PDB-6h6m: CR10 murine norovirus protruding domain in complex with the CD300...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h6m

タイトル

CR10 murine norovirus protruding domain in complex with the CD300lf receptor and glycochenodeoxycholate (GCDCA)

要素

CMRF35-like molecule 1
Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / CR10 / sCD300lf / GCDCA / bile acid / glycochenodeoxycholate

機能・相同性

機能・相同性情報

interleukin-13-mediated signaling pathway / negative regulation of MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of apoptotic cell clearance / interleukin-4 receptor binding / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of mast cell activation / ceramide binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / phosphatidylserine binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Murine norovirus GV/CR10/2005/USA (ウイルス)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Kilic, T. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of murine norovirus protruding domain with conjugated bile acid reveal a novel binding pocket.
著者: Kilic, T. / Koromyslova, A. / Malak, V. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2018年7月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h6m.cif.gz	564.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h6m.ent.gz	466.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h6m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6h6m_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h6m_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	6h6m_validation.xml.gz	54.9 KB	表示
CIF形式データ	6h6m_validation.cif.gz	75.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/6h6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/6h6m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6h6lC 5or7S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5nbn-1 5zoy-d 6gcu-2 2zki-d 0437 6cz9-d 5kyn-d 4am6-d 6cza-d 5zpj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

C: Capsid protein

D: Capsid protein

E: CMRF35-like molecule 1

F: CMRF35-like molecule 1

ヘテロ分子

161 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.940, 137.550, 93.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.84, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Capsid protein 分子量: 33138.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Murine norovirus GV/CR10/2005/USA (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A7YK37
#2: タンパク質	CMRF35-like molecule 1 / CLM-1 / CD300 antigen-like family member F / Leukocyte mono-Ig-like receptor 3 / Myeloid-associated ...CLM-1 / CD300 antigen-like family member F / Leukocyte mono-Ig-like receptor 3 / Myeloid-associated immunoglobulin-like receptor 5 / MAIR-V 分子量: 12554.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd300lf, Clm1, Lmir3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6SJQ7

#1: タンパク質

Capsid protein

分子量: 33138.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Murine norovirus GV/CR10/2005/USA (ウイルス)
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A7YK37

#2: タンパク質

CMRF35-like molecule 1 / CLM-1 / CD300 antigen-like family member F / Leukocyte mono-Ig-like receptor 3 / Myeloid-associated ...

分子量: 12554.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd300lf, Clm1, Lmir3 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6SJQ7

-
非ポリマー , 6種, 536分子

#3: 化合物	ChemComp-CHO / GLYCOCHENODEOXYCHOLIC ACID / グリコケノデオキシコ-ル酸分子量: 449.623 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₄₃NO₅ / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.21 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Citric Acid pH 4.0, 30%(w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97472 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97472 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.38→46.66 Å / Num. obs: 75003 / % possible obs: 97.94 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 31.86 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.1066 / R_pim(I) all: 0.06797 / R_rim(I) all: 0.1268 / Net I/σ(I): 8.74
反射シェル	解像度: 2.38→2.47 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 6866 / CC_1/2: 0.794 / R_pim(I) all: 0.3468 / R_rim(I) all: 0.6427 / % possible all: 89.99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS	VERSION Nov 1, 2016	データ削減
XSCALE	VERSION Nov 1, 2016	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OR7

5or7

解像度: 2.38→46.66 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.94

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2249	3750	5 %
R_work	0.1861	-	-
obs	0.1881	74993	97.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38→46.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10851	0	209	511	11571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	11356
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.643	15551
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.236	7313
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	1771
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2004

