PDB-6vmj: Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vmj

タイトル

Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12

要素

Complement factor D
Fab20D12 Light Chain
Fab20D12 heavy chain

キーワード

HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / CFD / Factor D / Fab / HYDROLASE / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

complement factor D / Alternative complement activation / complement activation / complement activation, alternative pathway / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / protein maturation / response to bacterium / Platelet degranulation / secretory granule lumen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Wu, P. / Harris, S.F. / Eigenbrot, C.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12
著者: Dion, M. / Wu, P. / Morando, A. / Bullen, G. / Shatz, W. / Harris, S.F. / Eigenbrot, C. / Loyet, K.M. / Yadav, D. / Tassew, N. / Booler, H. / Scheer, J. / Kelley, R.F. / Tesar, D.B.

履歴

登録	2020年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vmj.cif.gz	982.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vmj.ent.gz	821 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vmj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vmj_validation.pdf.gz	276.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vmj_full_validation.pdf.gz	279.8 KB	表示
XML形式データ	6vmj_validation.xml.gz	2.2 KB	表示
CIF形式データ	6vmj_validation.cif.gz	26.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/6vmj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/6vmj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vmkC 4d9rS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vmk-15 6vmk-2 6vmk-5 6vmk-10 6vmk-14 6vmk-8 6vmk-12 6vmk-7 2zuq-2 6vmk-13 1fns-d 3b9k-1 6vmk-11 3w2d-d 3rpk-1 6bkd-d 6vmk-16 6vmk-4 5gmq-d 4yk4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fab20D12 Light Chain

B: Fab20D12 heavy chain

E: Fab20D12 Light Chain

F: Fab20D12 heavy chain

I: Fab20D12 Light Chain

J: Fab20D12 heavy chain

L: Fab20D12 Light Chain

M: Fab20D12 heavy chain

W: Complement factor D

X: Complement factor D

Y: Complement factor D

Z: Complement factor D

ヘテロ分子

287 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fab20D12 Light Chain

B: Fab20D12 heavy chain

Z: Complement factor D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: The assembly is a subset of the asu which has 4 copies of the CFD antigen and the Fab.
71.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Fab20D12 Light Chain

F: Fab20D12 heavy chain

Y: Complement factor D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
71.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

I: Fab20D12 Light Chain

J: Fab20D12 heavy chain

X: Complement factor D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
71.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

L: Fab20D12 Light Chain

M: Fab20D12 heavy chain

W: Complement factor D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
71.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.843, 180.843, 304.189
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: 抗体	Fab20D12 Light Chain 分子量: 23360.787 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	Fab20D12 heavy chain 分子量: 23668.393 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質	Complement factor D / Adipsin / C3 convertase activator / Properdin factor D 分子量: 24438.807 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFD, DF, PFD 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P00746, complement factor D
#4: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.72 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 1 M sodium citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00003 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00003 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 106295 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 55.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.135 / Χ²: 1.018 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 767163

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.95-3.06	6.5	0.633	10462	1.063	1	99.8
3.06-3.18	6.6	0.464	10465	1.1	1	99.8
3.18-3.32	6.8	0.359	10479	1.104	1	99.9
3.32-3.5	6.9	0.243	10517	1.076	1	99.9
3.5-3.72	7	0.199	10548	1.082	1	99.9
3.72-4	7.2	0.161	10579	1.078	1	100
4-4.41	7.5	0.117	10609	0.971	1	100
4.41-5.04	7.9	0.088	10650	0.844	1	100
5.04-6.35	7.8	0.076	10772	0.947	1	100
6.35-50	7.9	0.042	11214	0.979	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
BUSTER	2.11.5	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4D9R

4d9r

解像度: 2.95→47.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9177 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8686 / SU R Cruickshank DPI: 0.563 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.54 / SU R_free Blow DPI: 0.332 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.34

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2652	1050	0.99 %	RANDOM
R_work	0.2175	-	-	-
obs	0.218	105651	99.36 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 172.25 Å² / B_iso mean: 53.17 Å² / B_iso min: 8.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.6529 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.6529 Å²	0 Å²
3-	-	-	13.3058 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.498 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.95→47.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19699	0	78	151	19928
B_iso mean	-	-	92.08	29.78	-
残基数	-	-	-	-	2610

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	6737	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	440	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	2984	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	20239	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	2633	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	22140	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	20239	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	27565	HARMONIC	2	1.22
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.13
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				19.53

