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- PDB-6w9l: Structure of the Ancestral Glucocorticoid Receptor 2 ligand bindi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6w9l | |||||||||
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Title | Structure of the Ancestral Glucocorticoid Receptor 2 ligand binding domain in complex with deacetylated deflazacort and PGC1a coregulator fragment | |||||||||
![]() |
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![]() | HORMONE / Glucocorticoid Receptor / anti-inflammation drug | |||||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of fatty acid oxidation / : / lncRNA binding / response to muscle activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / cellular respiration / temperature homeostasis / intracellular glucose homeostasis / response to starvation / fatty acid oxidation ...positive regulation of fatty acid oxidation / : / lncRNA binding / response to muscle activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / cellular respiration / temperature homeostasis / intracellular glucose homeostasis / response to starvation / fatty acid oxidation / response to dietary excess / estrogen response element binding / adipose tissue development / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / energy homeostasis / brown fat cell differentiation / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / positive regulation of gluconeogenesis / digestion / respiratory electron transport chain / mitochondrion organization / RNA splicing / SUMOylation of transcription cofactors / nuclear receptor coactivator activity / gluconeogenesis / nuclear receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription coregulator activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / regulation of circadian rhythm / PPARA activates gene expression / chromatin DNA binding / mRNA processing / PML body / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Regulation of RUNX2 expression and activity / nuclear receptor activity / Circadian Clock / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to oxidative stress / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding / neuron apoptotic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of neuron apoptotic process / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / protein stabilization / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | synthetic construct (others)![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Liu, X. / Ortlund, E.A. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Disruption of a key ligand-H-bond network drives dissociative properties in vamorolone for Duchenne muscular dystrophy treatment. Authors: Liu, X. / Wang, Y. / Gutierrez, J.S. / Damsker, J.M. / Nagaraju, K. / Hoffman, E.P. / Ortlund, E.A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 104.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 798 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 799.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 14 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 20 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6w9kC ![]() 6w9mC ![]() 6nwlS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 28778.543 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() ![]() |
---|---|
#2: Protein/peptide | Mass: 1265.627 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: amino acids 141-152 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-TUS / ( |
#4: Chemical | ChemComp-GOL / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
Nonpolymer details | Entity 3 is a deacetylated deflazacort |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.09 Å3/Da / Density % sol: 60.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 289.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M ammonium acetate, 2.5 M sodium formate, and 0.1 M Tris pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 5, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.45→34.004 Å / Num. obs: 66358 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 12 % / Biso Wilson estimate: 22.83 Å2 / CC1/2: 0.971 / CC star: 0.993 / Net I/σ(I): 10.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.45→1.5 Å / Num. unique obs: 6507 / CC1/2: 0.571 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6NWL Resolution: 1.45→34 Å / SU ML: 0.1607 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.2318
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.41 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.45→34 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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