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3811-2.4112	0.3338	106	0.2532	2025	X-RAY DIFFRACTION	76
2.4112-2.443	0.2882	137	0.249	2607	X-RAY DIFFRACTION	97
2.443-2.4764	0.2852	140	0.2461	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4764-2.5118	0.2766	139	0.2455	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5118-2.5493	0.2986	141	0.2553	2678	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5493-2.5891	0.322	140	0.2443	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5891-2.6316	0.2675	139	0.2314	2636	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6316-2.6769	0.2777	139	0.2193	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6769-2.7256	0.2766	139	0.2216	2640	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7256-2.778	0.265	139	0.2106	2650	X-RAY DIFFRACTION	99
2.778-2.8347	0.2575	140	0.2011	2665	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8347-2.8963	0.2363	140	0.2028	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8963-2.9637	0.2438	140	0.205	2655	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9637-3.0378	0.2807	141	0.2182	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0378-3.1199	0.2361	139	0.2073	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1199-3.2117	0.2472	141	0.1978	2674	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2117-3.3154	0.2205	140	0.1982	2658	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3154-3.4338	0.2159	140	0.1949	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4338-3.5713	0.255	141	0.1897	2666	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5713-3.7337	0.2393	141	0.186	2674	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7337-3.9305	0.2127	140	0.1693	2666	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9305-4.1766	0.1736	141	0.1539	2675	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1766-4.4988	0.1627	141	0.137	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4988-4.9511	0.1679	140	0.1372	2674	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9511-5.6665	0.1806	141	0.1551	2666	X-RAY DIFFRACTION	99
5.6665-7.1351	0.2246	142	0.1668	2708	X-RAY DIFFRACTION	99
7.1351-46.6659	0.1862	143	0.1688	2698	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2734	-0.0121	-0.0913	3.2144	1.2451	2.2785	0.0482	-0.0158	0.3541	-0.0117	0.0449	0.3402	-0.2123	-0.0691	-0.0844	0.3294	0.0327	0.0384	0.2297	0.0198	0.407	74.2649	36.3134	-93.7423
2	2.1	-2.2125	0.3465	8.7343	-0.2529	0.6602	-0.0322	0.008	0.2549	0.5217	-0.0538	-0.2517	-0.1209	0.0737	0.077	0.3309	-0.0456	0.0126	0.2399	-0.035	0.2266	88.7318	29.0165	-84.8116
3	1.2809	0.5051	-0.1452	1.4956	-1.1661	1.506	0.0592	-0.3755	0.0793	0.3575	-0.1038	-0.0358	-0.1299	0.0067	0.0071	0.3699	-0.0609	0.0148	0.3333	-0.0177	0.2311	89.8674	24.7937	-80.3656
4	9.3645	-0.6679	-2.1186	2.7321	-2.387	2.82	0.1825	0.4255	-0.5547	-0.1741	-0.2889	-0.2241	0.4409	0.0548	0.1162	0.4588	-0.0139	-0.0577	0.2679	-0.0795	0.2301	95.8167	12.3978	-90.5155
5	2.0111	0.2571	-0.105	1.4711	0.0278	0.9191	0.0533	-0.2401	0.0276	0.2697	-0.1294	0.027	0.0876	-0.0666	0.0818	0.3208	-0.0646	0.0254	0.2863	-0.0015	0.2497	85.5457	18.8296	-81.3779
6	1.2451	-1.1478	0.0828	1.129	0.4111	2.99	0.2095	0.0212	0.0599	0.0299	-0.0606	0.4517	0.2584	-0.3338	-0.0987	0.1578	-0.0261	0.0448	0.288	-0.025	0.4136	68.9372	28.9776	-91.8029
