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- PDB-6oqq: Legionella pneumophila SidJ/Saccharomyces cerevisiae calmodulin c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oqq
タイトルLegionella pneumophila SidJ/Saccharomyces cerevisiae calmodulin complex
要素
  • Calmodulin
  • Legionella pneumophila SidJ
キーワードTRANSFERASE / polyglutamylation / pseudokinase / atypical kinase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane tubulation / cell budding / spindle pole body organization / myosin I complex / central plaque of spindle pole body / protein-glutamic acid ligase activity, initiating / protein-glutamic acid ligase activity, elongating / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / 合成酵素 / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion ...regulation of membrane tubulation / cell budding / spindle pole body organization / myosin I complex / central plaque of spindle pole body / protein-glutamic acid ligase activity, initiating / protein-glutamic acid ligase activity, elongating / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / 合成酵素 / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion / myosin V complex / regulation of microtubule nucleation / cellular bud / microautophagy / vesicle transport along actin filament / vacuole fusion, non-autophagic / incipient cellular bud site / actin cortical patch / cellular bud tip / cell tip / cellular bud neck / phosphatidylinositol biosynthetic process / mating projection tip / cellular hyperosmotic response / mitogen-activated protein kinase binding / enzyme regulator activity / cytoskeleton organization / cysteine-type peptidase activity / receptor-mediated endocytosis / microtubule cytoskeleton organization / endocytosis / protein import into nucleus / calcium-dependent protein binding / transferase activity / nucleotide binding / calcium ion binding / proteolysis / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PYROPHOSPHATE 2- / Calmodulin / Calmodulin-dependent glutamylase SidJ
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.102 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Tagliabracci, V.S. / Black, M. / Osinski, A.
資金援助 米国, ポーランド, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008014-34 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)F30HL143859-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R00DK099254 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM-7062-44 米国
Robert A. Welch FoundationI-1911 米国
Other governmentRP170674 米国
Polish National Science Centre2014/15/B/NZ1/03559 ポーランド
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Bacterial pseudokinase catalyzes protein polyglutamylation to inhibit the SidE-family ubiquitin ligases.
著者: Black, M.H. / Osinski, A. / Gradowski, M. / Servage, K.A. / Pawlowski, K. / Tomchick, D.R. / Tagliabracci, V.S.
履歴
登録2019年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Legionella pneumophila SidJ
B: Calmodulin
C: Legionella pneumophila SidJ
D: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,37835
ポリマ－232,9734
非ポリマー2,40631
水12,430690
1
A: Legionella pneumophila SidJ
B: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,79121
ポリマ－116,4862
非ポリマー1,30519
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7890 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area37370 Å2
手法PISA
2
C: Legionella pneumophila SidJ
D: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,58714
ポリマ－116,4862
非ポリマー1,10012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6140 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area38190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.490, 104.749, 107.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Legionella pneumophila SidJ


分子量: 100338.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: SidJ / プラスミド: ppSumo / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q5ZTK6
#2: タンパク質 Calmodulin / CaM


分子量: 16147.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CMD1, YBR109C, YBR0904 / プラスミド: ppSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P06787

-
非ポリマー , 7種, 721分子

