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- PDB-6wgl: Dupilumab fab with Crystal Kappa design complexed with human IL-4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wgl
タイトルDupilumab fab with Crystal Kappa design complexed with human IL-4 receptor
要素
  • (Dupilumab Fab ...) x 2
  • Interleukin-4 receptor subunit alpha
キーワードIMMUNE SYSTEM / Dupilumab / hIL4R
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-4 receptor activity / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / T-helper 1 cell differentiation / production of molecular mediator involved in inflammatory response / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / interleukin-4-mediated signaling pathway / positive regulation of mast cell degranulation / positive regulation of macrophage activation / cytokine receptor activity / T-helper 2 cell differentiation ...interleukin-4 receptor activity / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / T-helper 1 cell differentiation / production of molecular mediator involved in inflammatory response / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / interleukin-4-mediated signaling pathway / positive regulation of mast cell degranulation / positive regulation of macrophage activation / cytokine receptor activity / T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of myoblast fusion / defense response to protozoan / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of chemokine production / centriolar satellite / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / receptor complex / immune response / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-4 receptor alpha, N-terminal / Interleukin-4 receptor alpha chain, N-terminal / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...Interleukin-4 receptor alpha, N-terminal / Interleukin-4 receptor alpha chain, N-terminal / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-4 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Druzina, Z. / Atwell, S. / Pustilnik, A. / Antonysamy, S. / Ho, C. / Lieu, R. / Hendle, J. / Benach, J. / Wang, J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2020
タイトル: Rapid and robust antibody Fab fragment crystallization utilizing edge-to-edge beta-sheet packing.
著者: Lieu, R. / Antonysamy, S. / Druzina, Z. / Ho, C. / Kang, N.R. / Pustilnik, A. / Wang, J. / Atwell, S.
履歴
登録2020年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年9月23日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _atom_site.auth_seq_id / _citation.country ..._atom_site.auth_seq_id / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 2.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dupilumab Fab heavy chain
B: Dupilumab Fab light chain
C: Interleukin-4 receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0216
ポリマ－73,9513
非ポリマー1,0703
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area28690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.490, 73.490, 412.441
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 Dupilumab Fab heavy chain


分子量: 25233.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Dupilumab Fab light chain


分子量: 23809.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 27分子 C

#3: タンパク質 Interleukin-4 receptor subunit alpha / IL-4RA


分子量: 24908.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL4R, IL4RA, 582J2.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P24394
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 2種, 3分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.33 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100mM Hepes pH 7.5, 25% PEG MME 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→103.11 Å / Num. obs: 28706 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 21.5 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 18.1 / Num. measured all: 617796 / Scaling rejects: 64
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.82-2.9722.81.0559251040600.730.2211.0792.999.9
8.92-103.1118.80.0562055610960.9960.0130.05738.799.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6WG8

6wg8


解像度: 2.82→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 19.147 / SU ML: 0.369 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.537 / ESU R Free: 0.365 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3037 1420 5 %RANDOM
Rwork0.2451 ---
obs0.2481 27133 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 172.46 Å2 / Biso mean: 69.611 Å2 / Biso min: 25.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å2-0 Å2
2--0.04 Å2-0 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.82→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4641 0 70 26 4737
Biso mean--102.36 48.25 -
残基数----616
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0124838
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2421.6596613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6925.016614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.12624.348184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.98415708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8511517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2661
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023622
LS精密化 シェル解像度: 2.82→2.893 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 96 -
Rwork0.298 1919 -
all-2015 -
obs--99.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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