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Yorodumi- PDB-6h6m: CR10 murine norovirus protruding domain in complex with the CD300... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6h6m | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | CR10 murine norovirus protruding domain in complex with the CD300lf receptor and glycochenodeoxycholate (GCDCA) | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / CR10 / sCD300lf / GCDCA / bile acid / glycochenodeoxycholate | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationnegative regulation of MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / interleukin-13-mediated signaling pathway / negative regulation of mast cell activation / interleukin-4 receptor binding / negative regulation of apoptotic cell clearance / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / ceramide binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / phosphatidylserine binding ...negative regulation of MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / interleukin-13-mediated signaling pathway / negative regulation of mast cell activation / interleukin-4 receptor binding / negative regulation of apoptotic cell clearance / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / ceramide binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / phosphatidylserine binding / osteoclast differentiation / virion component / virus receptor activity / host cell cytoplasm / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Murine norovirus GV/CR10/2005/USA![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.38 Å | ||||||
Authors | Kilic, T. / Hansman, G.S. | ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Crystal structures of murine norovirus protruding domain with conjugated bile acid reveal a novel binding pocket. Authors: Kilic, T. / Koromyslova, A. / Malak, V. / Hansman, G.S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6h6m.cif.gz | 564.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6h6m.ent.gz | 466.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6h6m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/6h6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/6h6m | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6h6lC ![]() 5or7S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 6 molecules ABCDEF
| #1: Protein | Mass: 33138.375 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Murine norovirus GV/CR10/2005/USA / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 12554.189 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 536 molecules 










| #3: Chemical | ChemComp-CHO / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-NA / #6: Chemical | ChemComp-PEG / | #7: Chemical | ChemComp-PGE / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.09 Å3/Da / Density % sol: 60.21 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M Citric Acid pH 4.0, 30%(w/v) PEG 6000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 0.97472 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 1, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97472 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.38→46.66 Å / Num. obs: 75003 / % possible obs: 97.94 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 31.86 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.1066 / Rpim(I) all: 0.06797 / Rrim(I) all: 0.1268 / Net I/σ(I): 8.74 |
| Reflection shell | Resolution: 2.38→2.47 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 6866 / CC1/2: 0.794 / Rpim(I) all: 0.3468 / Rrim(I) all: 0.6427 / % possible all: 89.99 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5OR7 Resolution: 2.38→46.66 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 23.94
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.38→46.66 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Murine norovirus GV/CR10/2005/USA
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