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- PDB-1l6j: Crystal structure of human matrix metalloproteinase MMP9 (gelatin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l6j
タイトルCrystal structure of human matrix metalloproteinase MMP9 (gelatinase B).
要素Matrix metalloproteinase-9
キーワードHYDROLASE / Twisted beta sheet flanked by helices
機能・相同性
機能・相同性情報


gelatinase B / negative regulation of epithelial cell differentiation involved in kidney development / negative regulation of cation channel activity / cellular response to UV-A / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of keratinocyte migration / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of DNA binding / Activation of Matrix Metalloproteinases ...gelatinase B / negative regulation of epithelial cell differentiation involved in kidney development / negative regulation of cation channel activity / cellular response to UV-A / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of keratinocyte migration / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of DNA binding / Activation of Matrix Metalloproteinases / endodermal cell differentiation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / response to amyloid-beta / Collagen degradation / macrophage differentiation / collagen catabolic process / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / ephrin receptor signaling pathway / extracellular matrix disassembly / collagen binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / embryo implantation / positive regulation of receptor binding / skeletal system development / Signaling by SCF-KIT / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / tertiary granule lumen / cell migration / peptidase activity / positive regulation of protein phosphorylation / cellular response to lipopolysaccharide / : / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / endopeptidase activity / ficolin-1-rich granule lumen / Extra-nuclear estrogen signaling / positive regulation of apoptotic process / serine-type endopeptidase activity / apoptotic process / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Fibronectin, type II, collagen-binding / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1 / PGBD-like superfamily/PGBD / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain ...Fibronectin, type II, collagen-binding / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1 / PGBD-like superfamily/PGBD / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Kringle-like fold / Ribbon / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Matrix metalloproteinase-9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Elkins, P.A. / Ho, Y.S. / Smith, W.W. / Janson, C.A. / D'Alessio, K.J. / McQueney, M.S. / Cummings, M.D. / Romanic, A.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Structure of the C-terminally truncated human ProMMP9, a gelatin-binding matrix metalloproteinase.
著者: Elkins, P.A. / Ho, Y.S. / Smith, W.W. / Janson, C.A. / D'Alessio, K.J. / McQueney, M.S. / Cummings, M.D. / Romanic, A.M.
履歴
登録2002年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix metalloproteinase-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5966
ポリマ－47,3441
非ポリマー2515
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.685, 123.685, 89.937
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Matrix metalloproteinase-9 / MMP9 / Gelatinase B / GELB


分子量: 47344.457 Da / 分子数: 1 / 断片: pro-form with C-terminal domain truncated / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR (DE3) / 参照: UniProt: P14780, gelatinase B
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: sodium chloride, Tris, HEPES, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
112.8 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1droppH8.2
3100 mM1dropNaCl
44.3 M1reservoirNaCl
50.1 MHEPES1reservoirpH7.0

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.271632, 1.209997, 1.272917
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.2716321
21.2099971
31.2729171
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 34009 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.194 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 73.8
反射
*PLUS
Num. obs: 47453
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / % possible obs: 73.8 % / Num. unique obs: 3904

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 1CK7

1ck7


解像度: 2.5→19.97 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Structure factor analysis for this report was made by SFCHECK V 5.3.4 using anisotropic scaling and the Babinet bulk solvent correction. The correlation between the experimental map and the ...詳細: Structure factor analysis for this report was made by SFCHECK V 5.3.4 using anisotropic scaling and the Babinet bulk solvent correction. The correlation between the experimental map and the model was computed using CCP4/SFALL, CCP4/FFT and CCP4/OVERLAPMAP. The difference between the experimental phases and the model phases was computed using CCP4/SFALL and CCP4/PHISTATS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1265 -RANDOM
Rwork0.187 ---
all-24477 --
obs-24477 89.1 %-
溶媒の処理Bsol: 250.028 Å2 / ksol: 0.763 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.287 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3180 0 5 191 3376
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.0130.011
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.842.03
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.53 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.315 39
Rwork0.272 20219
obs-783
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.223 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0120.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.72.03

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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