著者: Tzarum, N. / Giang, E. / Kadam, R.U. / Chen, F. / Nagy, K. / Augestad, E.H. / Velazquez-Moctezuma, R. / Keck, Z.Y. / Hua, Y. / Stanfield, R.L. / Dreux, M. / Prentoe, J. / Foung, S.K.H. / Bukh, J. / Wilson, I.A. / Law, M.
履歴
登録2020年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab E1 heavy chain
B: Fab E1 light chain
C: Fab E1 heavy chain
D: Fab E1 light chain
H: Fab 212.1.1 heavy chain
L: Fab 212.1.1 light chain
G: Fab 212.1.1 heavy chain
I: Fab 212.1.1 light chain
E: Envelope glycoprotein E2
F: Envelope glycoprotein E2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,71121
ポリマ－232,49310
非ポリマー4,21911
水3,675204
1
A: Fab E1 heavy chain
B: Fab E1 light chain
H: Fab 212.1.1 heavy chain
L: Fab 212.1.1 light chain
E: Envelope glycoprotein E2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,30411
ポリマ－116,2465
非ポリマー2,0586
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12190 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area45800 Å2
手法PISA
2
C: Fab E1 heavy chain
D: Fab E1 light chain
G: Fab 212.1.1 heavy chain
I: Fab 212.1.1 light chain
F: Envelope glycoprotein E2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,40710
ポリマ－116,2465
非ポリマー2,1615
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12570 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area45220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.793, 242.204, 100.729
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.310, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
抗体 , 4種, 8分子 ACBDHGLI

#1: 抗体 Fab E1 heavy chain


分子量: 23937.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab E1 light chain


分子量: 24304.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab 212.1.1 heavy chain


分子量: 23838.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Fab 212.1.1 light chain


分子量: 23308.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 206分子 EF

#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
#5: タンパク質 Envelope glycoprotein E2


分子量: 20856.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis C virus (isolate H) (C型肝炎ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P27958*PLUS

-
糖 , 5種, 11分子

#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#10: 糖 ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: from 20% (w/v) PEG 3000, 0.2M NaCl, 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.619→50 Å / Num. obs: 76536 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.96 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.619→2.67 Å / Num. unique obs: 2986 / CC1/2: 0.88

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-20003.25データ削減
Blu-Iceデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MWF

4mwf


解像度: 2.619→47.435 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2499 3791 4.96 %
Rwork0.2028 --
obs0.2051 76477 96.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.619→47.435 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15246 0 276 204 15726
Biso mean--76.72 47.38 -
残基数----2016
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00415934
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79921740
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3359495
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0522508
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052737
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6194-2.65250.3361140.2972261X-RAY DIFFRACTION79
2.6525-2.68740.36061450.27972489X-RAY DIFFRACTION92
2.6874-2.72420.35591560.27692650X-RAY DIFFRACTION95
2.7242-2.76310.3421240.27012694X-RAY DIFFRACTION96
2.7631-2.80440.33821420.26482708X-RAY DIFFRACTION97
2.8044-2.84820.31121260.25662703X-RAY DIFFRACTION98
2.8482-2.89490.34391290.26432746X-RAY DIFFRACTION98
2.8949-2.94480.34461610.26892749X-RAY DIFFRACTION98
2.9448-2.99830.33671490.26342662X-RAY DIFFRACTION97
2.9983-3.0560.35411220.26882686X-RAY DIFFRACTION96
3.056-3.11840.2831460.25492633X-RAY DIFFRACTION95
3.1184-3.18620.35851530.24542718X-RAY DIFFRACTION99
3.1862-3.26030.29961550.24872784X-RAY DIFFRACTION99
3.2603-3.34180.29541350.23492730X-RAY DIFFRACTION99
3.3418-3.43210.26441500.24262731X-RAY DIFFRACTION99
3.4321-3.53310.29911560.23032728X-RAY DIFFRACTION98
3.5331-3.64710.27651450.2292712X-RAY DIFFRACTION98
3.6471-3.77730.25871260.21572665X-RAY DIFFRACTION95
3.7773-3.92850.2241410.19532734X-RAY DIFFRACTION97
3.9285-4.10720.24451230.18052735X-RAY DIFFRACTION99
4.1072-4.32360.18421400.16242787X-RAY DIFFRACTION99
4.3236-4.59430.18261370.14342753X-RAY DIFFRACTION99
4.5943-4.94870.18611570.1442653X-RAY DIFFRACTION97
4.9487-5.4460.18751370.14452726X-RAY DIFFRACTION98
5.446-6.23260.21641550.16512780X-RAY DIFFRACTION99
6.2326-7.84670.19711420.18652691X-RAY DIFFRACTION96
7.8467-47.44310.20081250.18022778X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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