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Yorodumi- PDB-5w4n: Crystal structure of Streptococcus dysgalactiae SHP pheromone rec... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5w4n | ||||||
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Title | Crystal structure of Streptococcus dysgalactiae SHP pheromone receptor Rgg2(C45S) | ||||||
Components | Transcriptional regulatorTranscriptional regulation | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING / PHEROMONE BINDING / REPEAT DOMAIN / QUORUM SENSING / RRNPP | ||||||
Function / homology | HTH-type transcriptional regulator Rgg, C-terminal domain / Transcription activator MutR, C-terminal / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / Transcriptional regulator Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptococcus dysgalactiae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.198 Å | ||||||
Authors | Neiditch, M.B. / Khataokar, A.A. / Capodagli, G.C. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2017 Title: Activating mutations in quorum-sensing regulator Rgg2 and its conformational flexibility in the absence of an intermolecular disulfide bond. Authors: Wilkening, R.V. / Capodagli, G.C. / Khataokar, A. / Tylor, K.M. / Neiditch, M.B. / Federle, M.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5w4n.cif.gz | 239.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5w4n.ent.gz | 192.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5w4n.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/5w4n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/5w4n | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5w4mC 4yv6S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33527.914 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C45A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus dysgalactiae (bacteria) / Gene: mutR / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0J9X288 #2: Chemical | ChemComp-DMS / #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 170 mM NH4OAc, 85 mM Na citrate (pH 5.6), 25.5% PEG 4,000, and 15% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: May 26, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Cu / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.198→50 Å / Num. obs: 37790 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 45.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 28.116 / Net I/av σ(I): 34.1 / Net I/σ(I): 17.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4YV6 Resolution: 2.198→35.559 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.75
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 120.2 Å2 / Biso mean: 54.5933 Å2 / Biso min: 28.32 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.198→35.559 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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