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Yorodumi- PDB-4yv6: X-ray crystal structure of Streptococcus dysgalactiae SHP pheromo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4yv6 | ||||||
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Title | X-ray crystal structure of Streptococcus dysgalactiae SHP pheromone receptor Rgg2 | ||||||
Components | Transcriptional regulatorTranscriptional regulation | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / DNA binding / pheromone binding / repeat domain / quorum sensing | ||||||
Function / homology | HTH-type transcriptional regulator Rgg, C-terminal domain / Transcription activator MutR, C-terminal / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / Transcriptional regulator Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptococcus dysgalactiae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.053 Å | ||||||
Authors | Neiditch, M.B. / Parashar, V. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2015 Title: Rgg protein structure-function and inhibition by cyclic peptide compounds. Authors: Parashar, V. / Aggarwal, C. / Federle, M.J. / Neiditch, M.B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4yv6.cif.gz | 639.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4yv6.ent.gz | 564.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4yv6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/4yv6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/4yv6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | Dimer by Gel filtration |
-Components
#1: Protein | Mass: 33543.980 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus dysgalactiae (bacteria) / Strain: LT1 / Gene: mutR / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0J9X288*PLUS #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | Source details | MOLECULE-1 IS FROM A CLINICAL STRAIN KNOWN AS LT1 | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 8 Details: Tris-HCl (pH 8.0), sodium phosphate (pH 8.0), NaCl, DTT, 2.4 M Ammonium sulfate, and Tris-HCl (pH 8.6) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.075 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 1, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→50 Å / Num. obs: 87750 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 3.68 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 29.68 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.09 Å / Rsym value: 0.53 / % possible all: 98.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.053→39.956 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 29.06 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.053→39.956 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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