PDB-5cwq: Crystal structure of de novo designed helical repeat protein DHR81

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cwq

タイトル

Crystal structure of de novo designed helical repeat protein DHR81

要素

Designed helical repeat protein

キーワード

DE NOVO PROTEIN / helical repeat protein

機能・相同性

PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Bhabha, G. / Ekiert, D.C.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Exploring the repeat protein universe through computational protein design.
著者: Brunette, T.J. / Parmeggiani, F. / Huang, P.S. / Bhabha, G. / Ekiert, D.C. / Tsutakawa, S.E. / Hura, G.L. / Tainer, J.A. / Baker, D.

履歴

登録	2015年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月30日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月6日	Group: Database references
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cwq.cif.gz	148.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cwq.ent.gz	121.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cwq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cwq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cwq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cwbC 5cwcC 5cwdC 5cwfC 5cwgC 5cwhC 5cwiC 5cwjC 5cwkC 5cwlC 5cwmC 5cwnC 5cwoC 5cwpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2q8o-d 3b9i-d 2qdn-d 4zbh-1 1rks-d 3lsg-2 4uy4-2 2htb-1 6ct3-d 3fc0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Designed helical repeat protein

ヘテロ分子

27.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.000, 120.000, 120.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-302- PO4
2	1	A-302- PO4

#1: タンパク質	Designed helical repeat protein 分子量: 26933.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET21_NESG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.08 M Sodium acetate, pH 4.6, 20% (v/v) Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月27日

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 18193 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 21.9 % / B_iso Wilson estimate: 31.42 Å² / R_merge F obs: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.312 / R_rim(I) all: 0.319 / Χ²: 0.936 / Net I/σ(I): 16.77 / Num. measured all: 397887

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.05-2.1		22.4	0.321	3.527	1.14	29561	1317	1317	3.608	100
2.1-2.16			0.457	2.633	1.59	29644	1326	1326	2.694	100
2.16-2.22			0.583	2.21	1.97	27707	1243	1243	2.262	100
2.22-2.29			0.691	1.893	2.51	27407	1243	1243	1.938	100
2.29-2.37			0.746	1.549	3.27	25957	1196	1196	1.586	100
2.37-2.45			0.864	1.293	4.22	24267	1135	1135	1.325	100
2.45-2.54			0.941	1.102	6.38	23589	1106	1106	1.129	100
2.54-2.65			0.966	0.831	8.97	22463	1073	1073	0.852	100
2.65-2.76			0.984	0.654	12.45	21953	1041	1041	0.67	100
2.76-2.9			0.989	0.613	14.05	21334	979	979	0.628	100
2.9-3.06			0.995	0.507	18.36	21325	951	951	0.519	100
3.06-3.24			0.997	0.379	21.98	19444	867	867	0.387	100
3.24-3.47			0.998	0.255	28.55	18951	850	850	0.261	100
3.47-3.74			0.999	0.158	36.51	17419	785	785	0.162	100
3.74-4.1			0.999	0.103	44.86	15587	709	709	0.105	100
4.1-4.58			0.999	0.079	50.48	14681	670	670	0.081	100
4.58-5.29			0.999	0.092	47.04	12843	586	586	0.095	100
5.29-6.48			0.998	0.114	42.85	10678	490	490	0.116	100
6.48-9.17			1	0.044	63.43	8504	394	394	0.045	100
	9.17		1	0.041	65.5	4573	235	232	0.042	98.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→37.947 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2285	860	5 %	RANDOM
R_work	0.1991	16326	-	-
obs	0.2005	17186	94.47 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 139.51 Å² / B_iso mean: 51.3918 Å² / B_iso min: 20.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.05→37.947 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1828	0	44	63	1935
B_iso mean	-	-	60.67	46.85	-
残基数	-	-	-	-	233

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1926
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.425	2580
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.02	275
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.001	359
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.751	770

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.05-2.1786	0.3028	129	0.2795	2419	2548	85
2.1786-2.3468	0.3345	125	0.2685	2559	2684	90
2.3468-2.5829	0.2593	147	0.2425	2723	2870	95
2.5829-2.9565	0.2315	149	0.1879	2784	2933	97
2.9565-3.7244	0.2154	152	0.1809	2873	3025	99
3.7244-37.9538	0.1946	158	0.1778	2968	3126	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5786	0.4905	0.2067	0.198	0.1114	0.0517	0.3931	-0.564	1.5209	0.0794	-0.0349	0.4116	-0.6836	0.118	-0.0643	0.7014	-0.0568	0.0874	0.367	-0.0685	0.5951	-19.345	40.4847	54.2818
2	0.1088	-0.215	-0.0424	1.3207	0.0531	1.2879	0.2164	-0.314	0.4751	0.0525	-0.0756	0.0962	-0.2406	0.1988	-0.0008	0.4468	-0.0813	0.0497	0.2768	-0.0036	0.2788	-18.0294	33.0056	51.0171
3	1.2313	0.1765	-0.9249	1.2465	-0.0829	1.1151	0.0525	-0.5218	0.0492	0.2269	-0.0987	0.0151	-0.2158	0.312	-0.0228	0.3824	-0.1096	0.0101	0.36	0.0301	0.2289	-15.9836	25.6421	55.3773
4	1.0952	-0.4681	0.1163	1.645	-0.9406	1.2516	0.2726	-0.5037	-0.9501	0.1163	-0.2389	-0.3809	0.5461	-0.0576	-0.1453	0.3898	-0.0529	-0.0126	0.3021	0.0963	0.3533	-17.9488	13.9138	50.1665
5	0.4195	0.2035	0.1401	0.2761	-0.3346	0.8805	0.2116	0.0185	-0.5084	-0.0331	-0.1108	-0.1349	0.0785	0.0964	0.0025	0.2946	-0.022	0.0032	0.2983	0.033	0.2645	-16.8739	18.7276	43.8392
6	5.5226	-1.4497	0.8422	1.5666	-0.4486	0.3216	0.4092	0.8392	-1.1528	-0.1092	-0.1882	0.2073	0.4164	0.1759	-0.024	0.3221	0.0114	-0.0023	0.2093	-0.0345	0.2502	-19.5615	14.2549	35.1345
7	0.3913	-0.1261	0.5979	0.5805	-0.4303	0.991	0.1312	0.1564	0.4841	-0.0641	-0.1718	-0.1799	-0.084	-0.0328	0	0.2839	0.004	0.0367	0.2681	0.034	0.2542	-19.8472	23.0848	35.0397
8	0.8392	1.2365	-0.159	3.0825	-2.3809	3.6986	0.2469	0.2043	-0.5604	-0.0254	-0.6241	-0.2289	-0.4192	0.9251	-0.306	0.4976	0.1633	0.1069	0.874	-0.1233	0.7316	-0.9118	14.7065	33.1878

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 4:30 )	A	4 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 31:57 )	A	31 - 57
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 58:116 )	A	58 - 116
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 117:144 )	A	117 - 144
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 145:173 )	A	145 - 173
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 174:201 )	A	174 - 201
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 202:226 )	A	202 - 226
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 227:236 )	A	227 - 236

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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