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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3da7 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | A conformationally strained, circular permutant of barnase | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / CIRCULAR PERMUTANT / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / ENDONUCLEASE / Cytoplasm | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationHydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases producing 3'-phosphomonoesters / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Mitrousis, G. / Butler, J. / Loh, S.N. / Cingolani, G. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2009Title: Structural and thermodynamic analysis of a conformationally strained circular permutant of barnase. Authors: Butler, J.S. / Mitrea, D.M. / Mitrousis, G. / Cingolani, G. / Loh, S.N. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3da7.cif.gz | 325.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3da7.ent.gz | 267.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3da7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3da7_validation.pdf.gz | 480.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3da7_full_validation.pdf.gz | 498.1 KB | Display | |
| Data in XML | 3da7_validation.xml.gz | 34.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 3da7_validation.cif.gz | 49.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/3da7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/3da7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 1brsS S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 12501.869 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 10352.739 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.06 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 1M Tris, 14% peg 8k, 150mM (NH4)2SO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: A1 / Wavelength: 0.972 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: May 10, 2006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.972 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.15→30 Å / Num. obs: 50783 / % possible obs: 96 % / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Χ2: 6.279 / Net I/σ(I): 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell |
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: pdb entry 1brs Resolution: 2.25→19.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 12.107 / SU ML: 0.159 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.323 / ESU R Free: 0.234 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 37.599 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→19.87 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
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