+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6kf5 | ||||||
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Title | Microbial Hormone-sensitive lipase E53 mutant I256L | ||||||
Components | Lipase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Esterase / Microbial Hormone-sensitive lipase | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Erythrobacter longus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.09 Å | ||||||
Authors | Yang, X. / Li, Z.Y. / Li, J. / Xu, X.W. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Microbial Hormone-sensitive lipase E53 mutant I256L Authors: Yang, X. / Yingyi, H. / Li, Z.Y. / Shuling, J. / Zhen, R. / Zhao, W. / Xiaojian, H. / Henglin, C. / Li, J. / Xu, X.W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6kf5.cif.gz | 321.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6kf5.ent.gz | 208.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6kf5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/6kf5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/6kf5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4ypvS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 33158.730 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: I256L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Erythrobacter longus (bacteria) / Gene: EH31_02760 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: A0A074MDU6 |
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-Non-polymers , 6 types, 1059 molecules
#2: Chemical | ChemComp-D8F / ( #3: Chemical | ChemComp-6NA / | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | ChemComp-2FK / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.88 Å3/Da / Density % sol: 68.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: Calcium chloride, Bis-Tris, PEG MME 550, pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.97776 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 1, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97776 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.09→19.5 Å / Num. obs: 119275 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 27.23 Å2 / CC1/2: 0.178 / Net I/σ(I): 17.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.09→2.13 Å / Num. unique obs: 11668 / CC1/2: 0.893 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4YPV Resolution: 2.09→19.5 Å / SU ML: 0.2038 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.3992
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.09→19.5 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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