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- PDB-6u78: Rv3722c in complex with glutamic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u78
タイトルRv3722c in complex with glutamic acid
要素Aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / Aminotransferase / Pyridoxal phosphate / Complex / Mycobacterium tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Aspartate aminotransferase Ic / Aspartate amino-transferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex ...Aspartate aminotransferase Ic / Aspartate amino-transferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMIC ACID / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Aminotransferase / Aspartate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mandyoli, L. / Sacchettini, J.C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Aspartate aminotransferase Rv3722c governs aspartate-dependent nitrogen metabolism in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Jansen, R.S. / Mandyoli, L. / Hughes, R. / Wakabayashi, S. / Pinkham, J.T. / Selbach, B. / Guinn, K.M. / Rubin, E.J. / Sacchettini, J.C. / Rhee, K.Y.
履歴
登録2019年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminotransferase
B: Aminotransferase
C: Aminotransferase
D: Aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,84712
ポリマ－189,4274
非ポリマー1,4208
水1,946108
1
A: Aminotransferase
C: Aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2084
ポリマ－94,7142
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area30840 Å2
手法PISA
2
B: Aminotransferase
D: Aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6398
ポリマ－94,7142
非ポリマー9266
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6360 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area30450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.784, 173.691, 173.515
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Aminotransferase / Aspartate transaminase


分子量: 47356.754 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: DKC2_3956, DSI35_31455, ERS007661_01687, ERS007663_01945, ERS007665_01586, ERS007670_01863, ERS007672_01473, ERS007679_00092, ERS007681_00098, ERS007688_00789, ERS007703_00081, ERS007720_ ...遺伝子: DKC2_3956, DSI35_31455, ERS007661_01687, ERS007663_01945, ERS007665_01586, ERS007670_01863, ERS007672_01473, ERS007679_00092, ERS007681_00098, ERS007688_00789, ERS007703_00081, ERS007720_02793, ERS007722_01790, ERS023446_00155, ERS024276_02601, ERS027646_02441, ERS027652_01615, ERS027653_01450, ERS027656_00154, ERS027666_02093, ERS031537_01226, ERS124361_00578, EUB07_12880, EUB11_07270, EUB16_18395, SAMEA2682835_06491, SAMEA2682864_02982, SAMEA2683035_02356
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0E8TWE4, UniProt: O69689*PLUS, 転移酵素

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非ポリマー , 5種, 116分子

#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.89 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM sodium acetate, pH 4.5, 200 mM lithium sulfate, 50% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月15日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48.33 Å / Num. obs: 82156 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 34.04 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 8067 / CC1/2: 0.81 / % possible all: 99.36

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
PROTEUMデータ削減
PROTEUMデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5C6U

5c6u


解像度: 2.6→48.33 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 20.5456
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2146 3949 4.81 %
Rwork0.1928 --
obs0.1941 82156 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 34.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12927 0 58 108 13093
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002413300
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.556918109
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04041992
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00432375
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.12337906
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.650.30291740.26263835X-RAY DIFFRACTION94.93
2.65-2.690.30631810.24583872X-RAY DIFFRACTION95.04
2.69-2.740.29241990.24053897X-RAY DIFFRACTION94.7
2.74-2.80.24891620.23773834X-RAY DIFFRACTION95.71
2.8-2.860.24891980.22873883X-RAY DIFFRACTION95.1
2.86-2.930.27211980.22523872X-RAY DIFFRACTION95.02
2.93-30.25522060.21913847X-RAY DIFFRACTION94.89
3-3.080.23552210.20993873X-RAY DIFFRACTION94.53
3.08-3.170.21511830.20743880X-RAY DIFFRACTION95.47
3.17-3.280.20981780.20553914X-RAY DIFFRACTION95.58
3.28-3.390.23852000.19893876X-RAY DIFFRACTION94.98
3.39-3.530.23372180.19443891X-RAY DIFFRACTION94.67
3.53-3.690.20551720.19553922X-RAY DIFFRACTION95.8
3.69-3.880.19621850.18443895X-RAY DIFFRACTION95.37
3.88-4.130.18232140.17233912X-RAY DIFFRACTION94.65
4.13-4.450.1922100.16033915X-RAY DIFFRACTION94.57
4.45-4.890.17451940.15563944X-RAY DIFFRACTION95.24
4.89-5.60.18272110.17143974X-RAY DIFFRACTION94.91
5.6-7.050.19592380.18643964X-RAY DIFFRACTION94.22
7.05-46.570.1921980.17824196X-RAY DIFFRACTION95.21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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