PDB-6wir: Fab antigen complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wir

タイトル

Fab antigen complex

要素

Fab heavy chain
Fab light chain
Interleukin-17A

キーワード

CYTOKINE/IMMUNE SYSTEM / Fab / IL-17 / CYTOKINE / CYTOKINE-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of interleukin-16 production / granulocyte migration / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / intestinal epithelial structure maintenance / negative regulation of inflammatory response to wounding / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / cell death / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.96 Å

データ登録者

Antonysamy, S.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2020
タイトル: Rapid and robust antibody Fab fragment crystallization utilizing edge-to-edge beta-sheet packing.
著者: Lieu, R. / Antonysamy, S. / Druzina, Z. / Ho, C. / Kang, N.R. / Pustilnik, A. / Wang, J. / Atwell, S.

履歴

登録	2020年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wir.cif.gz	224.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wir.ent.gz	181.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wir.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wir_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wir_full_validation.pdf.gz	461.1 KB	表示
XML形式データ	6wir_validation.xml.gz	21 KB	表示
CIF形式データ	6wir_validation.cif.gz	28.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/6wir ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/6wir	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wg8C 6wgbC 6wgjC 6wgkC 6wglC 6wioC 5vb9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vrl-d 6wio-1 4zxi-d 4rgn-1 4rgn-2 3m5r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fab heavy chain

B: Fab light chain

C: Interleukin-17A

67.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fab heavy chain

B: Fab light chain

C: Interleukin-17A

A: Fab heavy chain

B: Fab light chain

C: Interleukin-17A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
135 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.400, 73.400, 326.409
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: 抗体	Fab heavy chain 分子量: 26049.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
#2: 抗体	Fab light chain 分子量: 23172.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
#3: タンパク質	Interleukin-17A / IL-17A / Cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 8 / CTLA-8 分子量: 18356.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL17A, CTLA8, IL17 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q16552
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.19 %
結晶化	温度: 274 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100mM Hepes pH 7, 15% PEG4K, 200mM Magnesium Chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.96→71.61 Å / Num. obs: 19713 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 2.96→3.12 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 2781 / R_pim(I) all: 0.242

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
BUSTER	2.11.7	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5VB9

5vb9

解像度: 2.96→71.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU R Cruickshank DPI: 0.726 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.88 / SU R_free Blow DPI: 0.355 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.351

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26	977	4.96 %	RANDOM
R_work	0.217	-	-	-
obs	0.219	19713	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 263.39 Å² / B_iso mean: 111.61 Å² / B_iso min: 61.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.8445 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.8445 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.6889 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.39 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.96→71.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4053	0	0	72	4125
B_iso mean	-	-	-	92.23	-
残基数	-	-	-	-	528

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1367	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	700	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	4158	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	542	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	4627	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	4158	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	5668	HARMONIC	2	1.24
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.1
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				21.58

LS精密化シェル

解像度: 2.96→2.98 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 48

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2937	24	5.84 %
R_work	0.2275	387	-
all	0.231	411	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

T11: 0.304 Å² / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.5155	-2.6942	-2.4327	4.5126	0.3501	0	-0.0989	-0.0411	0.3796	0.5179	0.348	-0.3895	-0.4372	0.5442	-0.2492	-0.152	0.0409	-0.304	-0.0825	-0.304	49.9663	-10.3413	22.2078
2	1.1246	-0.9857	-2.2959	8.3155	2.9104	8.3155	0.1515	-0.1851	0.1429	0.4353	-0.2308	-0.0992	-0.2676	0.036	0.0792	0.0264	0.152	-0.304	0.0693	0.2536	22.0729	-21.1904	42.4345
3	2.7799	0.2651	0.7267	7.8652	-2.4291	2.993	-0.229	-0.1445	-0.5442	0.528	0.067	-0.0347	0.1209	0.5442	0.162	-0.0052	0.1438	-0.304	-0.0721	-0.2029	52.2273	-32.2835	24.3199
4	0	1.1116	-1.8598	5.1244	0.577	1.2025	-0.0595	0.2968	-0.0465	-0.328	-0.1956	0.3251	0.0552	-0.4102	0.2551	0.0574	0.152	-0.304	0.0241	0.0928	17.4007	-33.7923	34.4554
5	3.1112	2.9104	0.2545	6.2628	0.1415	6.8017	-0.0063	0.4862	0.5442	0.0281	-0.1133	-0.5442	-0.4675	0.4627	0.1196	-0.152	0.1369	0.2237	0.0797	0.2967	66.8571	3.4811	1.1259

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1 - A\|126 }	A	1 - 126
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|127 - A\|227 }	A	127 - 227
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ B\|1 - B\|108 }	B	1 - 108
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|109 - B\|212 }	B	109 - 212
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ C\|41 - C\|129 }	C	41 - 129

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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