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Yorodumi- PDB-6vze: C-terminal domain of mouse surfactant protein B crystallized at low pH -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6vze | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | C-terminal domain of mouse surfactant protein B crystallized at low pH | |||||||||
Components | Pulmonary surfactant-associated protein B | |||||||||
Keywords | SURFACTANT PROTEIN / Saposin-like | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationSurfactant metabolism / sphingolipid metabolic process / respiratory gaseous exchange by respiratory system / : / lysosome / extracellular region / membrane / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | |||||||||
Authors | Rapoport, T.A. / Bodnar, N.O. | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2021Title: Mechanism of Lamellar Body Formation by Lung Surfactant Protein B. Authors: Sever, N. / Milicic, G. / Bodnar, N.O. / Wu, X. / Rapoport, T.A. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6vze.cif.gz | 384.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6vze.ent.gz | 290.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6vze.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6vze_validation.pdf.gz | 263.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6vze_full_validation.pdf.gz | 263.4 KB | Display | |
| Data in XML | 6vze_validation.xml.gz | 1.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 6vze_validation.cif.gz | 6.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/6vze ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/6vze | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6vynC ![]() 6vz0SC ![]() 6vzdC ![]() 6w1bC ![]() 7mbkC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | |
| Experimental dataset #1 | Data reference: 10.15785/SBGRID/767 / Data set type: diffraction image data / Metadata reference: 10.15785/SBGRID/767 |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 3 - 73 / Label seq-ID: 3 - 73
|
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Components
| #1: Protein | Mass: 8752.949 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.03 Å3/Da / Density % sol: 39.44 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 170 mM ammonium sulfate, 21-23% PEG 4000, 15% glycerol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.979 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 16, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.9→68.98 Å / Num. obs: 43545 / % possible obs: 97.42 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 36.19 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.1057 / Net I/σ(I): 9.54 |
| Reflection shell | Resolution: 1.9→1.968 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.102 / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 4071 / CC1/2: 0.211 / % possible all: 93.14 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6VZ0, residues A26-V45 Resolution: 1.9→68.98 Å / SU ML: 0.2798 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.0944
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 49.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→68.98 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
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