[日本語] English
万見
- PDB-6vc2: LRH-1 bound to SS-RJW100 and a fragment of the Tif2 Coactivator -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vc2
タイトルLRH-1 bound to SS-RJW100 and a fragment of the Tif2 Coactivator
要素
  • Nuclear receptor coactivator 2
  • Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear hormone receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


primary ovarian follicle growth / positive regulation of glucocorticoid biosynthetic process / zygotic genome activation / positive regulation of tendon cell differentiation / morula formation / Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / pancreas morphogenesis / inner cell mass cell differentiation / tissue development / acinar cell differentiation ...primary ovarian follicle growth / positive regulation of glucocorticoid biosynthetic process / zygotic genome activation / positive regulation of tendon cell differentiation / morula formation / Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / pancreas morphogenesis / inner cell mass cell differentiation / tissue development / acinar cell differentiation / Sertoli cell development / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of stem cell differentiation / embryonic cleavage / bile acid metabolic process / exocrine pancreas development / negative regulation of chondrocyte differentiation / embryo development ending in birth or egg hatching / cartilage development / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / homeostatic process / locomotor rhythm / calcineurin-mediated signaling / aryl hydrocarbon receptor binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of lipid metabolic process / regulation of glucose metabolic process / somatic stem cell population maintenance / Synthesis of bile acids and bile salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of viral genome replication / transcription regulator inhibitor activity / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of T cell proliferation / Recycling of bile acids and salts / positive regulation of adipose tissue development / neurogenesis / hormone-mediated signaling pathway / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / cellular response to leukemia inhibitory factor / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cholesterol homeostasis / transcription coregulator binding / response to progesterone / nuclear receptor binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / SUMOylation of intracellular receptors / circadian regulation of gene expression / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / phospholipid binding / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of T cell activation / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / : / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / protein dimerization activity / nuclear body / chromatin remodeling / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear hormone receptor family 5 / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 ...Nuclear hormone receptor family 5 / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QU7 / Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.697 Å
データ登録者Mays, S.G. / Ortlund, E.A.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01-DK114213 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)NIH F31-DK111171 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01-DK095750 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM008602 米国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Enantiomer-specific activities of an LRH-1 and SF-1 dual agonist.
著者: Mays, S.G. / Stec, J. / Liu, X. / D'Agostino, E.H. / Whitby, R.J. / Ortlund, E.A.
履歴
登録2019年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
C: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5273
ポリマ－30,1412
非ポリマー3871
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.608, 46.608, 220.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / Alpha-1-fetoprotein transcription factor / B1-binding factor / hB1F / CYP7A promoter-binding factor ...Alpha-1-fetoprotein transcription factor / B1-binding factor / hB1F / CYP7A promoter-binding factor / Hepatocytic transcription factor / Liver receptor homolog 1 / LRH-1


分子量: 28330.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR5A2, B1F, CPF, FTF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00482
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1810.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-QU7 / (1S,3aS,6aS)-5-hexyl-4-phenyl-3a-(1-phenylethenyl)-1,2,3,3a,6,6a-hexahydropentalen-1-ol / SS-RJW100


分子量: 386.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H34O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium acetate, PEG 4000, glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.697→50 Å / Num. obs: 27544 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 1.196 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.7-1.763.70.60923140.7880.2920.6820.73284.9
1.76-1.835.70.67626330.8330.2570.730.7994.6
1.83-1.916.70.56726780.9090.2040.6080.95198
1.91-2.026.90.32827390.9570.1160.3511.08198.8
2.02-2.146.80.2127660.980.0740.2241.12799.5
2.14-2.316.70.13827950.9910.0480.1471.40599.7
2.31-2.546.70.09628080.9950.0350.1031.09699.8
2.54-2.916.90.0728310.9960.0260.0751.08999.8
2.91-3.667.70.0828870.9950.0290.0851.26399.8
3.66-508.20.11530930.9910.0410.1221.7998.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L11

