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Yorodumi- PDB-5cwc: Crystal structure of de novo designed helical repeat protein DHR5 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cwc | ||||||
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Title | Crystal structure of de novo designed helical repeat protein DHR5 | ||||||
Components | Designed helical repeat protein | ||||||
Keywords | DE NOVO PROTEIN / helical repeat protein | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / molecular replacement / Resolution: 1.25 Å | ||||||
Authors | Bhabha, G. / Ekiert, D.C. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2015 Title: Exploring the repeat protein universe through computational protein design. Authors: Brunette, T.J. / Parmeggiani, F. / Huang, P.S. / Bhabha, G. / Ekiert, D.C. / Tsutakawa, S.E. / Hura, G.L. / Tainer, J.A. / Baker, D. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5cwc.cif.gz | 182.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5cwc.ent.gz | 143.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5cwc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5cwc_validation.pdf.gz | 429.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5cwc_full_validation.pdf.gz | 430.2 KB | Display | |
Data in XML | 5cwc_validation.xml.gz | 11.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5cwc_validation.cif.gz | 17.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cwc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cwc | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5cwbC 5cwdC 5cwfC 5cwgC 5cwhC 5cwiC 5cwjC 5cwkC 5cwlC 5cwmC 5cwnC 5cwoC 5cwpC 5cwqC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23759.646 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Plasmid: pET21_NESG / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) |
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#2: Chemical | ChemComp-EDO / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 38.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 20% (w/v) PEG 6000, 1 M Lithium chloride, 0.1 M Bis-Tris, pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 6, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE FLAT CRYSTAL, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Number: 556066 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.04 / D res high: 1.85 Å / Num. obs: 28741 / % possible obs: 99.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.25→50 Å / Num. obs: 47733 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 14.92 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 0.972 / Net I/σ(I): 18.21 / Num. measured all: 334858 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.25→41.858 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.28 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.5 Å / VDW probe radii: 0.8 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 81.97 Å2 / Biso mean: 27.4934 Å2 / Biso min: 12.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.25→41.858 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17
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