#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 690 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.41 % / Mosaicity: 0.581 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M sodium malonate, 0.01 M sodium chloride, 0.001 M magnesium chloride, 0.001 mM calcium chloride, 0.001 M AMP-CPP, 16-17% PEG 3350, 35-40% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月15日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 130441 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.939 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 1496151
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.144.80.81458070.7660.3770.9010.90888.8
2.14-2.185.30.76761640.7940.3460.8440.91693.2
2.18-2.225.70.67363140.8490.2950.7370.90696.3
2.22-2.268.10.65865030.8840.2280.6990.97799
2.26-2.3190.58265290.9230.1930.6150.94299.2
2.31-2.3710.80.54165420.9580.1660.5670.93999.9
2.37-2.4211.60.49466150.9690.1470.5160.94399.9
2.42-2.4912.40.44165780.9790.1280.460.944100
2.49-2.5612.70.37765810.9810.1080.3920.95399.9
2.56-2.6512.70.31165500.9880.0890.3230.96199.9
2.65-2.7413.30.25866090.990.0730.2690.99100
2.74-2.8513.10.20565960.9920.0580.2130.96699.8
2.85-2.9813.80.1665870.9950.0440.1660.971100
2.98-3.1413.50.12265640.9960.0340.1260.96199.9
3.14-3.3313.40.09666180.9960.0270.10.946100
3.33-3.5913.50.07766170.9970.0220.080.939100
3.59-3.9513.60.06666050.9970.0180.0680.93999.8
3.95-4.5213.70.05966570.9980.0170.0620.91100
4.52-5.713.50.05866310.9980.0160.060.85799.8
5.7-5013.40.05467740.9980.0160.0570.87799.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.102→46.83 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2336 1992 1.77 %
Rwork0.2021 --
obs0.2026 112310 84.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 171.17 Å2 / Biso mean: 50.1174 Å2 / Biso min: 6.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.102→46.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14189 0 240 690 15119
Biso mean--45.1 36.82 -
残基数----1755
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1021-2.15460.2505500.21182703275329
2.1546-2.21290.2842660.22133499356538
2.2129-2.2780.2349790.22294841492052
2.278-2.35150.24081170.22556810692774
2.3515-2.43560.25321670.22378906907396
2.4356-2.53310.2691650.212591759340100
2.5331-2.64830.27561670.203392569423100
2.6483-2.7880.21141720.206992759447100
2.788-2.96260.24491710.214492419412100
2.9626-3.19130.24981670.213192719438100
3.1913-3.51240.23341670.203592909457100
3.5124-4.02040.21151690.184392829451100
4.0204-5.06430.20741660.174393289494100
5.0643-46.8420.2311690.209594419610100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.48690.06670.20081.0426-0.35850.94580.1352-0.2083-0.18030.1253-0.00820.02050.1151-0.05-0.06290.1434-0.0521-0.02030.0423-0.00440.2003-30.0366-24.79752.1113
20.42190.07410.13780.86480.14421.1869-0.03190.64230.1889-0.3307-0.0061-0.0730.01050.29030.00590.23450.0338-0.0030.45080.04610.1736-28.78-8.2946-34.4404
30.9791-0.12830.10641.1803-0.24311.02270.03930.19210.001-0.0067-0.0021-0.14080.01280.1240.00660.09270.00830.01530.0523-0.05330.1731-23.79-12.7146-13.4176
40.9379-0.03780.1491.1788-0.40770.99830.0697-0.177-0.1330.22420.00610.0413-0.011-0.1624-0.00250.1272-0.02340.04040.0536-0.01990.2076-38.6026-14.71-0.0003
53.2962-1.2933-0.79215.48230.85573.5551-0.00380.22560.2343-0.26990.0240.5696-0.3515-0.5117-0.03720.2356-0.0647-0.08050.27070.04450.4134-55.7323-18.8581-11.32
65.59610.7706-2.64313.1988-1.99344.3454-0.0442-0.1548-0.33660.1381-0.0578-0.06290.22850.00410.02880.3179-0.0755-0.06130.2873-0.0530.4119-46.2963-29.6508-16.7128
70.06460.38970.02023.05481.98514.952-0.06630.0615-0.206-0.29160.1794-0.28050.0650.1357-0.09590.2835-0.1912-0.03110.2821-0.02760.5319-56.8922-32.2349-9.9625
80.16350.42570.26651.10030.69070.4281-0.07390.2759-0.4477-0.1011-0.06420.3220.5562-0.4440.12480.6296-0.3404-0.10910.7679-0.08190.7848-61.3269-34.177-18.1823
97.35550.5645-2.04881.5901-0.92663.4378-0.02450.3265-0.1544-0.00570.01080.5604-0.0262-0.68860.04140.298-0.0588-0.12850.52030.00450.6724-62.0297-23.8588-17.0711
