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- PDB-6w66: The structure of the F64A, S172A mutant Keap1-BTB domain in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w66
タイトルThe structure of the F64A, S172A mutant Keap1-BTB domain in complex with SKP1-FBXL17
要素
  • F-box/LRR-repeat protein 17
  • Kelch-like ECH-associated protein 1
  • S-phase kinase-associated protein 1
キーワードLIGASE/SIGNALING PROTEIN / E3 Ligase / Complex / BTB domain / LIGASE / LIGASE-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


F-box domain binding / PcG protein complex / regulation of epidermal cell differentiation / regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of protein location in nucleus / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / neural crest cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 ...F-box domain binding / PcG protein complex / regulation of epidermal cell differentiation / regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of protein location in nucleus / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / neural crest cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / entrainment of circadian clock by photoperiod / Prolactin receptor signaling / protein monoubiquitination / cullin family protein binding / centriolar satellite / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / cellular response to interleukin-4 / protein K48-linked ubiquitination / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / inclusion body / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / molecular function activator activity / regulation of autophagy / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / actin filament / Vpu mediated degradation of CD4 / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Iron uptake and transport / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / Negative regulation of NOTCH4 signaling / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / beta-catenin binding / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / protein polyubiquitination / Regulation of RUNX2 expression and activity / Cyclin D associated events in G1 / disordered domain specific binding / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / KEAP1-NFE2L2 pathway / Circadian Clock / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / nervous system development / cellular response to oxidative stress / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / chromatin remodeling / protein domain specific binding / centrosome / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box-like ...Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box-like / F-box domain / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Leucine Rich repeat / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-phase kinase-associated protein 1 / Kelch-like ECH-associated protein 1 / F-box/LRR-repeat protein 17
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Mena, E.L. / Gee, C.L. / Kuriyan, J. / Rape, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structural basis for dimerization quality control.
著者: Elijah L Mena / Predrag Jevtić / Basil J Greber / Christine L Gee / Brandon G Lew / David Akopian / Eva Nogales / John Kuriyan / Michael Rape /
要旨: Most quality control pathways target misfolded proteins to prevent toxic aggregation and neurodegeneration. Dimerization quality control further improves proteostasis by eliminating complexes of ...Most quality control pathways target misfolded proteins to prevent toxic aggregation and neurodegeneration. Dimerization quality control further improves proteostasis by eliminating complexes of aberrant composition, but how it detects incorrect subunits remains unknown. Here we provide structural insight into target selection by SCF-FBXL17, a dimerization-quality-control E3 ligase that ubiquitylates and helps to degrade inactive heterodimers of BTB proteins while sparing functional homodimers. We find that SCF-FBXL17 disrupts aberrant BTB dimers that fail to stabilize an intermolecular β-sheet around a highly divergent β-strand of the BTB domain. Complex dissociation allows SCF-FBXL17 to wrap around a single BTB domain, resulting in robust ubiquitylation. SCF-FBXL17 therefore probes both shape and complementarity of BTB domains, a mechanism that is well suited to establish quality control of complex composition for recurrent interaction modules.
履歴
登録2020年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-phase kinase-associated protein 1
B: F-box/LRR-repeat protein 17
C: Kelch-like ECH-associated protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,5113
ポリマ－78,5113
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6450 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area30930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.665, 183.665, 55.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"

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要素

#1: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of ...SKP1 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti protein II / OCP-II / RNA polymerase II elongation factor-like protein / SIII / Transcription elongation factor B polypeptide 1-like / p19skp1


分子量: 18679.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP1, EMC19, OCP2, SKP1A, TCEB1L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): LOBSTR / 参照: UniProt: P63208
#2: タンパク質 F-box/LRR-repeat protein 17 / F-box and leucine-rich repeat protein 17 / F-box only protein 13


分子量: 44970.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBXL17, FBL17, FBX13, FBXO13 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UF56
#3: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19


分子量: 14861.131 Da / 分子数: 1 / Fragment: BTB domain / Mutation: F64A/S172A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): LOBSTR / 参照: UniProt: Q14145

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: well solution 37.5 ul of 50 mM MgCl2, 100 mM HEPES pH 7.5, 30% (v/v) PEG MME 550 (E7 Hampton Index) + 12.5ul H2O mixed 1:1 with complex at 15mg/ml in 150 mM NaCl, 25 mM Tris/HCl pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月3日
放射モノクロメーター: S111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.21→159.06 Å / Num. obs: 17752 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 101.91 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.289 / Rpim(I) all: 0.093 / Rrim(I) all: 0.304 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.21-3.4310.24.1453201031390.4521.3444.3630.798
9.07-159.06100.033842584610.0110.03552.599.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.21 Å79.53 Å
Translation3.21 Å79.53 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CXI, 2ASS, 1FQV

4cxi

2ass

1fqv


解像度: 3.21→79.53 Å / SU ML: 0.4835 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.2992
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2896 823 4.7 %
Rwork0.2518 --
obs0.2535 17524 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 119.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.21→79.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5220 0 0 0 5220
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00165300
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.41777155
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0385832
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0026910
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.3183267
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.21-3.410.40841160.40552624X-RAY DIFFRACTION93.32
3.41-3.670.38781500.36472765X-RAY DIFFRACTION99.35
3.67-4.040.36641460.29982759X-RAY DIFFRACTION98.71
4.04-4.630.27451200.2482824X-RAY DIFFRACTION99.59
4.63-5.830.28441480.25022809X-RAY DIFFRACTION99.8
5.83-79.50.23241430.19392920X-RAY DIFFRACTION99.84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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