PDB-3ha0: Crystal structure of the IgE-Fc3-4 domains

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ha0

タイトル

Crystal structure of the IgE-Fc3-4 domains

要素

Ig epsilon chain C region

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobin / IgE / Fc / flexibility / hydrophobic pocket / Disulfide bond / Glycoprotein / Immunoglobulin C region / Immunoglobulin domain

機能・相同性

機能・相同性情報

adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / B cell antigen processing and presentation / type I hypersensitivity / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Wurzburg, B.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Conformational flexibility in immunoglobulin E-Fc 3-4 revealed in multiple crystal forms.
著者: Wurzburg, B.A. / Jardetzky, T.S.

履歴

登録	2009年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ha0.cif.gz	262.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ha0.ent.gz	214.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ha0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3ha0_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ha0_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	3ha0_validation.xml.gz	46.3 KB	表示
CIF形式データ	3ha0_validation.cif.gz	62.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/3ha0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/3ha0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3h9yC 3h9zC 1fp5S 1f6a 1o0v S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3h9y-1 3h9z-1 4yv9-2 3h9y-2 6ppp-2 2yw6-d 5iw6-d 1i1c-d 1yf9-d 1ygs-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ig epsilon chain C region

B: Ig epsilon chain C region

C: Ig epsilon chain C region

D: Ig epsilon chain C region

E: Ig epsilon chain C region

F: Ig epsilon chain C region

ヘテロ分子

155 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Ig epsilon chain C region

B: Ig epsilon chain C region

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Ig epsilon chain C region

D: Ig epsilon chain C region

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.7 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Ig epsilon chain C region

F: Ig epsilon chain C region

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.900, 104.900, 150.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.20, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

THE BIOLOGICAL UNIT IS A DIMER. THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS 3 DIMERS (CHAINS A:B, CHAINS C:D AND CHAINS E:F).

#1: タンパク質

Ig epsilon chain C region

分子量: 24920.146 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 209-428 / 変異: N252Q, N264Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHE / プラスミド: pAcGP67A / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: P01854

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: 0.5 microliter of protein at 10 mg/mL in 20 mM sodium chloride was added to 0.5 microliter well solution (100 mM ammonium acetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 30% (w/v) PEG 4000) and mixed ...詳細: 0.5 microliter of protein at 10 mg/mL in 20 mM sodium chloride was added to 0.5 microliter well solution (100 mM ammonium acetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 30% (w/v) PEG 4000) and mixed by pipetting., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.91 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 0.5 microliter of protein at 10 mg/mL in 20 mM sodium chloride was added to 0.5 microliter well solution (100 mM ammonium acetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 30% (w/v) PEG 4000) and mixed ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1.0001 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月7日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 37208 / Num. obs: 37208 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.4 % / R_sym value: 0.541 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Cor.coef. F_o:F_c: 0.309 / Packing: 0.548

	最高解像度	最低解像度	手法	Reflection percent	σ(F)
Translation	4 Å	30 Å	general	99.9	0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
DENZO		データ削減
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1FP5