100.15430.12970.65130.63761.14953.91410.01620.1227-0.0474-0.1202-0.00050.30170.0923-0.36050.01250.3374-0.09730.17870.8921-0.02140.9439-72.7049-21.2958-0.5711
112.1597-0.0451-0.80.35220.57931.19740.0164-0.42520.17660.29010.00590.2299-0.2278-0.3112-0.09790.5462-0.05040.24330.6542-0.01010.8926-66.9884-13.09929.7327
120.1278-0.09990.09350.12580.03980.33030.02870.02910.0557-0.04420.04580.1013-0.0602-0.1228-0.02740.85810.2232-0.05820.9165-0.01641.1715-74.7093-9.60423.2593
130.9914-0.5460.31570.8786-0.11281.2818-0.1856-0.7260.21150.07530.19010.1165-0.052-0.4366-0.02340.17530.05770.03510.5193-0.07910.0767-15.25610.527631.4171
140.82620.35770.84021.41940.22121.03890.1468-0.4375-0.4985-0.12520.1026-0.6040.11890.3614-0.07470.14790.1712-0.33250.8690.01170.051230.0831-13.860239.8037
151.56350.0270.29281.2992-0.360.77490.032-0.2946-0.0364-0.10930.0908-0.17840.00230.097-0.09790.1736-0.0084-0.03440.1663-0.06420.13979.5514-6.646127.222
162.07560.09350.18230.77570.0051.53840.382-1.1453-0.98610.17040.08220.15330.189-0.25050.46580.1805-0.0641-0.0720.61820.3050.1292-6.1238-13.848539.3466
170.8113-0.33090.18691.0923-0.72480.93830.0059-0.4044-0.07960.3927-0.0151-0.04340.08110.0063-0.03690.520.0197-0.06041.3962-0.13020.3204-2.4634-9.15959.5758
182.946-0.127-1.38330.01280.05590.65530.152-0.10450.19690.0661-0.0389-0.0088-0.18570.0199-0.09070.57530.1885-0.02411.3431-0.25480.3832-1.03953.529458.4023
190.33680.5310.45050.83550.70860.60040.2003-0.05660.25480.3537-0.2622-0.0099-0.1609-0.30080.08821.08780.0247-0.13121.2197-0.14450.7391-3.48244.256672.2414
200.49140.69550.9110.98561.29921.74370.0155-0.52990.57050.52350.0052-0.3036-0.48530.3247-0.00621.0491-0.0228-0.28481.13360.01280.88768.80796.483265.636
210.57660.2852-0.47420.2402-0.23710.39590.0884-0.37840.07810.4774-0.17490.28840.107-0.03470.02740.81270.02630.20141.6196-0.02530.4896-14.0219-9.129470.8852
220.1248-0.1030.20340.6203-0.14860.3345-0.0642-0.1407-0.26650.1049-0.02860.14640.2154-0.05620.0621.0704-0.03350.19561.34470.16420.9384-20.5316-21.596260.8565
230.36960.23390.01350.15120.00410.00510.10880.0463-0.0435-0.15350.0097-0.075-0.13770.0852-0.07561.34760.04690.02681.31540.16911.036-19.9225-22.003773.557
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 99 through 357 )A99 - 357
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 358 through 499 )A358 - 499
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 500 through 654 )A500 - 654
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 655 through 846 )A655 - 846
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 4 through 20 )B4 - 20
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 21 through 29 )B21 - 29
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 30 through 39 )B30 - 39
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 40 through 65 )B40 - 65
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 66 through 78 )B66 - 78
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 79 through 92 )B79 - 92
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 93 through 118 )B93 - 118
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 119 through 146 )B119 - 146
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 100 through 330 )C100 - 330
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 331 through 500 )C331 - 500
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 501 through 623 )C501 - 623
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 624 through 842 )C624 - 842
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 5 through 20 )D5 - 20
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 21 through 39 )D21 - 39
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 40 through 55 )D40 - 55
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 56 through 65 )D56 - 65
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 66 through 102 )D66 - 102
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 103 through 118 )D103 - 118
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 119 through 146 )D119 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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