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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6w9m | |||||||||
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タイトル | Structure of the Ancestral Glucocorticoid Receptor 2 ligand binding domain in complex with vamorolone and SHP coregulator fragment | |||||||||
要素 |
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キーワード | HORMONE (ホルモン) / Glucocorticoid Receptor (糖質コルチコイド受容体) / anti-inflammation drug | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bile acid and bile salt transport / transcription regulator inhibitor activity / peroxisome proliferator activated receptor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / animal organ regeneration / response to glucose / nuclear retinoid X receptor binding / Notchシグナリング / cholesterol metabolic process / circadian regulation of gene expression ...bile acid and bile salt transport / transcription regulator inhibitor activity / peroxisome proliferator activated receptor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / animal organ regeneration / response to glucose / nuclear retinoid X receptor binding / Notchシグナリング / cholesterol metabolic process / circadian regulation of gene expression / positive regulation of insulin secretion / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / response to organic cyclic compound / Nuclear Receptor transcription pathway / 概日リズム / transcription corepressor activity / response to ethanol / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / クロマチン / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / DNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu, X. / Ortlund, E.A. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020 タイトル: Disruption of a key ligand-H-bond network drives dissociative properties in vamorolone for Duchenne muscular dystrophy treatment. 著者: Liu, X. / Wang, Y. / Gutierrez, J.S. / Damsker, J.M. / Nagaraju, K. / Hoffman, E.P. / Ortlund, E.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6w9m.cif.gz | 151.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6w9m.ent.gz | 97.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6w9m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/6w9m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/6w9m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28964.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X8XLE9 | ||||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1204.440 Da / 分子数: 1 / Fragment: eleven-residue fragment / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15466 | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-TUV / | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.3 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 25% PEG 300 and 0.1 M Tris pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.586→38.995 Å / Num. obs: 38375 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 25.42 Å2 / CC1/2: 0.921 / Net I/σ(I): 10.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.586→1.64 Å / Num. unique obs: 3352 / CC1/2: 0.684 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6NWL 解像度: 1.59→38.99 Å / SU ML: 0.223 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.3473
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.59→38.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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