1fp5

解像度: 2.8→29.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 40.643 / SU ML: 0.375 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.433 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Incorrect stereochemistry at C2 atom of MAN A 4.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28015	1860	5 %	RANDOM
R_work	0.24144	-	-	-
obs	0.24339	36845	100 %	-
all	-	36905	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.102 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.73 Å²	0 Å²	-0.56 Å²
2-	-	1.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9910	0	366	0	10276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	10575
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7369
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.908	1.987	14449
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.616	3.002	17741
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.339	5	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	21.105	22.349	447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.064	15	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.085	15	105
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.053	0.2	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	11397
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	2106
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.672	2	6310
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.071	2	2462
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.182	3	10323
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.477	2	4265
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.816	3	4126
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.954 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.395	222	-
R_work	0.324	4995	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8921	0.6044	0.7916	3.334	0.1717	2.9757	-0.0998	0.0641	0.4725	0.3422	0.0428	-0.0101	-0.3384	0.1647	0.057	-0.138	-0.0509	0.0327	-0.0823	0.0822	-0.0045	22.5078	18.4327	21.5005
2	6.5437	4.8413	1.0231	3.5818	0.7569	0.16	-0.0635	0.0405	0.3041	-0.06	0.0658	0.1321	0.0691	-0.0655	-0.0023	0.0249	-0.0013	-0.0263	0.0233	0.0243	-0.0058	13.958	0.7136	21.8401
3	2.7077	0.0545	0.2546	2.6241	-0.7061	4.5744	0.0401	0.0083	0.0447	-0.2348	0.0747	-0.1527	-0.1353	-0.0096	-0.1148	-0.0633	-0.0067	0.0489	-0.1797	0.1077	-0.0408	10.1251	5.6341	-2.6642
4	2.9801	-1.1378	-1.6236	3.7439	0.6301	1.8898	-0.0076	-0.6145	-0.2363	0.544	-0.0813	-0.1394	0.025	0.3888	0.0889	0.0726	-0.0567	-0.0381	-0.164	0.066	-0.0135	-10.0849	32.9863	14.2339
5	1.712	-2.3429	-6.3913	3.2062	8.7465	23.8599	0.3354	0.1976	0.4296	0.2027	-0.1116	-0.2386	0.4045	-0.2089	-0.2238	0.081	0.0604	-0.0167	-0.0268	0.0341	0.0477	-4.7217	33.2538	-5.6406
6	2.7269	0.3185	-0.2524	4.2699	0.1861	2.052	-0.0839	-0.0042	0.0099	-0.1249	0.0253	-0.0113	-0.002	-0.2429	0.0586	-0.1166	0.0286	-0.0072	-0.087	0.0586	-0.0968	-6.5316	8.8325	-2.1155
7	4.3704	1.9311	0.7483	5.1743	2.2229	4.2972	0.2862	-0.3197	-0.6848	-0.2381	-0.1877	-0.2625	0.6632	0.3823	-0.0986	0.0925	-0.0499	-0.1102	-0.1521	0.1015	-0.2007	-8.6954	-32.5809	46.3221
8	20.4063	20.2072	9.5147	20.0704	9.0968	6.1876	-0.0002	-0.1669	-0.6052	0.2473	0.1825	-0.5797	0.0773	0.1616	-0.1823	0.0399	-0.0073	-0.0248	0	0.0152	0.0247	1.4134	-20.8425	59.5353
9	1.8382	-0.1268	-1.6449	3.6269	-0.8814	5.7958	0.0321	0.3255	0.1588	0.0158	0.0513	0.0458	0.1281	-0.5493	-0.0833	-0.2976	-0.1101	-0.0474	0.1223	0.0541	-0.212	-0.2886	-5.479	40.3935
10	5.029	-0.09	0.8248	5.7382	-2.7197	3.6463	0.3704	-0.1519	-0.5366	-0.3537	0.1519	0.2322	1.0599	-0.4265	-0.5224	0.3662	-0.0201	-0.2178	-0.3439	-0.1121	-0.3006	23.6525	-32.0735	28.228
11	7.8922	-12.6817	2.5772	20.3817	-4.2057	1.9383	0.2541	0.2089	0.2382	-0.2311	-0.3166	-0.7323	0.0576	-0.1773	0.0624	0.0657	-0.0221	-0.0443	0.0589	-0.0394	-0.0284	14.7853	-19.403	15.1073
12	2.9159	0.0679	0.1684	2.4929	-0.2602	5.1529	0.1446	-0.2688	0.0588	-0.0303	-0.0544	-0.0319	0.289	-0.1587	-0.0902	-0.1237	-0.0334	-0.0101	-0.0824	0.0387	-0.1498	16.4812	-5.5391	35.5227
13	0.3888	1.1549	-0.2568	3.4309	-0.763	0.1697	0.0483	0.2444	-0.2291	-1.0967	-0.023	0.4839	0.0474	-0.6034	-0.0252	0.031	0.0663	-0.0382	0.5506	-0.0258	0.3484	25.8019	30.6057	60.6318
14	11.4971	6.0967	-10.9199	13.1807	-8.2183	10.9641	0.1072	-0.0941	0.2112	0.3963	-0.1507	0.2139	-0.0656	0.3823	0.0435	0.0481	-0.0387	0.0041	-0.0056	-0.0488	0.0513	21.11	31.4345	81.345
15	6.4048	-0.9166	-1.1799	4.2769	-0.9185	3.7258	0.2186	-0.3456	0.3058	0.0254	-0.0719	-0.0098	-0.1374	0.2851	-0.1467	-0.3571	-0.0534	0.0228	0.0096	-0.2019	-0.1802	22.9759	6.689	78.3505
16	3.1438	0.0336	-0.0617	6.8628	-0.8902	5.2951	0.2652	0.2062	1.1149	-0.1571	0.0706	-0.0386	-0.9567	-0.3163	-0.3358	-0.3441	0.0875	0.122	0.1305	-0.0105	0.2245	-5.8179	17.7074	55.5956
17	12.6383	-10.3316	-1.0431	8.4609	0.7406	0.9187	-0.0699	-1.5285	1.2759	-0.4478	0.0371	-0.6106	1.9968	-0.5765	0.0328	-0.0096	-0.2139	-0.1484	0.1686	-0.149	0.2021	2.1487	-0.4703	54.9115
18	3.0876	0.0004	0.3097	3.0388	0.2319	6.097	0.1011	-0.1837	0.329	0.3793	0.1022	0.19	-0.0794	0.1047	-0.2033	-0.1865	0.0132	0.0648	0.0016	-0.195	-0.1326	6.1946	3.6798	79.1022

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	336 - 433
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	434 - 440
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	441 - 544
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	336 - 433
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	434 - 440
7	X-RAY DIFFRACTION	6	B	441 - 544
8	X-RAY DIFFRACTION	7	C	336 - 433
9	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 5
10	X-RAY DIFFRACTION	8	C	434 - 440
11	X-RAY DIFFRACTION	9	C	441 - 544
12	X-RAY DIFFRACTION	10	D	336 - 433
13	X-RAY DIFFRACTION	10	D	1 - 5
14	X-RAY DIFFRACTION	11	D	434 - 440
15	X-RAY DIFFRACTION	12	D	441 - 544
16	X-RAY DIFFRACTION	13	E	336 - 433
17	X-RAY DIFFRACTION	13	E	1 - 5
18	X-RAY DIFFRACTION	14	E	434 - 440
19	X-RAY DIFFRACTION	15	E	441 - 544
20	X-RAY DIFFRACTION	16	F	336 - 433
21	X-RAY DIFFRACTION	16	F	1 - 5
22	X-RAY DIFFRACTION	17	F	434 - 440
23	X-RAY DIFFRACTION	18	F	441 - 544

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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