PDB-6w1e: Crystal structure of Streptococcus thermophilus SHP pheromone rec...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6w1e

タイトル

Crystal structure of Streptococcus thermophilus SHP pheromone receptor Rgg3

要素

Positive transcriptional regulator MutR family

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / PHEROMONE BINDING / QUORUM SENSING / RRNPP

機能・相同性

HTH-type transcriptional regulator Rgg, C-terminal domain / Transcription activator MutR, C-terminal / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / DNA binding / Positive transcriptional regulator MutR family

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス亜種サーモフィラス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.202 Å

データ登録者

Neiditch, M.B. / Capodagli, G.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Structure-function studies of Rgg binding to pheromones and target promoters reveal a model of transcription factor interplay.
著者: Glenn C Capodagli / Kaitlyn M Tylor / Jason T Kaelber / Vasileios I Petrou / Michael J Federle / Matthew B Neiditch /

要旨: Regulator gene of glucosyltransferase (Rgg) family proteins, such as Rgg2 and Rgg3, have emerged as primary quorum-sensing regulated transcription factors in species, controlling virulence, ...

履歴

登録	2020年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月16日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6w1e.cif.gz	102.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6w1e.ent.gz	77 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6w1e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6w1e_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6w1e_full_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示
XML形式データ	6w1e_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	6w1e_validation.cif.gz	11.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/6w1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/6w1e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	22341C 6w1aC 6w1fC 7ji0C 4yv6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5g58-d 5g4p-d 6l9m-2 1l6j-d 6loi-1 5l2w-d 4iy1-d 1ffp-2 2fpd-2 1xpi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Positive transcriptional regulator MutR family

ヘテロ分子

33.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Positive transcriptional regulator MutR family

ヘテロ分子

A: Positive transcriptional regulator MutR family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
66.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.360, 110.360, 54.933
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Positive transcriptional regulator MutR family 分子量: 33242.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (strain ATCC BAA-250 / LMG 18311) (ストレプトコッカス・サリバリウス亜種サーモフィラス) 株: ATCC BAA-250 / LMG 18311 / 遺伝子: stu1044 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5M4D0
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.66 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.2 詳細: 100 mM sodium citrate, 300 mM Na/K tartrate, and 1.4 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月12日

放射

モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 19396 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.086 / Χ²: 1.718 / Net I/av σ(I): 42.6 / Net I/σ(I): 8.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.2-2.24	7.5	0.471	826	0.916	0.172	0.503	0.595	86
2.24-2.28	7.7	0.38	871	0.933	0.139	0.406	0.68	87.6
2.28-2.32	7.6	0.388	887	0.944	0.142	0.415	0.645	92.6
2.32-2.37	8.7	0.319	966	0.966	0.109	0.338	0.744	98.1
2.37-2.42	9.2	0.295	966	0.974	0.1	0.311	0.817	99.8
2.42-2.48	9.9	0.298	983	0.982	0.099	0.314	0.767	100
2.48-2.54	9.9	0.262	968	0.983	0.087	0.276	0.863	99.9
2.54-2.61	10	0.247	990	0.983	0.082	0.261	0.833	99.7
2.61-2.69	9.9	0.218	980	0.987	0.072	0.23	1.034	99.4
2.69-2.77	9.3	0.193	969	0.986	0.066	0.204	1.161	99.8
2.77-2.87	9.3	0.165	984	0.99	0.057	0.175	1.297	99.6
2.87-2.99	10.4	0.146	992	0.993	0.048	0.154	1.499	99.9
2.99-3.12	10.2	0.131	970	0.992	0.043	0.138	1.889	99.6
3.12-3.29	10	0.118	995	0.994	0.04	0.125	2.345	99.9
3.29-3.49	9.9	0.107	990	0.991	0.036	0.113	2.638	99.5
3.49-3.76	9	0.096	975	0.995	0.034	0.102	3.066	98.9
3.76-4.14	10.2	0.085	1009	0.997	0.028	0.089	3.371	100
4.14-4.74	9.9	0.075	1002	0.996	0.025	0.079	3.369	99.8
4.74-5.97	9.2	0.067	1014	0.998	0.023	0.071	2.832	99.4
5.97-50	9.1	0.051	1059	0.998	0.018	0.054	2.544	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YV6

4yv6

解像度: 2.202→47.787 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 36.01

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3086	1929	9.96 %
R_work	0.2651	-	-
obs	0.2695	19374	97.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 167.21 Å² / B_iso mean: 78.6552 Å² / B_iso min: 37.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.202→47.787 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1678	0	10	24	1712
B_iso mean	-	-	131.94	69.38	-
残基数	-	-	-	-	202

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.202-2.2568	0.3774	113	0.3441	1083	86
2.2568-2.3178	0.3448	125	0.3198	1115	90
2.3178-2.386	0.3118	137	0.3034	1239	98
2.386-2.463	0.3425	140	0.2756	1257	100
2.463-2.5511	0.2917	135	0.2769	1263	100
2.5511-2.6532	0.3268	140	0.2839	1253	99
2.6532-2.7739	0.3397	143	0.2912	1257	100
2.7739-2.9202	0.3149	143	0.2838	1262	100
2.9202-3.1031	0.2793	139	0.2805	1267	100
3.1031-3.3426	0.2978	142	0.2575	1266	100
3.3426-3.6789	0.2933	140	0.2464	1275	99
3.6789-4.211	0.2629	140	0.2222	1278	100
4.211-5.3043	0.2893	145	0.2301	1284	100
5.3043-47.787	0.3479	147	0.3011	1346	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.167	0.6828	0.5236	0.8242	-0.2383	0.3794	-0.1142	-1.514	1.1415	2.018	-0.7356	0.61	-0.2326	0.2796	-0.0868	1.4527	-0.3786	0.1477	1.3257	-0.1787	0.8555	41.387	-19.8422	-6.3223
2	3.0291	2.6603	1.6347	1.0634	1.0244	2.3091	0.4246	-0.4204	0.287	-0.3518	-0.3895	0.1285	0.2213	-0.3767	0.0254	0.5181	-0.1308	-0.0134	0.4992	-0.05	0.5439	42.2114	-18.2529	-24.0492
3	1.8223	1.4263	1.3693	2.9302	-0.422	2.0235	-0.3838	0.1256	-0.099	-0.286	0.3428	-0.1173	-0.2088	0.203	-0	0.5167	-0.05	0.074	0.4101	0.0102	0.4436	60.0255	-9.7668	-28.1017
4	0.6068	0.4172	0.3278	0.2759	0.1579	-0.0378	-0.3088	-0.4464	-0.2573	0.6356	0.2384	-0.074	0.0617	0.4194	-0.0002	0.5723	0.0997	0.0887	0.4023	0.0401	0.643	65.5729	-14.9836	-16.3575

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 78 through 108 )	A	78 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 109 through 203 )	A	109 - 203
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 204 through 263 )	A	204 - 263
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 264 through 284 )	A	264 - 284

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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