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万見
- PDB-6nwl: Structure of the Ancestral Glucocorticoid Receptor 2 ligand bindi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nwl
タイトルStructure of the Ancestral Glucocorticoid Receptor 2 ligand binding domain in complex with hydrocortisone and PGC1a coregulator fragment
要素
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
  • glucocorticoid receptor
キーワードHORMONE / glucocorticoid receptor / agonist / coactivator
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of fatty acid oxidation / cellular respiration / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / response to starvation / temperature homeostasis / lncRNA binding / response to muscle activity / intracellular glucose homeostasis / fatty acid oxidation ...Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of fatty acid oxidation / cellular respiration / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / response to starvation / temperature homeostasis / lncRNA binding / response to muscle activity / intracellular glucose homeostasis / fatty acid oxidation / response to dietary excess / adipose tissue development / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / brown fat cell differentiation / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / energy homeostasis / digestion / positive regulation of gluconeogenesis / SUMOylation of transcription cofactors / RNA splicing / nuclear receptor binding / gluconeogenesis / respiratory electron transport chain / transcription coregulator activity / mitochondrion organization / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / circadian regulation of gene expression / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / PML body / chromatin DNA binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / mRNA processing / Regulation of RUNX2 expression and activity / : / positive regulation of cold-induced thermogenesis / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / cellular response to oxidative stress / protein-containing complex assembly / neuron apoptotic process / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of neuron apoptotic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / protein stabilization / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily ...PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HCY / THIOCYANATE ION / L(+)-TARTARIC ACID / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.595 Å
データ登録者Liu, X. / Ortlund, E.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
American Heart Association17POST33660110 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)5R01DK115213 米国
引用ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2019
タイトル: First High-Resolution Crystal Structures of the Glucocorticoid Receptor Ligand-Binding Domain-Peroxisome Proliferator-ActivatedgammaCoactivator 1-alphaComplex with Endogenous and Synthetic Glucocorticoids.
著者: Liu, X. / Wang, Y. / Ortlund, E.A.
履歴
登録2019年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glucocorticoid receptor
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,18710
ポリマ－30,0442
非ポリマー1,1438
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12420 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)71.756, 96.435, 108.195
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-452-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 glucocorticoid receptor


分子量: 28778.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha / PPARGC-1-alpha / Ligand effect modulator 6


分子量: 1265.627 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP Residues 141-152 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBK2

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非ポリマー , 6種, 98分子

#3: 化合物 ChemComp-HCY / (11alpha,14beta)-11,17,21-trihydroxypregn-4-ene-3,20-dione / CORTISOL


分子量: 362.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#6: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.51 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.05 M sodium thiocyanate, 0.95 M sodium tartrate dibasic dehydrate and 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.595→50 Å / Num. obs: 50002 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 28.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.209 / Χ2: 0.969 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.6-1.6611.21.87549230.7010.5721.9620.79999.5
1.66-1.7211.81.46850050.8120.4371.5330.82599.8
1.72-1.811.71.07649370.8840.3221.1240.86799.9
1.8-1.911.20.71749450.9420.2210.7510.99599.5
1.9-2.0210.60.43849510.9670.1390.461.0299.5
2.02-2.1712.70.27749900.9840.080.2891.054100
2.17-2.3912.20.17849980.990.0520.1851.0899.9
2.39-2.7411.10.11949940.9940.0370.1250.99299.3
2.74-3.4512.60.10450550.9950.030.1080.99499.8
3.45-50120.21752040.9550.0650.2271.03899.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.595→39.422 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.193 2000 4 %
Rwork0.1787 --
obs0.1793 49964 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.05 Å2 / Biso mean: 37.2977 Å2 / Biso min: 17.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.595→39.422 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2097 0 150 90 2337
Biso mean--52.59 40.04 -
残基数----261
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062366
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8063220
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004400
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7741438
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5946-1.63440.29551360.2873262339896
1.6344-1.67860.25691420.247233963538100
1.6786-1.7280.2281420.214434153557100
1.728-1.78380.24021420.194933983540100
1.7838-1.84760.22461420.187134013543100
1.8476-1.92150.191410.18433395353699
1.9215-2.0090.22121430.187434263569100
2.009-2.11490.22191430.180134193562100
2.1149-2.24740.22851430.177934413584100
2.2474-2.42090.19891440.178434393583100
2.4209-2.66450.17561430.183834403583100
2.6645-3.04990.22051440.18413441358599
3.0499-3.8420.17351450.174334983643100
3.842-39.43450.17251500.1663593374399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.50660.9305-0.53221.58390.94612.009-0.2977-0.7053-0.14380.52650.2777-0.07260.1621-0.2456-0.00080.3299-0.0638-00.37280.04770.3246-9.8309-26.355814.8432
21.3186-0.0850.06721.2811-0.13610.81640.0342-0.0062-0.16670.018-0.01590.07930.184-0.04070.00010.2146-0.0164-0.00180.21920.00770.2125-3.8496-26.40728.524
31.18090.4304-0.76571.34330.78591.4837-0.0582-0.2294-0.10030.28930.0871-0.29090.07050.3545-0.00040.277-0.0055-0.02860.30260.0210.2883.3469-18.357514.7789
41.6419-0.65810.14232.443-0.50921.11730.00990.12510.0346-0.00630.0081-0.05730.00010.0549-0.00010.2129-0.03050.02580.25690.02610.22560.3363-17.73910.5114
50.04450.03720.01770.1924-0.10340.0949-0.3740.5305-0.4050.05710.02950.54570.2288-0.36070.00220.4579-0.112-0.08380.347-0.06810.4831-12.3746-35.2732-3.5456
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 24 )A-2 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 98 )A25 - 98
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 99 through 140 )A99 - 140
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 141 through 246 )A141 - 246
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 141 through 152 )B141 - 152

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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