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万見
- PDB-6w98: Single-Particle Cryo-EM Structure of Arabinofuranosyltransferase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w98
タイトルSingle-Particle Cryo-EM Structure of Arabinofuranosyltransferase AftD from Mycobacteria
要素
  • Acyl carrier protein
  • F5/8 type C domain-containing protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Glycosyltransferase / lipomannan / lipoarabinomannan / arabinofuranose / nanodisc / single-particle cryo-electron microscopy / acyl carrier protein
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid A biosynthetic process / lipid biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / phosphopantetheine binding / membrane => GO:0016020 / fatty acid biosynthetic process / transferase activity / response to xenobiotic stimulus / lipid binding ...lipid A biosynthetic process / lipid biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / phosphopantetheine binding / membrane => GO:0016020 / fatty acid biosynthetic process / transferase activity / response to xenobiotic stimulus / lipid binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-(1->3)-arabinofuranosyltransferase / Alpha-(1->3)-arabinofuranosyltransferase, N-terminal GT-C domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily ...Alpha-(1->3)-arabinofuranosyltransferase / Alpha-(1->3)-arabinofuranosyltransferase, N-terminal GT-C domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6OU / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / F5/8 type C domain-containing protein / Acyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacteroides abscessus subsp. abscessus (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Tan, Y.Z. / Zhang, L. / Rodrigues, J. / Zheng, R.B. / Giacometti, S.I. / Rosario, A.L. / Kloss, B. / Dandey, V.P. / Wei, H. / Brunton, R. ...Tan, Y.Z. / Zhang, L. / Rodrigues, J. / Zheng, R.B. / Giacometti, S.I. / Rosario, A.L. / Kloss, B. / Dandey, V.P. / Wei, H. / Brunton, R. / Raczkowski, A.M. / Athayde, D. / Catalao, M.J. / Pimentel, M. / Clarke, O.B. / Lowary, T.L. / Archer, M. / Niederweis, M. / Potter, C.S. / Carragher, B. / Mancia, F.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103310 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM111980 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM132120 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R21 AI119672 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM116799 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103310 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM Structures and Regulation of Arabinofuranosyltransferase AftD from Mycobacteria.
著者: Yong Zi Tan / Lei Zhang / José Rodrigues / Ruixiang Blake Zheng / Sabrina I Giacometti / Ana L Rosário / Brian Kloss / Venkata P Dandey / Hui Wei / Richard Brunton / Ashleigh M Raczkowski / ...著者: Yong Zi Tan / Lei Zhang / José Rodrigues / Ruixiang Blake Zheng / Sabrina I Giacometti / Ana L Rosário / Brian Kloss / Venkata P Dandey / Hui Wei / Richard Brunton / Ashleigh M Raczkowski / Diogo Athayde / Maria João Catalão / Madalena Pimentel / Oliver B Clarke / Todd L Lowary / Margarida Archer / Michael Niederweis / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Filippo Mancia /
要旨: Mycobacterium tuberculosis causes tuberculosis, a disease that kills over 1 million people each year. Its cell envelope is a common antibiotic target and has a unique structure due, in part, to two ...Mycobacterium tuberculosis causes tuberculosis, a disease that kills over 1 million people each year. Its cell envelope is a common antibiotic target and has a unique structure due, in part, to two lipidated polysaccharides-arabinogalactan and lipoarabinomannan. Arabinofuranosyltransferase D (AftD) is an essential enzyme involved in assembling these glycolipids. We present the 2.9-Å resolution structure of M. abscessus AftD, determined by single-particle cryo-electron microscopy. AftD has a conserved GT-C glycosyltransferase fold and three carbohydrate-binding modules. Glycan array analysis shows that AftD binds complex arabinose glycans. Additionally, AftD is non-covalently complexed with an acyl carrier protein (ACP). 3.4- and 3.5-Å structures of a mutant with impaired ACP binding reveal a conformational change, suggesting that ACP may regulate AftD function. Mutagenesis experiments using a conditional knockout constructed in M. smegmatis confirm the essentiality of the putative active site and the ACP binding for AftD function.
履歴
登録2020年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32025年4月2日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年4月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: database_2 / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21580
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F5/8 type C domain-containing protein
B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,3866
ポリマ－158,2302
非ポリマー1,1574
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Wild-type Mycobacterial Arabinofuranosyltransferase AftD Complexed with Acyl Carrier Protein
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1620 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area54940 Å2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 F5/8 type C domain-containing protein


分子量: 149584.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus subsp. abscessus (バクテリア)
遺伝子: SAMEA2161603_00457 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1N1NKH9
#2: タンパク質 Acyl carrier protein / ACP / Cytosolic-activating factor / CAF / Fatty acid synthase acyl carrier protein


分子量: 8645.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A6A8

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非ポリマー , 4種, 5分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-6OU / [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / POPE


分子量: 717.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76NO8P / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物 ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸


分子量: 358.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H23N2O7PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Wild-type Mycobacterial Arabinofuranosyltransferase AftD Complexed with Acyl Carrier ProteinORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#1-#20MULTIPLE SOURCES
2F5/8 type C domain-containing proteinCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Acyl carrier proteinORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#21NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.16 MDaNO
210.049 MDaNO
310.050 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Mycobacteroides abscessus subsp. abscessus (バクテリア)1185650
23Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)83333
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: Solution was filtered and degassed.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
2200 mMSodium ChlorideNaCl1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Protein was incorporated into lipid nanodiscs.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Homemade
急速凍結装置: SPOTITON / 凍結剤: ETHANE / 凍結前の試料温度: 298 K
詳細: The Spotiton V1.0 robot was operating at room temperature and moderate humidity.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 13.05 sec. / 電子線照射量: 95.72 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 7274
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 15 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 90 / 利用したフレーム数/画像: 1-90

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch0.53粒子像選択
2Leginon3.4画像取得
4RELION2.1CTF補正
5cisTEM1CTF補正
6cryoSPARC2CTF補正
9Cootモデルフィッティング
10Buccaneerモデルフィッティング
12PHENIXモデル精密化
13cryoSPARC2初期オイラー角割当
14cryoSPARC2最終オイラー角割当
15RELION2.1分類
16RELION2.1３次元再構成
画像処理詳細: Energy filter slit width of 15 eV was used during the collection and was aligned automatically every hour using Leginon.
CTF補正詳細: CTF was estimated using GCTF and refined throughout the pipeline using cisTEM.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2800102
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 490616 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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