7	2.8118	0.5011	0.2544	4.0313	0.3971	2.8793	0.1604	0.0925	0.7467	-0.0061	-0.1315	0.4296	-0.4806	-0.1866	0.008	0.3693	0.0533	0.0437	0.2832	0.0314	0.5376	73.4351	44.8325	-96.1154
8	0.4219	-0.2835	-0.2962	2.5769	2.9995	4.296	0.1955	0.1398	0.146	0.1691	-0.2625	0.3431	-0.011	-0.5371	0.027	0.3588	0.0741	0.0662	0.3311	0.0277	0.7531	64.3691	39.3579	-94.7699
9	0.1744	0.3959	-0.0031	1.8525	-0.5765	0.3341	-0.0071	0.0303	0.2279	-0.293	0.0736	0.0533	0.0014	-0.1065	0.2705	0.6423	0.2291	0.1241	0.2065	-0.0521	0.875	65.9923	51.0909	-93.9182
10	1.1699	0.6208	-0.0327	1.3033	-0.2177	0.1754	0.0115	0.1707	0.0351	-0.1448	0.0473	0.0843	0.0835	-0.014	-0.0704	0.3128	-0.0017	-0.0184	0.2299	0.0008	0.2273	91.1752	29.8896	-107.5939
11	2.3019	2.5396	0.6411	4.0623	2.0567	2.1832	0.2637	-0.4705	0.1751	0.003	-0.3957	0.2221	0.4612	-0.1292	0.174	0.3933	-0.0044	-0.0217	0.2921	0.0069	0.2186	80.8186	11.163	-102.0727
12	2.968	1.6436	-0.5115	2.5187	-1.1345	1.4256	-0.2505	0.3806	-0.4326	-0.5754	-0.0323	-0.1603	0.1167	-0.0315	0.2048	0.3944	-0.0256	-0.002	0.3032	-0.082	0.3027	89.4064	15.7368	-112.6515
13	0.6058	0.8111	0.0245	1.595	-0.2562	0.2293	-0.0123	0.1256	0.0227	-0.1831	0.0544	-0.0216	0.0453	0.0004	-0.0592	0.3389	0.0159	-0.0023	0.2809	-0.0176	0.2378	95.5099	25.9977	-106.9649
14	2.6478	0.8611	-0.3199	3.7359	-0.4753	2.0434	-0.083	0.088	0.3078	0.1278	0.0153	-0.0953	-0.4929	0.1578	0.103	0.2961	-0.0283	0.0309	0.1834	-0.022	0.3247	102.9452	50.3844	-98.874
15	1.955	0.2585	-0.4599	4.9137	-2.5543	2.8945	0.0394	-0.0715	0.0979	0.122	-0.0404	-0.284	0.0122	0.1489	-0.0057	0.2781	0.0074	0.0215	0.1882	-0.018	0.229	107.5006	46.8488	-102.497
16	1.3131	0.6594	-0.2659	0.76	0.4495	1.6778	0.0394	0.0906	0.1033	-0.1752	-0.1336	0.186	-0.1424	-0.1025	-0.0076	0.3291	0.0041	-0.0606	0.3147	0.0206	0.2396	110.8599	33.5507	-42.9128
17	1.6775	-0.1921	-0.8624	0.3823	0.2968	1.235	0.0429	-0.0813	-0.0234	-0.0755	0.0073	-0.0765	0.0572	0.2232	-0.0349	0.3504	0.0107	0.0098	0.189	0.0306	0.2633	127.6831	24.6958	-44.2784
18	0.7656	-0.2567	-0.2172	1.0299	0.3736	0.7402	0.0221	-0.0214	-0.0938	-0.0662	-0.0261	-0.0101	0.1209	0.0172	0.0309	0.3269	0.0056	-0.0112	0.191	0.0284	0.2337	124.5863	18.9626	-43.6884
19	1.6928	1.4764	-0.4171	5.2138	-0.4312	3.6143	0.2622	-0.2688	0.2087	-0.0147	-0.354	0.5168	-0.286	-0.2559	0.0351	0.2776	0.0582	-0.0036	0.2631	-0.0793	0.2737	109.1673	43.984	-33.9641
20	2.7706	2.2609	-0.0256	5.2391	0.5733	2.774	-0.0831	-0.2104	0.2861	0.1099	0.0661	0.0349	-0.1792	-0.2377	0.0044	0.3283	0.0777	0.0149	0.252	-0.0207	0.2841	110.534	39.9193	-28.7945
21	1.8797	-0.6583	0.6748	1.3308	-0.0514	1.3222	0.0432	-0.0703	0.1942	0.1835	-0.0785	-0.4828	0.013	-0.0498	0.0439	0.3312	-0.0105	-0.019	0.2769	0.0138	0.2341	117.4434	35.6742	-57.7597
22	2.5377	-0.4747	0.5989	1.762	0.1745	0.869	0.0167	0.0512	0.0197	-0.1535	-0.0899	0.1395	0.0498	-0.2665	0.0629	0.4062	0.0084	-0.0187	0.2187	-0.0043	0.2339	107.4022	32.891	-65.1676
23	1.969	-0.0027	-0.0541	1.9174	0.2311	1.4568	0.2087	-0.2382	-0.5048	-0.0789	-0.1941	0.1177	0.3263	-0.2195	-0.0774	0.4731	-0.1426	-0.0567	0.3585	0.0842	0.4326	102.4538	10.782	-51.9567
24	1.5905	0.0898	0.1117	1.7909	0.2475	1.463	0.2796	-0.4046	-0.5628	-0.0392	-0.1361	0.0518	0.3905	0.0656	-0.0629	0.3824	-0.076	-0.0642	0.3775	0.082	0.3404	103.6764	16.0921	-52.0047
25	3.0163	-2.6015	1.0027	4.7067	-2.398	1.928	-0.0207	0.0726	-0.526	0.0041	0.0366	0.1789	0.1055	-0.2131	0.0663	0.5053	-0.1216	-0.0979	0.3103	0.041	0.4491	102.8543	11.1498	-58.2384
