[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-5cwo: Crystal structure of de novo designed helical repeat protein DHR76 -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cwo | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of de novo designed helical repeat protein DHR76 | ||||||
![]() | Designed helical repeat protein | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / helical repeat protein | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bhabha, G. / Ekiert, D.C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Exploring the repeat protein universe through computational protein design. Authors: Brunette, T.J. / Parmeggiani, F. / Huang, P.S. / Bhabha, G. / Ekiert, D.C. / Tsutakawa, S.E. / Hura, G.L. / Tainer, J.A. / Baker, D. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 172.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 140.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 422.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 424.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 14.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 20.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5cwbC ![]() 5cwcC ![]() 5cwdC ![]() 5cwfC ![]() 5cwgC ![]() 5cwhC ![]() 5cwiC ![]() 5cwjC ![]() 5cwkC ![]() 5cwlC ![]() 5cwmC ![]() 5cwnC ![]() 5cwpC ![]() 5cwqC C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 26311.984 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Plasmid: pET21_NESG / Production host: ![]() ![]() |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.01 Å3/Da / Density % sol: 38.91 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 / Details: 0.1 M MES, pH 5.0, 5% (w/v) PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 16, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.111 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.35→50 Å / Num. obs: 6514 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 111.5 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rrim(I) all: 0.197 / Χ2: 0.952 / Net I/σ(I): 10.89 / Num. measured all: 45810 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
---|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 251.98 Å2 / Biso mean: 120.8753 Å2 / Biso min: 39.79 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.35→45.494 Å
| ||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2 / % reflection obs: 100 %
|