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- PDB-2ass: Crystal structure of the Skp1-Skp2-Cks1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ass
タイトルCrystal structure of the Skp1-Skp2-Cks1 complex
要素
  • (S-phase kinase-associated protein ...) x 2
  • Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1
キーワードCELL CYCLE/LIGASE/PROTEIN TURNOVER / protein-protein complex / LRR / SCF / CELL CYCLE-LIGASE-PROTEIN TURNOVER COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein polyubiquitination / F-box domain binding / cellular response to cell-matrix adhesion / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / PcG protein complex / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / maintenance of protein location in nucleus / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity ...positive regulation of protein polyubiquitination / F-box domain binding / cellular response to cell-matrix adhesion / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / PcG protein complex / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / maintenance of protein location in nucleus / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Prolactin receptor signaling / cullin family protein binding / protein K63-linked ubiquitination / protein monoubiquitination / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / protein K48-linked ubiquitination / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / regulation of mitotic cell cycle / Regulation of BACH1 activity / molecular function activator activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / ubiquitin binding / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Vpu mediated degradation of CD4 / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / Iron uptake and transport / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Negative regulation of NOTCH4 signaling / G1/S transition of mitotic cell cycle / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / beta-catenin binding / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / FCERI mediated NF-kB activation / G2/M transition of mitotic cell cycle / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / protein polyubiquitination / Regulation of RUNX2 expression and activity / Cyclin D associated events in G1 / : / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Downstream TCR signaling / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / regulation of apoptotic process / histone binding / defense response to virus / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / chromatin remodeling / protein domain specific binding / innate immune response / cell division / centrosome / protein kinase binding / nucleolus / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2 / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / A Receptor for Ubiquitination Targets / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype ...Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2 / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / A Receptor for Ubiquitination Targets / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box domain profile. / F-box-like / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Alpha-Beta Horseshoe / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / PHOSPHATE ION / Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 / S-phase kinase-associated protein 1 / S-phase kinase-associated protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Hao, B. / Zhang, N. / Schulman, B.A. / Wu, G. / Pagano, M. / Pavletich, N.P.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: Structural Basis of the Cks1-Dependent Recognition of p27(Kip1) by the SCF(Skp2) Ubiquitin Ligase.
著者: Hao, B. / Zheng, N. / Schulman, B.A. / Wu, G. / Miller, J.J. / Pagano, M. / Pavletich, N.P.
履歴
登録2005年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-phase kinase-associated protein 1A
B: S-phase kinase-associated protein 2
C: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0678
ポリマ－64,5423
非ポリマー5255
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5940 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area24900 Å2
手法PISA
2
A: S-phase kinase-associated protein 1A
B: S-phase kinase-associated protein 2
C: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1
ヘテロ分子

A: S-phase kinase-associated protein 1A
B: S-phase kinase-associated protein 2
C: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,13416
ポリマ－129,0836
非ポリマー1,05010
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area13010 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area48670 Å2
手法PISA
3
C: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1
ヘテロ分子

C: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1
ヘテロ分子

A: S-phase kinase-associated protein 1A
B: S-phase kinase-associated protein 2
ヘテロ分子

A: S-phase kinase-associated protein 1A
B: S-phase kinase-associated protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,13416
ポリマ－129,0836
非ポリマー1,05010
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z+1/31
crystal symmetry operation5_545x-y,-y-1,-z+1/31
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area11160 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area50510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.332, 149.332, 99.916
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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S-phase kinase-associated protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 1A / Cyclin A/CDK2-associated protein p19 / p19A / p19skp1 / RNA polymerase II elongation factor-like ...Cyclin A/CDK2-associated protein p19 / p19A / p19skp1 / RNA polymerase II elongation factor-like protein / Organ of Corti protein 2 / OCP-II protein / OCP-2 / Transcription elongation factor B / SIII


分子量: 18135.324 Da / 分子数: 1 / 変異: P1A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP1A, EMC19, OCP2, SKP1, TCEB1L / プラスミド: pGEX4T1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P63208
#2: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 2 / F-box protein Skp2 / Cyclin A/CDK2-associated protein p45 / p45skp2 / F-box/LRR-repeat protein 1


分子量: 37923.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP2, FBXL1 / プラスミド: pGEX4T1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q13309

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 / CKS-1


分子量: 8482.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CKS1, CKS1B / プラスミド: pGEX4T3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P61024

-
非ポリマー , 3種, 72分子

#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE


分子量: 120.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: BTP, sodium/potassium phosphate, benzamidine, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 1.04187 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. all: 25854 / Num. obs: 25854 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 2548 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1FQV

1fqv


解像度: 3→19.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 277074.15 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1960 7.9 %RANDOM
Rwork0.214 ---
all0.214 25977 --
obs0.214 24867 95.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 13.2007 Å2 / ksol: 0.271649 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 61.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.32 Å29.9 Å20 Å2
2---6.08 Å20 Å2
3---11.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4304 0 33 67 4404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 321 8.2 %
Rwork0.326 3592 -
obs--91.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3bam.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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