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- PDB-6w2q: Junction 34, DHR53-DHR4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w2q
タイトルJunction 34, DHR53-DHR4
要素Junction 34
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / helical bundle / designed helical repeat / computational design
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bick, M.J. / Brunette, T.J. / Baker, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Modular repeat protein sculpting using rigid helical junctions.
著者: Brunette, T.J. / Bick, M.J. / Hansen, J.M. / Chow, C.M. / Kollman, J.M. / Baker, D.
履歴
登録2020年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Junction 34
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3912
ポリマ－24,3511
非ポリマー401
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, Protein was determined to be monomeric by SAXS, with an expected radius of gyration and a Vr score that indicates the protein in solution closely matches the design.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.934, 57.578, 71.729
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Junction 34


分子量: 24350.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.97 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Crystals were grown in Qiagen JCSG Core III suite condition G5 (0.2M calcium chloride dihydrate, 20% (w/v) PEG 3500). Crystals were briefly soaked in crystallization condition supplemented ...詳細: Crystals were grown in Qiagen JCSG Core III suite condition G5 (0.2M calcium chloride dihydrate, 20% (w/v) PEG 3500). Crystals were briefly soaked in crystallization condition supplemented with 25% (v/v) PEG 400 as a cryoprotectant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen vapor stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月15日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 18766 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 30.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 0.791 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 124942
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.75-1.785.31.7419200.280.8171.930.44799.4
1.78-1.816.21.6368980.4430.711.7870.47797.8
1.81-1.856.61.269160.5640.5241.3670.48599.3
1.85-1.896.71.0879160.7080.4481.1780.52398.9
1.89-1.936.80.8319140.7510.3410.8990.5598.4
1.93-1.976.80.6629100.8210.2720.7170.5499.9
1.97-2.026.80.4689300.9010.1920.5070.56198.8
2.02-2.076.80.3569210.930.1460.3850.64899
2.07-2.146.80.2779300.970.1140.30.69799.3
2.14-2.26.80.2199390.970.090.2370.78899.8
2.2-2.286.90.1889160.9820.0770.2030.91299.5
2.28-2.386.90.1579250.9860.0640.170.98599.5
2.38-2.486.90.1449510.9890.0590.1551.01199.7
2.48-2.616.90.129370.9890.0490.131.02299.6
2.61-2.786.90.1039450.9910.0420.1111.02599.8
2.78-2.996.80.0889460.9940.0360.0951.01199.9
2.99-3.296.80.0719540.9960.0290.0770.97199.8
3.29-3.776.60.0579660.9970.0240.0621.08899.9
3.77-4.756.70.0489780.9960.020.0520.964100
4.75-506.40.0310540.9990.0130.0330.90799.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.98 Å44.9 Å
Translation3.98 Å44.9 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-20002.3.10データスケーリング
PHASER2.7.18位相決定
PHENIXdev-2611精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-20002.3.10データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Computational design model

解像度: 1.8→44.901 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.3
詳細: Iterative rounds of manual model building in Coot and refinement in Phenix.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2264 1648 10.01 %
Rwork0.2012 --
obs0.2038 16463 94.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.73 Å2 / Biso mean: 41.0369 Å2 / Biso min: 19.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→44.901 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1413 0 1 97 1511
Biso mean--53.79 43.91 -
残基数----196
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031446
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4911963
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035249
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004257
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.785932
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8-1.8530.36791090.3059102879
1.853-1.91280.26241210.2886107483
1.9128-1.98110.29641210.256111688
1.9811-2.06050.29871320.2367120293
2.0605-2.15420.21341370.2033123897
2.1542-2.26780.24581440.1867126698
2.2678-2.40990.23421420.1932127197
2.4099-2.59590.22261450.2127298
2.5959-2.85710.19321440.1859128099
2.8571-3.27050.22861480.2039131899
3.2705-4.120.21291480.17251340100
4.12-44.9010.21941570.20951410100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.6084 Å / Origin y: 20.8636 Å / Origin z: 51.2367 Å
111213212223313233
T0.2139 Å20.0005 Å20.0266 Å2-0.2269 Å20.0117 Å2--0.2198 Å2
L0.7929 °2-0.0755 °20.0316 °2-1.8716 °20.3544 °2--0.7995 °2
S0.1566 Å °-0.0159 Å °0.0387 Å °-0.0884 Å °-0.1626 Å °-0.1147 Å °-0.0546 Å °-0.0411 Å °-0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 9 through 204)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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