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- PDB-6vm5: Structure of Moraxella osloensis Cap4 SAVED/CARF-domain containin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vm5
タイトルStructure of Moraxella osloensis Cap4 SAVED/CARF-domain containing receptor
要素SAVED domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / nuclease / DUF4297 / SAVED / CARF / phage immunity
機能・相同性CD-NTase associated protein 4, DNA endonuclease domain / Cap4, dsDNA endonuclease domain / SMODS-associated and fused to various effectors / SMODS-associated and fused to various effectors sensor domain / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleotide binding / CD-NTase-associated protein 4
機能・相同性情報
生物種Moraxella osloensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Lowey, B. / Whiteley, A.T. / Keszei, A.F.A. / Morehouse, B.R. / Antine, S.P. / Cabrera, V. / Schwede, F. / Mekalanos, J.J. / Shao, S. / Lee, A.S.Y. / Kranzusch, P.J.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: CBASS Immunity Uses CARF-Related Effectors to Sense 3'-5'- and 2'-5'-Linked Cyclic Oligonucleotide Signals and Protect Bacteria from Phage Infection.
著者: Lowey, B. / Whiteley, A.T. / Keszei, A.F.A. / Morehouse, B.R. / Mathews, I.T. / Antine, S.P. / Cabrera, V.J. / Kashin, D. / Niemann, P. / Jain, M. / Schwede, F. / Mekalanos, J.J. / Shao, S. / ...著者: Lowey, B. / Whiteley, A.T. / Keszei, A.F.A. / Morehouse, B.R. / Mathews, I.T. / Antine, S.P. / Cabrera, V.J. / Kashin, D. / Niemann, P. / Jain, M. / Schwede, F. / Mekalanos, J.J. / Shao, S. / Lee, A.S.Y. / Kranzusch, P.J.
履歴
登録2020年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAVED domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6382
ポリマ－52,6141
非ポリマー241
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)157.593, 157.593, 63.318
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 SAVED domain-containing protein / Cap4


分子量: 52614.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moraxella osloensis (バクテリア)
遺伝子: FEF33_11620, MOTT16_09860 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2K8K5C5
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 110 mM Tris-HCl pH 8.5, 21% PEG-400

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99998 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→49.36 Å / Num. obs: 37860 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 59.42 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.34→2.43 Å / 冗長度: 10.6 % / Num. unique obs: 3455 / CC1/2: 0.413 / Rpim(I) all: 0.895 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: unpublished Se-Met version of the same protein determied by SAD phasing

解像度: 2.35→49.36 Å / SU ML: 0.4081 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.3605
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2336 2004 5.31 %
Rwork0.2066 --
obs0.208 37711 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 83.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→49.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3385 0 1 67 3453
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00573454
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71014657
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0474514
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.30622069
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.410.43731390.36472413X-RAY DIFFRACTION96.27
2.41-2.470.36731380.33932518X-RAY DIFFRACTION99.7
2.47-2.550.34771360.31022560X-RAY DIFFRACTION99.67
2.55-2.630.3371420.28092524X-RAY DIFFRACTION99.85
2.63-2.720.26531470.26272543X-RAY DIFFRACTION99.96
2.72-2.830.28721380.25032539X-RAY DIFFRACTION99.93
2.83-2.960.30871450.25222530X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.120.28081470.242555X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.310.24171450.22062559X-RAY DIFFRACTION100
3.31-3.570.22211420.21052552X-RAY DIFFRACTION100
3.57-3.930.21941430.19362577X-RAY DIFFRACTION100
3.93-4.490.19771420.16972583X-RAY DIFFRACTION100
4.49-5.660.20791440.16782592X-RAY DIFFRACTION100
5.66-49.360.20341560.19122662X-RAY DIFFRACTION99.79
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.17812937677-1.01388968041-0.6503075072760.8032990204-0.602907372231.35616460826-0.00028385485049-0.421583734875-1.05860252485-0.7073597135150.0243814940534-0.3873278886511.25301997564-0.459726977577-0.01862270919411.14830986784-0.35830093437-0.004768357667050.8879019084930.04192408152730.682639191392-55.475147202516.5010134858-19.5270729595
21.51578775699-0.315606074976-0.4071351153181.76877522153-0.7175418864691.21260713581-0.281703448850.0649650586854-0.390594415734-0.4513365311360.3442216062690.2917228644370.2126974952240.224338185007-0.05929655983320.905814037199-0.331082692435-0.04419179626670.5011278464920.05368061468780.475796331579-63.927522520418.2696043172-23.3089949296
32.37429227095-0.7776574665290.7819127043191.426843225710.846724380131.01104297302-0.0514701681076-0.20399005309-0.000868354718254-0.103089157288-0.00480808772089-0.0958263878348-0.0261367625775-0.2671168445530.2198191077130.454178331514-0.181104111106-0.07519432766370.454980684569-0.02340769914560.364899441147-52.890936354665.2133874517-21.3199618968
41.813969660570.8396455630481.813758477352.66301897711-0.3202656776642.45152603521-0.333675595754-0.9109622292980.2262569628750.818166021880.04131493923860.276481886363-0.168669946463-0.9268211577530.1183613667710.553152042421-0.1050906404940.06187093495920.749855565157-0.09558803434140.357121393217-53.766168129164.5764002165-11.7972581376
50.4774632715170.972499425910.5236647559561.39914979121-0.3870934213030.282997754447-0.02676801890340.0107372004182-0.0460401405692-0.3318638926250.149502396113-0.1180064098660.2897777520630.005244762453880.2292444775470.664486016467-0.2642782875080.00363504213610.468884062037-0.08862516437150.534558974737-50.39666199542.0001324453-24.0443729131
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 321 through 356 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 357 through 463 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 15 through 134 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 135 through 191 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 192 through 320 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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