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- PDB-2p1q: Mechanism of Auxin Perception by the TIR1 ubiquitin ligase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p1q
タイトルMechanism of Auxin Perception by the TIR1 ubiquitin ligase
要素
  • Auxin-responsive protein IAA7
  • SKP1-like protein 1A
  • TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 1 protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / F-box / leucine rich repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


auxin receptor activity / auxin binding / pollen maturation / lateral root formation / phragmoplast / gravitropism / stamen development / jasmonic acid mediated signaling pathway / ethylene-activated signaling pathway / response to jasmonic acid ...auxin receptor activity / auxin binding / pollen maturation / lateral root formation / phragmoplast / gravitropism / stamen development / jasmonic acid mediated signaling pathway / ethylene-activated signaling pathway / response to jasmonic acid / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / response to water deprivation / negative regulation of DNA recombination / cellular response to phosphate starvation / inositol hexakisphosphate binding / SCF ubiquitin ligase complex / chromosome segregation / defense response / response to wounding / microtubule cytoskeleton organization / spindle / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription cis-regulatory region binding / protein ubiquitination / DNA-binding transcription factor activity / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
AUX/IAA protein / Transport inhibitor response 1 domain / COI1, F-box / F-box / Transport inhibitor response 1 protein domain / AUX/IAA domain / AUX/IAA family / Monooxygenase - #50 / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily ...AUX/IAA protein / Transport inhibitor response 1 domain / COI1, F-box / F-box / Transport inhibitor response 1 protein domain / AUX/IAA domain / AUX/IAA family / Monooxygenase - #50 / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / : / PB1 domain profile. / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / Monooxygenase / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Alpha-Beta Horseshoe / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1H-INDOL-3-YLACETIC ACID / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / Auxin-responsive protein IAA7 / SKP1-like protein 1A / Protein TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Tan, X. / Calderon-Villalobos, L.I.A. / Sharon, M. / Robinson, C.V. / Estelle, M. / Zheng, N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Mechanism of auxin perception by the TIR1 ubiquitin ligase.
著者: Tan, X. / Calderon-Villalobos, L.I. / Sharon, M. / Zheng, C. / Robinson, C.V. / Estelle, M. / Zheng, N.
履歴
登録2007年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年10月14日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_site.pdbx_auth_asym_id ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SKP1-like protein 1A
B: TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 1 protein
C: Auxin-responsive protein IAA7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,1895
ポリマ－86,3533
非ポリマー8352
水13,872770
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5880 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area29070 Å2
手法PISA
2
A: SKP1-like protein 1A
B: TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 1 protein
C: Auxin-responsive protein IAA7
ヘテロ分子

A: SKP1-like protein 1A
B: TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 1 protein
C: Auxin-responsive protein IAA7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,37710
ポリマ－172,7076
非ポリマー1,6704
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area13330 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area56580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.207, 82.472, 125.053
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1423-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 SKP1-like protein 1A / SKP1-like 1 / UFO-binding protein 1


分子量: 17876.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SKP1A, ASK1, SKP1, UIP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q39255
#2: タンパク質 TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 1 protein / F-box/LRR-repeat protein 1


分子量: 66875.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TIR1, FBL1, WEI1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q570C0

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Auxin-responsive protein IAA7 / Indoleacetic acid-induced protein 7 / Auxin resistant 2


分子量: 1601.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: IAA7 peptide and indole-3-acetic acid are from commercial sources. It naturally occurs in Arabidopsis thaliana
参照: UniProt: Q38825

-
非ポリマー , 3種, 772分子

#4: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#5: 化合物 ChemComp-IAC / 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID / INDOLE ACETIC ACID / インド-ル酢酸


分子量: 175.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9NO2 / コメント: ホルモン*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 770 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM BTP, 10% 14% PEG 20,000, 200 mM NaCl, and 5 mM DTT, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→50 Å / Num. all: 69793 / Num. obs: 69793 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル解像度: 1.91→2.03 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.249 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY: 2P1M

2p1m


解像度: 1.91→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 5.47 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21333 3733 5.1 %RANDOM
Rwork0.17177 ---
obs0.17386 69793 94.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.399 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å20 Å20.37 Å2
2--1.12 Å20 Å2
3----1.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5582 0 49 770 6401
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0225747
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6341.9887796
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8265700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.84323.566244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.518151014
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3291542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2891
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024247
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.22787
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.23909
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2664
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2190.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8621.53630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25825709
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.37332416
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6084.52087
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.91→1.956 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 219 -
Rwork0.209 4261 -
obs--78.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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