[日本語] English
万見
- PDB-6w5a: Crystal Structure of the Fab fragment of humanized 5c8 antibody c... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w5a
タイトルCrystal Structure of the Fab fragment of humanized 5c8 antibody containing the fluorescent non-canonical amino acid L-(7-hydroxycoumarin-4-yl)ethylglycine at pH 9.7
要素
  • Antibody 5c8* Fab Heavy Chain
  • Antibody 5c8* Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin / Fab / L-(7-hydroxycoumarin-4-yl)ethylglycine
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Henderson, J.N. / Simmons, C.R. / Mills, J.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into How Protein Environments Tune the Spectroscopic Properties of a Noncanonical Amino Acid Fluorophore.
著者: Henderson, J.N. / Simmons, C.R. / Fahmi, N.E. / Jeffs, J.W. / Borges, C.R. / Mills, J.H.
履歴
登録2020年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: Antibody 5c8* Fab Heavy Chain
L: Antibody 5c8* Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0752
ポリマ－48,0752
非ポリマー00
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.861, 60.182, 73.258
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.940, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-412-

HOH

21L-426-

HOH

-
要素

#1: 抗体 Antibody 5c8* Fab Heavy Chain


分子量: 24061.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Antibody 5c8* Fab Light Chain


分子量: 24013.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.88 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30% PEG 3350, 0.1 M Citric Acid/Sodium Citrate pH 3.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.91976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→72.37 Å / Num. obs: 39519 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.082 / Rrim(I) all: 0.175 / Χ2: 1.325 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.75-1.783.70.69419850.6620.40.8040.60799.5
1.78-1.813.80.6419320.7150.3630.7390.62499.1
1.81-1.853.80.54519530.7770.3110.6310.70699.2
1.85-1.893.90.55520000.1490.3180.6430.8899.2
1.89-1.933.80.45219200.8380.2570.5220.91397.7
1.93-1.9740.419670.840.2210.4591.09398.6
1.97-2.024.30.37819870.8640.20.4291.38399.4
2.02-2.074.40.35319750.8950.1840.3991.4399.5
2.07-2.144.40.30819660.910.1610.3491.68999.7
2.14-2.24.40.28919940.9180.1520.3281.96699.2
2.2-2.284.30.26119490.9180.1380.2971.76498.8
2.28-2.3840.24319420.9310.1330.2781.80797.2
2.38-2.484.60.22419860.9340.1150.2531.78699.7
2.48-2.614.50.20219910.9460.1050.2291.57799.7
2.61-2.784.40.17319700.9590.0910.1961.48299.6
2.78-2.994.30.15919790.9560.0830.181.46298.8
2.99-3.294.40.13619820.9710.0720.1551.25498.4
3.29-3.774.60.12219990.9710.0640.1381.27399.8
3.77-4.754.30.10919880.970.060.1251.19698.4
4.75-504.40.12520540.9610.0670.1421.10899

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.79 Å45.37 Å
Translation6.79 Å45.37 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6bjz

6bjz


解像度: 1.75→72.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 6.413 / SU ML: 0.103 / SU R Cruickshank DPI: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.132
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2407 1955 4.9 %RANDOM
Rwork0.1925 ---
obs0.1949 37564 98.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 62.92 Å2 / Biso mean: 29.291 Å2 / Biso min: 14.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.79 Å20 Å20.65 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→72.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3210 0 0 271 3481
Biso mean---33.05 -
残基数----434
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.023329
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7231.9484550
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97336885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4445444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.39325.21119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.15215502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.195156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2522
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213814
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02716
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 127 -
Rwork0.265 2684 -
obs--96.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9781-0.19910.29211.4733-0.46982.3289-0.02-0.14370.02110.34260.02730.2713-0.0305-0.1605-0.00730.08710.01280.06990.07970.00240.0576-39.58712.97824.752
21.2298-1.0021-0.41412.0790.51240.59880.03770.1082-0.0739-0.1106-0.09360.15530.0051-0.09360.05590.01610.0012-0.0310.0579-0.00650.093-30.1744.985-2.756
31.3434-0.4536-0.90560.4320.5492.111-0.1222-0.33750.09230.22830.1532-0.07340.22950.2056-0.0310.17660.0546-0.01460.1767-0.02850.0298-17.4929.20628.355
41.4207-0.38930.64311.3151-0.62151.87610.01760.13820.0436-0.1729-0.02520.05030.03430.05320.00770.03420.0127-0.00920.0511-0.00630.0483-17.63612.095-9.744
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 117
2X-RAY DIFFRACTION2H118 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3L2 - 114
4X-RAY DIFFRACTION4L115 - 216

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る