PDB-5cwk: Crystal structure of de novo designed helical repeat protein DHR53

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cwk

タイトル

Crystal structure of de novo designed helical repeat protein DHR53

要素

Designed helical repeat protein

キーワード

DE NOVO PROTEIN / helical repeat protein

機能・相同性

Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Bhabha, G. / Ekiert, D.C.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Exploring the repeat protein universe through computational protein design.
著者: Brunette, T.J. / Parmeggiani, F. / Huang, P.S. / Bhabha, G. / Ekiert, D.C. / Tsutakawa, S.E. / Hura, G.L. / Tainer, J.A. / Baker, D.

履歴

登録	2015年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月30日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月6日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cwk.cif.gz	111.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cwk.ent.gz	89.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cwk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cwk_validation.pdf.gz	417.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cwk_full_validation.pdf.gz	419.1 KB	表示
XML形式データ	5cwk_validation.xml.gz	7.9 KB	表示
CIF形式データ	5cwk_validation.cif.gz	9.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cwk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cwk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cwbC 5cwcC 5cwdC 5cwfC 5cwgC 5cwhC 5cwiC 5cwjC 5cwlC 5cwmC 5cwnC 5cwoC 5cwpC 5cwqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2eev-d 6uc9-d 3ges-d 3got-d 2eeu-d 4fel-d 6hoe-d 6ho4-d 5f0h-d 2eet-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Designed helical repeat protein

20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.380, 24.340, 60.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.860, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Designed helical repeat protein 分子量: 20510.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET21_NESG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 2.2 / 詳細: 26% (w/v) PEG 6000, 0.1 M Sodium citrate, pH 2.2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.111 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月20日

放射

モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.111 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 13327 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 38.04 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_rim(I) all: 0.057 / Χ²: 0.977 / Net I/σ(I): 13.15 / Num. measured all: 46741

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.9-1.95		3.6	0.739	1.668	0.99	3381	957	949	1.967	99.2
1.95-2			0.778	1.119	1.39	3513	985	981	1.318	99.6
2-2.06			0.906	0.677	2.22	3284	924	919	0.797	99.5
2.06-2.12			0.96	0.462	3.07	3179	901	893	0.543	99.1
2.12-2.19			0.97	0.369	3.82	3209	899	898	0.435	99.9
2.19-2.27			0.984	0.25	5.47	2990	846	834	0.295	98.6
2.27-2.36			0.986	0.193	6.55	2952	827	822	0.227	99.4
2.36-2.45			0.989	0.167	7.43	2867	806	800	0.198	99.3
2.45-2.56			0.992	0.126	9.45	2649	753	746	0.149	99.1
2.56-2.69			0.996	0.088	12.41	2591	742	733	0.104	98.8
2.69-2.83			0.996	0.078	14.37	2381	693	678	0.092	97.8
2.83-3			0.998	0.057	17.58	2293	668	663	0.068	99.3
3-3.21			0.998	0.048	21.36	2106	620	612	0.057	98.7
3.21-3.47			0.999	0.036	26.26	1968	599	590	0.043	98.5
3.47-3.8			0.999	0.03	32.07	1745	537	525	0.036	97.8
3.8-4.25			0.999	0.024	39.47	1687	493	479	0.028	97.2
4.25-4.91			0.999	0.021	40.95	1463	443	424	0.025	95.7
4.91-6.01			0.999	0.022	38.19	1246	383	373	0.027	97.4
6.01-8.5			0.999	0.02	38.34	853	290	268	0.025	92.4
	8.5		0.999	0.022	36.88	384	185	140	0.027	75.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→32.466 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	661	4.99 %	RANDOM
R_work	0.2083	12573	-	-
obs	0.2097	13234	97.96 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 249.45 Å² / B_iso mean: 73.2862 Å² / B_iso min: 32.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→32.466 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1336	0	0	22	1358
B_iso mean	-	-	-	65.35	-
残基数	-	-	-	-	172

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1378
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.644	1851
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.027	208
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	251
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.678	584

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9-2.0461	0.4442	130	0.362	2469	2599	98
2.0461-2.252	0.3016	129	0.2616	2486	2615	98
2.252-2.5777	0.2335	132	0.2111	2509	2641	99
2.5777-3.2472	0.2438	136	0.2176	2549	2685	99
3.2472-32.4704	0.2081	134	0.1839	2560	2694	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.821	0.1688	1.3305	1.7668	-0.5525	2.9172	-0.1353	0.4775	0.1758	-0.0885	0.0286	-0.2029	-0.3589	0.5989	-0.0003	0.5388	0.0309	-0.0994	0.5121	0.0059	0.4499	18.8092	-2.3164	17.5641
2	2.3395	-0.2894	0.3633	1.9333	-0.4098	3.2579	0.2103	-0.3138	-0.0629	0.2554	0.0586	0.0541	0.3805	-0.1927	0.0036	0.4698	-0.0631	-0.0557	0.4051	0.0491	0.3817	-2.8353	-3.7298	13.2388
3	0.4832	-1.01	-0.615	3.1462	1.0757	0.8764	0.213	-0.5627	0.1659	-0.1648	-0.5509	1.2717	-0.2198	-1.0749	-0.0637	0.7089	-0.1196	0.0874	0.9729	-0.0127	0.7463	-18.9242	2.054	11.1707

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 2:64 )	A	2 - 64
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 65:148 )	A	65 - 148
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 149:173 )	A	149 - 173

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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