PDB-5hst: Crystal structure of the dehydratase domain of MlnB from Bacillus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hst

タイトル

Crystal structure of the dehydratase domain of MlnB from Bacillus amyloliquefaciens

要素

Polyketide synthase type I

キーワード

LYASE / polyketide / trans-AT PKS / dehydratase / macrolactin

機能・相同性

機能・相同性情報

DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Jakob, R.P. / Dilmi, J. / Hauswirth, P. / Herbst, D.A. / Maier, T.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structures of Dehydratase Domains from trans-AT Polyketide Biosynthetic Pathway
著者: Jakob, R.P. / Herbst, D.A. / Muller, R. / Maier, T.

履歴

登録	2016年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hst.cif.gz	319.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hst.ent.gz	266.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hst.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/5hst ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/5hst	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hu7C 5il6C 5j6oC 3kg9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5bp3-1 5bp2-3 5bp2-1 4xtx-d 5bp2-4 5bp3-2 5hqw-d 4op0-d 5bp2-2 4i4n-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (15) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Polyketide synthase type I

B: Polyketide synthase type I

68 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Polyketide synthase type I

A: Polyketide synthase type I

登録者が定義した集合体
68 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Polyketide synthase type I

B: Polyketide synthase type I

ソフトウェアが定義した集合体
68 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.660, 77.440, 138.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Polyketide synthase type I 分子量: 33977.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア) 遺伝子: pks2B / プラスミド: pNIC28a-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1RS66
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M MgCl2, Hepes pH 7.5, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→36.1069 Å / Num. obs: 36974 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 2.1→2.24 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 1.116 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10pre_2131: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KG9

3kg9

解像度: 2.1→36.102 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 23.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2283	2000	5.41 %
R_work	0.1862	-	-
obs	0.1885	36974	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.102 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4201	0	0	378	4579

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4293
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.646	5806
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.81	2581
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	653
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	748

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1525	0.3122	141	0.2887	2466	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1525-2.2107	0.3068	141	0.2794	2457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2107-2.2757	0.316	140	0.2594	2453	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2757-2.3492	0.2736	141	0.2409	2469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3492-2.4331	0.2815	140	0.2149	2445	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4331-2.5305	0.2556	143	0.2073	2487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5305-2.6457	0.2524	139	0.1979	2457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6457-2.7851	0.2274	142	0.1906	2483	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7851-2.9595	0.2528	143	0.1845	2493	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9595-3.1879	0.2439	144	0.1888	2500	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1879-3.5085	0.206	142	0.1634	2504	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5085-4.0156	0.2057	145	0.1538	2524	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0156-5.057	0.1453	146	0.1345	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
5.057-36.1069	0.2415	153	0.1905	2676	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5205	-0.6159	-2.1594	1.3934	0.4158	3.1938	-0.1341	-0.2605	-0.0012	0.1719	0.0591	-0.2227	0.0304	0.7617	0.0448	0.1835	0.0184	-0.028	0.36	0.0084	0.2248	57.164	15.255	78.7989
2	2.7636	-1.0646	-0.0802	2.4843	0.2879	3.0243	-0.0021	-0.0318	-0.0289	0.1312	-0.0373	0.1021	-0.1775	0.2402	0.0302	0.1786	-0.0342	0.006	0.133	0.0044	0.1495	43.1828	21.1668	81.5576
3	3.2945	-0.3025	-3.3017	1.2574	1.0177	7.1932	-0.1274	-0.1893	-0.1658	-0.1092	-0.0471	0.2657	0.0829	-0.278	0.1402	0.1446	-0.0236	-0.0455	0.2283	0.0321	0.2346	14.4054	12.3664	55.1253
4	3.5675	0.7692	-0.0241	3.3236	-0.1743	3.353	0.0893	-0.3295	-0.4522	0.1731	-0.0116	0.0469	0.5606	-0.3974	0.022	0.2283	-0.0684	-0.0155	0.2719	0.0605	0.2587	18.8339	6.4169	59.4349
5	5.3738	1.1454	-3.167	2.7388	-0.572	8.5751	0.1548	-0.5138	0.532	0.1519	-0.0567	0.0802	-0.7224	0.3809	-0.0334	0.2652	-0.0569	-0.0815	0.2449	-0.0724	0.3355	36.455	29.2404	58.3198
6	3.2587	1.0767	0.197	2.8243	-0.08	4.3664	-0.0616	0.1332	-0.0344	-0.2049	0.0353	-0.0106	-0.0487	0.3147	0.0281	0.1394	-0.0017	-0.0252	0.1494	0.0063	0.1616	32.5758	18.455	46.6944

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 91 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 92 through 292 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 21 through 71 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 72 through 128 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 129 through 150 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 151 through 289 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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