26	1.8114	0.1079	-0.3952	1.0147	-0.3437	1.1455	0.2269	-0.1632	-0.4207	-0.1962	-0.1296	0.1943	0.2724	-0.1819	-0.0657	0.4271	-0.0618	-0.1139	0.278	-0.0027	0.3531	103.6758	13.622	-59.3454
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30	6.939	1.3736	0.5455	2.1347	0.768	2.0832	-0.2664	0.1733	-0.4825	-0.2222	-0.0149	-0.1122	0.0533	0.2632	0.2765	0.4136	-0.0412	0.0836	0.2749	0.0421	0.2905	70.8946	-5.7032	-77.0485
31	7.4604	0.1445	-0.1544	3.1178	0.4135	1.9896	0.1463	-0.4773	-0.2079	0.2198	-0.2923	-0.268	0.1402	0.8131	0.0661	0.3858	-0.0398	0.0134	0.4744	0.0949	0.2537	78.8636	-0.3982	-68.2164
32	3.784	0.4946	4.9606	7.5239	-1.0877	7.5484	-0.3845	0.8256	-0.558	1.0718	0.1162	-0.5882	-0.7878	0.2637	0.172	0.4376	-0.0533	0.003	0.3071	-0.0005	0.3922	76.1334	10.149	-79.1838
33	3.3859	0.5826	-0.1587	2.3999	0.0923	1.9027	0.0145	-0.9078	-0.2009	0.5472	-0.2172	0.1301	-0.126	0.6416	0.0514	0.4793	-0.0688	0.1075	0.476	0.0414	0.2376	70.6149	3.6665	-63.5055
34	3.8789	0.7802	-0.7914	2.6821	0.363	2.0895	-0.077	-1.0069	-0.4604	0.6831	-0.0074	-0.3332	0.1885	0.5033	0.159	0.424	0	0.0573	0.5071	0.2046	0.3514	75.2756	-4.5901	-64.8022
35	7.7006	5.2163	-5.5315	3.6724	-3.7761	3.9872	0.3327	-0.5291	0.6511	0.1063	-0.0771	0.5466	-0.6475	0.0913	-0.266	0.5351	0.0216	0.0762	0.2995	0.0099	0.3829	59.0666	-0.0834	-75.3039
36	5.4161	3.4634	-0.7302	4.8076	-0.9357	0.9323	0.518	-0.9171	-0.0428	0.0044	-0.5226	-0.3368	0.4868	0.094	-0.0482	0.3518	-0.0532	0.0238	0.3817	0.0427	0.2817	78.945	5.5116	-73.8311
37	8.4857	-1.673	3.6488	0.4025	-0.2114	5.2133	-0.5281	-0.3022	-0.5534	-0.3049	0.171	-0.0836	0.1961	-0.0124	0.3011	0.3531	0.0371	0.0599	0.1884	0.0425	0.2853	68.6149	-2.8244	-79.8011
38	0.4275	0.0993	-1.0604	0.094	-0.3476	2.9317	-0.1535	1.1309	-0.4244	-0.3997	0.4574	0.149	0.6745	-0.9471	-0.0115	0.5592	-0.0195	-0.0721	0.4021	-0.0239	0.3209	135.3698	-8.4599	-40.5245
39	6.3015	3.4458	-2.2799	4.2931	-3.5635	8.2857	0.3653	-0.3296	0.1418	0.3261	-0.1931	0.1301	-0.5131	-0.473	-0.5483	0.552	0.0188	-0.1014	0.1743	0.0188	0.3551	127.8821	-9.668	-19.8222
40	8.2147	-0.5317	-5.7301	2.806	0.8323	4.0558	-0.0024	0.4049	-0.5643	0.1894	-0.161	-0.181	0.5198	-0.286	0.3412	0.4581	0.0029	-0.0773	0.2491	-0.0123	0.2375	141.3605	-8.3695	-35.1423
41	7.204	0.3978	-6.3845	1.9655	0.7618	8.6373	0.1986	0.2381	0.0941	0.0672	0.1083	-0.2678	-0.6726	-0.26	-0.4544	0.4453	0.0138	0.0068	0.2247	0.0195	0.2639	142.6054	0.1882	-33.6017
42	8.3768	-4.5434	5.0645	3.5992	-1.4647	5.6731	-0.276	0.0095	0.4083	-0.2531	-0.2361	-1.2314	0.6214	-0.1422	0.5319	0.5595	0.0278	0.0735	0.1846	0.025	0.3174	130.1098	6.2089	-35.5231
43	2.4234	-1.3091	-1.5405	1.2869	-0.3644	3.5184	-0.3131	-0.0863	-0.0374	0.2587	0.3142	-0.2253	-0.0759	0.1715	-0.0377	0.3946	-0.0009	-0.0362	0.2388	-0.052	0.3281	145.61	0.8852	-27.8051
44	2.2268	0.7952	-1.5973	0.5277	0.4479	5.3359	-0.1837	-0.04	-0.1943	0.4125	0.0535	-0.3316	0.348	0.2675	0.1182	0.4901	0.0357	-0.1152	0.2293	-0.0059	0.3446	143.1585	-5.3525	-26.9136
45	5.392	-4.5613	-0.5574	5.3099	-0.9801	2.2279	-0.2091	-0.9183	1.0151	0.548	0.1646	0.0458	-0.8006	0.4861	0.2361	0.5217	-0.0474	-0.0095	0.3075	-0.0938	0.3813	129.0152	-2.8103	-17.5661
46	1.7052	0.2469	-1.0917	0.6322	0.783	2.1552	0.0391	0.059	0.1393	-0.0776	0.0978	0.002	0.1896	-0.0334	-0.0466	0.4291	0.0098	-0.0712	0.2192	0.0094	0.3545	132.1472	-2.1006	-32.1786

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 228 through 269 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 270 through 298 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 299 through 332 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 333 through 349 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 350 through 419 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 420 through 446 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 447 through 492 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 493 through 512 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 513 through 530 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 228 through 332 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 333 through 349 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 350 through 372 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 373 through 464 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 465 through 492 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 493 through 530 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 228 through 250 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 251 through 332 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 333 through 464 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 465 through 492 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 493 through 530 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 228 through 250 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 251 through 282 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 283 through 310 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 311 through 349 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 350 through 372 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 373 through 419 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 420 through 446 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 447 through 492 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 493 through 530 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 1 through 17 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 18 through 37 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 38 through 44 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 45 through 61 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 62 through 77 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 78 through 85 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 86 through 98 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 99 through 111 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 1 through 8 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 9 through 17 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 18 through 28 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 29 through 37 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 38 through 44 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 45 through 56 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 57 through 77 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 78 through 85 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 86 through 111 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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