5l11


解像度: 1.697→39.381 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2284 1372 5 %
Rwork0.2096 --
obs0.2105 27434 97.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 112.31 Å2 / Biso mean: 38.3136 Å2 / Biso min: 19.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.697→39.381 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2017 0 58 107 2182
Biso mean--61.52 43.31 -
残基数----248
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6975-1.75820.321150.302219385
1.7582-1.82860.30431310.2867249395
1.8286-1.91180.31681340.2669254398
1.9118-2.01260.26931370.2433259799
2.0126-2.13870.24541380.2278262499
2.1387-2.30380.2661390.21632646100
2.3038-2.53560.22891400.21812657100
2.5356-2.90240.21091410.21162679100
2.9024-3.65630.20071440.20712729100
3.6563-39.30.21951530.187290199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.93-0.5432-0.06080.7611-0.43220.61730.4943-0.52420.21320.8428-0.09650.22930.2641-0.21910.01160.3953-0.0569-0.00350.3257-0.00820.33270.0473-27.008817.5344
21.4752-1.0305-0.34811.2874-0.27531.6527-0.1199-0.11570.63360.37170.1835-0.3904-0.77290.5609-0.00960.4992-0.04450.0360.458-0.08850.435713.78850.726227.8699
33.39820.47961.64020.63551.22822.07950.00790.12740.28620.471-0.02730.1758-0.2650.14550.00170.27710.0110.01010.27860.00460.258114.9551-8.920219.9305
42.10520.2121.07181.8301-0.23191.77180.09720.1355-0.12330.1969-0.0482-0.08070.07930.24150.0010.23960.0417-0.00430.2368-0.02390.221812.5581-18.383313.8894
50.6942-0.0845-0.55310.60510.0380.3475-0.3149-0.01380.26430.04390.08820.6017-0.4695-0.4354-0.00510.35820.0887-0.05490.2967-0.0010.39920.8022-0.449616.833
60.2516-0.04780.28180.5291-0.0570.8108-0.2773-0.16830.19880.21840.0623-0.2201-0.39230.2513-0.0030.520.0704-0.05350.3108-0.0610.38725.85947.397612.4079
70.6741-0.74180.10641.30660.03530.3392-0.17550.30780.5905-0.22680.16740.4168-0.17060.02980.00250.33720.058-0.04380.310.03420.32124.0992-3.03873.8382
81.31170.93831.84042.82730.00593.00760.02090.1934-0.11610.17820.05060.08060.24810.16740.01450.29390.0591-0.05160.2092-0.03270.23077.8994-22.14248.787
90.98621.11160.48942.14370.33073.66740.26270.43870.0473-0.2213-0.19750.28470.1143-0.36950.00140.29650.0963-0.04570.3261-0.09470.30160.1021-27.21484.375
100.9922-0.00010.15031.27030.26160.56450.12540.2368-0.0444-0.1606-0.1733-0.14010.08040.13020.00010.35510.0747-0.00510.39330.07870.249812.9594-9.51023.5298
110.40590.08790.11170.1677-0.0680.36430.00160.22010.0383-0.06250.0487-0.5532-0.12990.204500.3802-0.01770.01980.4190.08650.35924.9309-5.851214.4282
120.91710.15810.61490.77260.33310.41120.4544-0.3079-0.14740.6823-0.3224-0.06180.28880.5447-0.00230.3713-0.0306-0.0780.3708-0.01370.302423.6962-19.708324.4236
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 300 through 314 )A300 - 314
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 315 through 340 )A315 - 340
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 341 through 361 )A341 - 361
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 362 through 397 )A362 - 397
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 398 through 409 )A398 - 409
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 410 through 421 )A410 - 421
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 422 through 440 )A422 - 440
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 441 through 466 )A441 - 466
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 467 through 494 )A467 - 494
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 495 through 522 )A495 - 522
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 523 through 538 )A523 - 538
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 742 through 753 )C742 - 753

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る