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- PDB-4oko: Crystal structure of Francisella tularensis REP34 (Rapid Encystme... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oko
タイトルCrystal structure of Francisella tularensis REP34 (Rapid Encystment Phenotype Protein 34 KDa)
要素Rapid Encystment Phenotype Protein 34 KDa
キーワードHYDROLASE / carboxypeptidase / secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Zinc carboxypeptidase / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zn peptidases / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. novicida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.053 Å
データ登録者Feld, G.K. / Segelke, B.W. / Corzett, M.H. / Hunter, M.S. / Frank, M. / Rasley, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure and Function of REP34 Implicates Carboxypeptidase Activity in Francisella tularensis Host Cell Invasion.
著者: Feld, G.K. / El-Etr, S. / Corzett, M.H. / Hunter, M.S. / Belhocine, K. / Monack, D.M. / Frank, M. / Segelke, B.W. / Rasley, A.
履歴
登録2014年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22014年11月19日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rapid Encystment Phenotype Protein 34 KDa
B: Rapid Encystment Phenotype Protein 34 KDa
C: Rapid Encystment Phenotype Protein 34 KDa
D: Rapid Encystment Phenotype Protein 34 KDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,02412
ポリマ－141,5274
非ポリマー4988
水4,432246
1
A: Rapid Encystment Phenotype Protein 34 KDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5063
ポリマ－35,3821
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Rapid Encystment Phenotype Protein 34 KDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5063
ポリマ－35,3821
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Rapid Encystment Phenotype Protein 34 KDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5063
ポリマ－35,3821
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Rapid Encystment Phenotype Protein 34 KDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5063
ポリマ－35,3821
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.712, 63.308, 81.689
Angle α, β, γ (deg.)70.36, 84.34, 82.53
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Rapid Encystment Phenotype Protein 34 KDa / REP34


分子量: 35381.641 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. novicida (バクテリア)
株: U112 / 遺伝子: FTN_0149 / プラスミド: pETBlue X1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0Q494, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 20% w/v PEG4000, 0.1 M sodium acetate, pH 4.7-5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.2837 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月16日 / 詳細: minibeam 20x20x20 um
放射モノクロメーター: double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2837 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→22 Å / Num. all: 68959 / Num. obs: 68959 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 35.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 8.98
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.579 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Rsym value: 0.579 / % possible all: 83.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SAD SE-MET SOLUTION FOR ZN-FREE CRYSTAL

解像度: 2.053→21.535 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 24.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2325 2003 2.91 %
Rwork0.2129 --
obs0.2134 68915 94.18 %
all-68959 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.053→21.535 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9157 0 20 246 9423
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049422
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84912801
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3963430
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361380
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051661
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.053-2.1040.32071350.26084368X-RAY DIFFRACTION86
2.104-2.16080.28051450.25114819X-RAY DIFFRACTION95
2.1608-2.22430.26491360.23644873X-RAY DIFFRACTION96
2.2243-2.2960.27911510.22944856X-RAY DIFFRACTION96
2.296-2.3780.29121400.22684856X-RAY DIFFRACTION96
2.378-2.47310.26341530.2244869X-RAY DIFFRACTION96
2.4731-2.58550.2511410.21064894X-RAY DIFFRACTION96
2.5855-2.72150.22281440.21674924X-RAY DIFFRACTION97
2.7215-2.89170.25261490.21234884X-RAY DIFFRACTION97
2.8917-3.11430.24531540.22534851X-RAY DIFFRACTION96
3.1143-3.42660.24051360.21814857X-RAY DIFFRACTION95
3.4266-3.91990.23931390.20684767X-RAY DIFFRACTION94
3.9199-4.92880.16911360.18214576X-RAY DIFFRACTION91
4.9288-21.53630.22281440.21564518X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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