+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1jal | ||||||
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Title | YCHF PROTEIN (HI0393) | ||||||
Components | YchF protein | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / nucleotide-binding fold / Structure 2 Function Project / S2F | ||||||
Function / homology | Function and homology information ribosomal large subunit binding / ribosome binding / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Haemophilus influenzae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MIR / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Teplyakov, A. / Gilliland, G.L. / Structure 2 Function Project (S2F) | ||||||
Citation | Journal: J.BACTERIOL. / Year: 2003 Title: Crystal structure of the YchF protein reveals binding sites for GTP and nucleic acid Authors: Teplyakov, A. / Gilliland, G.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1jal.cif.gz | 152.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1jal.ent.gz | 120.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1jal.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 1jal_validation.pdf.gz | 429.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 1jal_full_validation.pdf.gz | 470.3 KB | Display | |
Data in XML | 1jal_validation.xml.gz | 35.6 KB | Display | |
Data in CIF | 1jal_validation.cif.gz | 51.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/1jal ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/1jal | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39794.270 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Haemophilus influenzae (bacteria) / Gene: YchF / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P44681 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 59 % | ||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: PEG8000, Magnesium acetate, Bicine buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 1.0597 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Sep 20, 2000 |
Radiation | Monochromator: graphite / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0597 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→11 Å / Num. all: 36364 / Num. obs: 36364 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 38 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.45 Å / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / % possible all: 98.9 |
Reflection | *PLUS Lowest resolution: 10 Å / Num. obs: 36325 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.044 |
Reflection shell | *PLUS Highest resolution: 2.4 Å / Lowest resolution: 2.46 Å / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 5.2 % / Num. unique obs: 2379 / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MIR / Resolution: 2.4→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / SU B: 2.764 / SU ML: 0.071 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.328 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 59.75 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→10 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.48 Å / Total num. of bins used: 15 /
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Refinement | *PLUS Highest resolution: 2.4 Å / Lowest resolution: 10 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.208 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Lowest resolution: 2.46 Å |