LS精密化シェル

解像度: 2.95→3.03 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3291	66	0.86 %
R_work	0.2905	7568	-
all	0.2909	7634	-
obs	-	-	99.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4869	0.3601	-0.6276	2.4449	-0.4749	0.8553	0.0448	-0.3542	-0.2009	0.0559	-0.2783	-0.3149	0.1131	0.4506	0.2335	-0.1247	0.0876	0.0303	0.2254	0.1391	-0.1906	3.7342	-75.7931	28.9165
2	2.2434	0.5119	-0.9757	1.4039	-0.6254	0.892	-0.3361	0.0589	-0.3522	-0.2736	0.1284	-0.1779	0.4504	0.1233	0.2076	0.2738	0.0327	0.152	-0.2221	0.0124	-0.2114	-15.034	-97.5391	-14.5099
3	1.9856	-0.6099	0.3552	0.6665	0.1812	1.8039	0.0308	-0.1032	0.1012	0.0166	-0.078	0.0318	-0.0029	0.1697	0.0473	0.024	0.0087	0.0512	-0.0168	0.0318	-0.0879	-9.9092	-51.6451	-1.6514
4	0.783	0.0158	-0.1112	1.3738	0.2186	0.7245	-0.0885	-0.0228	0.0582	-0.157	-0.0056	0.1018	0.1894	-0.0474	0.0941	0.1347	-0.0368	0.0328	-0.088	0.0292	-0.0616	-40.5693	-89.2972	16.8246
5	1.0246	-0.0516	-0.6859	1.3434	-1.1	2.4837	-0.0897	-0.2403	-0.1933	-0.317	-0.2401	-0.3752	0.4964	0.2918	0.3297	0.0805	0.152	0.152	-0.1711	0.152	-0.0549	-7.9964	-112.08	24.4298
6	1.1549	-0.318	-0.6479	0.6667	-0.7733	2.7877	-0.1536	-0.0908	-0.2598	-0.2221	-0.1658	-0.0619	0.3026	0.5442	0.3195	-0.0764	0.152	0.152	0.0706	0.152	-0.1251	18.4742	-79.2867	-10.2605
7	0.5862	-0.1582	-0.6222	0.0051	-0.5528	1.6506	0.0313	0.0817	0.015	-0.1093	0.095	0.161	0.2118	-0.3007	-0.1264	0.1224	-0.0315	-0.0337	-0.0563	0.0183	-0.0629	-40.5779	-66.9607	-18.8581
8	0.7271	0.1872	-0.487	0.9799	-0.493	1.5099	0.0509	0.0021	0.0327	0.0184	-0.0183	0.082	-0.1027	0.0737	-0.0326	0.0143	0.0163	0.0221	0.007	-0.0247	-0.0425	-31.1334	-56.4748	34.4772
9	0	0.2439	0.7732	5.8341	0.6791	2.7653	0.0566	0.0093	-0.3826	-0.3616	0.431	-0.0125	0.5442	0.0774	-0.4876	0.304	0.117	0.152	-0.304	0.152	-0.304	-13.7964	-145.06	14.7563
10	4.9277	1.8414	0.3762	0	0.0187	0.8372	0.1888	-0.2725	0.4077	0.0799	0.1666	-0.0406	-0.016	0.5442	-0.3554	-0.304	0.0231	0.152	0.298	0.152	-0.0069	50.1377	-67.9221	-1.6486
11	2.9892	1.2809	0.4561	2.2258	-1.0265	2.5873	0.2001	0.0902	-0.217	-0.0941	0.144	0.3146	0.5442	-0.383	-0.3441	-0.0131	-0.139	-0.0753	-0.1218	0.031	-0.0848	-72.1256	-78.2234	-28.1658
12	1.3512	-0.3145	-0.2347	2.1402	0.6785	2.2047	-0.0459	0.0307	0.1092	0.0483	0.144	-0.1115	-0.1308	0.0933	-0.0981	-0.0127	0.0252	-0.0001	-0.074	-0.0441	-0.0683	-32.8107	-22.3954	38.9439

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{Z\|16 - Z\|243}	Z	16 - 243
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{Y\|16 - Y\|243}	Y	16 - 243
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{X\|16 - X\|243}	X	16 - 243
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{W\|16 - W\|243}	W	16 - 243
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|1 - A\|107 B\|1 - B\|114}	A	1 - 107
6	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|1 - A\|107 B\|1 - B\|114}	B	1 - 114
7	X-RAY DIFFRACTION	6	{E\|1 - E\|107 F\|1 - F\|114}	E	1 - 107
8	X-RAY DIFFRACTION	6	{E\|1 - E\|107 F\|1 - F\|114}	F	1 - 114
9	X-RAY DIFFRACTION	7	{I\|1 - I\|107 J\|1 - J\|114}	I	1 - 107
10	X-RAY DIFFRACTION	7	{I\|1 - I\|107 J\|1 - J\|114}	J	1 - 114
11	X-RAY DIFFRACTION	8	{L\|1 - L\|107 M\|1 - M\|114}	L	1 - 107
12	X-RAY DIFFRACTION	8	{L\|1 - L\|107 M\|1 - M\|114}	M	1 - 114
13	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|108 - A\|213 B\|115 - B\|213}	A	108 - 213
14	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|108 - A\|213 B\|115 - B\|213}	B	115 - 213
15	X-RAY DIFFRACTION	10	{E\|108 - E\|213 F\|115 - F\|213}	E	108 - 213
16	X-RAY DIFFRACTION	10	{E\|108 - E\|213 F\|115 - F\|213}	F	115 - 213
17	X-RAY DIFFRACTION	11	{I\|108 - I\|213 J\|115 - J\|213}	I	108 - 213
18	X-RAY DIFFRACTION	11	{I\|108 - I\|213 J\|115 - J\|213}	J	115 - 213
19	X-RAY DIFFRACTION	12	{L\|108 - L\|213 M\|115 - M\|215}	L	108 - 213
20	X-RAY DIFFRACTION	12	{L\|108 - L\|213 M\|115 - M\|215}	M	115 - 215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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