PDB-3ogl: Structure of COI1-ASK1 in complex with JA-isoleucine and the JAZ1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ogl

タイトル

Structure of COI1-ASK1 in complex with JA-isoleucine and the JAZ1 degron

要素

Coronatine-insensitive protein 1
JAZ1 incomplete degron peptide
SKP1-like protein 1A

キーワード

PROTEIN BINDING / Leucine-rich Repeats / ubiquitin ligase / SCF

機能・相同性

機能・相同性情報

jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance / regulation of cellular response to alkaline pH / shade avoidance / negative regulation of defense response / regulation of jasmonic acid mediated signaling pathway / regulation of defense response / anther dehiscence / extracellular ATP signaling / response to insect / regulation of flower development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.18 Å

データ登録者

Sheard, L.B. / Tan, X. / Mao, H. / Withers, J. / Ben-Nissan, G. / Hinds, T.R. / Hsu, F. / Sharon, M. / Browse, J. / He, S.Y. ...

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Jasmonate perception by inositol-phosphate-potentiated COI1-JAZ co-receptor.
著者: Sheard, L.B. / Tan, X. / Mao, H. / Withers, J. / Ben-Nissan, G. / Hinds, T.R. / Kobayashi, Y. / Hsu, F.F. / Sharon, M. / Browse, J. / He, S.Y. / Rizo, J. / Howe, G.A. / Zheng, N.

履歴

登録	2010年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ogl.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ogl.ent.gz	939.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ogl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ogl_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ogl_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	3ogl_validation.xml.gz	226.6 KB	表示
CIF形式データ	3ogl_validation.cif.gz	298.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/3ogl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/3ogl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ogkC 3ogmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ogm-1 3ogm-2 3ogm-3 3ogm-7 3ogm-5 3ogm-8 2p1q-d 2p1n-1 3ogm-4 2p1n-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (14) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (14) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (9) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (5)

登録構造単位

A: SKP1-like protein 1A

B: Coronatine-insensitive protein 1

Q: JAZ1 incomplete degron peptide

C: SKP1-like protein 1A

D: Coronatine-insensitive protein 1

R: JAZ1 incomplete degron peptide

E: SKP1-like protein 1A

F: Coronatine-insensitive protein 1

S: JAZ1 incomplete degron peptide

G: SKP1-like protein 1A

H: Coronatine-insensitive protein 1

I: SKP1-like protein 1A

J: Coronatine-insensitive protein 1

U: JAZ1 incomplete degron peptide

K: SKP1-like protein 1A

L: Coronatine-insensitive protein 1

V: JAZ1 incomplete degron peptide

M: SKP1-like protein 1A

N: Coronatine-insensitive protein 1

W: JAZ1 incomplete degron peptide

O: SKP1-like protein 1A

P: Coronatine-insensitive protein 1

X: JAZ1 incomplete degron peptide

ヘテロ分子

709 kDa, 23 ポリマー
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1

A: SKP1-like protein 1A

B: Coronatine-insensitive protein 1

Q: JAZ1 incomplete degron peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.9 kDa, 3 ポリマー
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2

C: SKP1-like protein 1A

D: Coronatine-insensitive protein 1

R: JAZ1 incomplete degron peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: SKP1-like protein 1A

F: Coronatine-insensitive protein 1

S: JAZ1 incomplete degron peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.9 kDa, 3 ポリマー
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4

G: SKP1-like protein 1A

H: Coronatine-insensitive protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.3 kDa, 2 ポリマー
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5

I: SKP1-like protein 1A

J: Coronatine-insensitive protein 1

U: JAZ1 incomplete degron peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.9 kDa, 3 ポリマー
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6

K: SKP1-like protein 1A

L: Coronatine-insensitive protein 1

V: JAZ1 incomplete degron peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.9 kDa, 3 ポリマー
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7

