PDB-5il6: Crystal structure of the dehydratase domain of RzxB from Pseudomo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5il6

タイトル

Crystal structure of the dehydratase domain of RzxB from Pseudomonas fluorescens

要素

Polyketide synthase/nonribosomal peptide synthetase hybrid RzxB

キーワード

HYDROLASE / polyketide / macrolactin / trans-AT / pKS / AT-less / dehydratase / rhizoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

nonribosomal peptide biosynthetic process / polyketide biosynthetic process / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / ligase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Jakob, R.P. / Herbst, D.A. / Maier, T.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structures of Dehydratase Domains from trans-AT Polyketide Biosynthetic Pathway
著者: Jakob, R.P. / Muller, R. / Herbst, D.A. / Maier, T.

履歴

登録	2016年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5il6.cif.gz	317.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5il6.ent.gz	265.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5il6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/5il6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/5il6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hstC 5hu7C 5j6oC 3kg9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zq9-d 2amb-d 1l9y-1 1gis-d 3p3i-2 4oko-2 6noo-2 2oz7-d 3ry9-2 6u58-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (15) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Polyketide synthase/nonribosomal peptide synthetase hybrid RzxB

B: Polyketide synthase/nonribosomal peptide synthetase hybrid RzxB

67.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polyketide synthase/nonribosomal peptide synthetase hybrid RzxB

ソフトウェアが定義した集合体
33.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Polyketide synthase/nonribosomal peptide synthetase hybrid RzxB

ソフトウェアが定義した集合体
33.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.480, 105.080, 68.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.91, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Polyketide synthase/nonribosomal peptide synthetase hybrid RzxB 分子量: 33525.215 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1231-1540 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain Pf-5 / ATCC BAA-477) (バクテリア) 株: Pf-5 / ATCC BAA-477 / 遺伝子: rzxB, PFL_2989 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4KCD8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Polyketide synthase/nonribosomal peptide synthetase hybrid RzxB

分子量: 33525.215 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1231-1540 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas fluorescens (strain Pf-5 / ATCC BAA-477) (バクテリア)
株: Pf-5 / ATCC BAA-477 / 遺伝子: rzxB, PFL_2989 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4KCD8

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.51 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M BisTris 6.5, 0.2 M NaCl, 20% PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→63.217 Å / Num. obs: 50913 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10pre_2131: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KG9

3kg9

解像度: 1.9→63.217 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2264	2439	4.79 %
R_work	0.1998	-	-
obs	0.2011	50913	98.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→63.217 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4164	0	0	384	4548

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4275
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.658	5820
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.063	2578
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	663
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	778

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9001-1.9389	0.3129	123	0.289	2817	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9389-1.9811	0.279	131	0.2606	2827	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9811-2.0271	0.2073	155	0.2395	2869	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0271-2.0778	0.2901	135	0.228	2872	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0778-2.134	0.2695	139	0.2277	2883	X-RAY DIFFRACTION	99
2.134-2.1968	0.222	143	0.221	2897	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1968-2.2677	0.2279	136	0.2115	2809	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2677-2.3488	0.2465	149	0.2112	2840	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3488-2.4428	0.2455	170	0.2182	2813	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4428-2.554	0.2193	136	0.2198	2879	X-RAY DIFFRACTION	99
2.554-2.6887	0.252	176	0.2189	2833	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6887-2.8571	0.2181	144	0.2141	2844	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8571-3.0777	0.2669	130	0.2096	2820	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0777-3.3874	0.234	149	0.204	2877	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3874-3.8775	0.2213	148	0.1799	2830	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8775-4.885	0.1717	134	0.1526	2843	X-RAY DIFFRACTION	97
4.885-63.252	0.2178	141	0.1929	2921	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6857	0.2045	0.5453	1.0691	0.8487	2.9533	-0.0643	0.061	0.1552	-0.0785	-0.0094	0.0371	-0.0382	-0.1467	0.0185	0.1981	-0.0217	-0.0048	0.1432	0.0045	0.1766	36.9191	50.4156	25.2204
2	2.4561	-0.0318	-0.437	1.7827	-0.3843	1.3168	0.0956	-0.345	0.4191	0.1596	-0.0214	-0.1074	-0.1898	0.1454	-0.1018	0.2481	-0.0453	0.0231	0.2069	-0.0873	0.272	41.3186	62.5069	40.4906
3	0.8834	0.2689	-1.2491	0.6977	0.2747	3.185	-0.0113	-0.1603	-0.0169	0.0737	0.0076	-0.2079	0.0361	0.1635	0.0454	0.1936	0.0224	-0.0263	0.2707	-0.0081	0.2404	44.2846	46.1865	-3.4374
4	3.5078	1.5222	-0.8051	2.6945	0.5589	3.0086	0.0031	-0.0198	0.0458	0.1217	-0.0279	0.0638	0.0861	-0.1772	-0.0546	0.1709	0.0324	-0.0162	0.2422	0.0087	0.1449	33.7973	44.117	-4.5607
5	1.361	0.7859	-0.4797	2.3821	1.1479	1.8022	0.086	-0.0423	-0.2992	0.0899	-0.059	-0.248	0.2146	0.1273	0.0095	0.2383	0.063	-0.0153	0.2539	0.007	0.3234	45.0004	27.181	-19.0885
6	1.992	-0.3279	0.7493	2.482	0.076	1.2713	-0.0238	0.1104	-0.1632	-0.108	0.0054	-0.1506	0.0365	0.0488	-0.0032	0.2233	0.0354	0.0008	0.2314	-0.0079	0.2251	37.2828	31.3425	-19.6212

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4370 through 4504 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 4505 through 4644 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 4369 through 4411 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 4412 through 4494 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 4495 through 4562 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 4563 through 4646 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)