M: SKP1-like protein 1A

N: Coronatine-insensitive protein 1

W: JAZ1 incomplete degron peptide

ヘテロ分子

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88.9 kDa, 3 ポリマー
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8

O: SKP1-like protein 1A

P: Coronatine-insensitive protein 1

X: JAZ1 incomplete degron peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.9 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	122.354, 220.825, 148.674
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	SKP1-like protein 1A / SKP1-like 1 / UFO-binding protein 1 分子量: 17876.043 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: SKP1A, ASK1, SKP1, UIP1, At1g75950, T4O12.17 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q39255
#2: タンパク質	Coronatine-insensitive protein 1 / F-box/LRR-repeat protein 2 / AtFBL2 / AtCOI1 / COI-1 分子量: 67750.234 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: COI1, FBL2, At2g39940, T28M21.10 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O04197
#3: タンパク質・ペプチド	JAZ1 incomplete degron peptide 分子量: 2599.090 Da / 分子数: 7 / Fragment: UNP RESIDUES 134-154 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q3ED96, UniProt: Q9LMA8*PLUS
#4: 化合物	ChemComp-7JA / N-({(1R,2S)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetyl)-L-isoleucine / N-[[(1R)-2α-[(Z)-2-ペンテニル]-3-オキソシクロペンタン-1α-イル]アセチル]-L-イソロイシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 323.427 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₉NO₄
#5: 化合物	... ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.51 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.7M ammonium phosphate, 100mM BTP, 100mM sodium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 103 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月1日
放射	モノクロメーター: Si III channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.18→50 Å / Num. all: 116337 / Num. obs: 116337 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 3.18→3.31 Å / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 3.18→49.676 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 26.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2628	1888	1.62 %
R_work	0.215	-	-
obs	0.2157	116337	91.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 22.85 Å² / k_sol: 0.3 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.3947 Å²	0 Å²	1.6865 Å²
2-	-	3.4766 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.8714 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.18→49.676 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	46533	0	344	0	46877

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	47844
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.415	64607
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.387	18199
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.094	7227
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	8299

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	767	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	C	767	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.056
1	3	E	767	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
1	4	G	767	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
1	5	I	767	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
1	6	K	767	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
1	7	M	767	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.057
1	8	O	767	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
2	1	B	4986	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	D	4986	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.067
2	3	F	4986	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.064
2	4	J	4986	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.061
2	5	L	4986	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.059
2	6	N	4986	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.079
2	7	P	4986	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.068
3	1	Q	157	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	R	157	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
3	3	S	157	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041
3	4	U	157	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
3	5	V	157	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.043
3	6	W	157	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
3	7	X	157	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.18-3.2685	0.3828	110	0.3167	7056	X-RAY DIFFRACTION	73
3.2685-3.3647	0.4175	131	0.3081	8074	X-RAY DIFFRACTION	83
3.3647-3.4732	0.3392	135	0.2895	8235	X-RAY DIFFRACTION	86
3.4732-3.5973	0.3217	141	0.2526	8495	X-RAY DIFFRACTION	88
3.5973-3.7413	0.2888	145	0.2344	8685	X-RAY DIFFRACTION	90
3.7413-3.9115	0.268	144	0.2158	8784	X-RAY DIFFRACTION	91
3.9115-4.1177	0.2357	150	0.2045	8866	X-RAY DIFFRACTION	92
4.1177-4.3755	0.2339	153	0.1861	9023	X-RAY DIFFRACTION	93
4.3755-4.7131	0.2261	152	0.171	9236	X-RAY DIFFRACTION	96
4.7131-5.1869	0.2103	154	0.163	9298	X-RAY DIFFRACTION	97
5.1869-5.9364	0.2289	157	0.1744	9481	X-RAY DIFFRACTION	98
5.9364-7.4752	0.2494	158	0.1817	9539	X-RAY DIFFRACTION	98
7.4752-49.6819	0.2088	158	0.1814	9677	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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