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Yorodumi- PDB-6wam: Structure of Acinetobacter baumannii Cap4 SAVED/CARF-domain conta... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wam | ||||||
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Title | Structure of Acinetobacter baumannii Cap4 SAVED/CARF-domain containing receptor | ||||||
Components | SAVED domain-containing protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / nuclease / DUF4297 / SAVED / CARF / phage immunity | ||||||
Function / homology | Function and homology information defense response to virus / endonuclease activity / Hydrolases; Acting on ester bonds / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acinetobacter baumannii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Lowey, B. / Whiteley, A.T. / Keszei, A.F.A. / Morehouse, B.R. / Antine, S.P. / Cabrera, V. / Schwede, F. / Mekalanos, J.J. / Shao, S. / Lee, A.S.Y. / Kranzusch, P.J. | ||||||
Citation | Journal: Cell / Year: 2020 Title: CBASS Immunity Uses CARF-Related Effectors to Sense 3'-5'- and 2'-5'-Linked Cyclic Oligonucleotide Signals and Protect Bacteria from Phage Infection. Authors: Lowey, B. / Whiteley, A.T. / Keszei, A.F.A. / Morehouse, B.R. / Mathews, I.T. / Antine, S.P. / Cabrera, V.J. / Kashin, D. / Niemann, P. / Jain, M. / Schwede, F. / Mekalanos, J.J. / Shao, S. ...Authors: Lowey, B. / Whiteley, A.T. / Keszei, A.F.A. / Morehouse, B.R. / Mathews, I.T. / Antine, S.P. / Cabrera, V.J. / Kashin, D. / Niemann, P. / Jain, M. / Schwede, F. / Mekalanos, J.J. / Shao, S. / Lee, A.S.Y. / Kranzusch, P.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wam.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wam.ent.gz | 864.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wam.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6wam_validation.pdf.gz | 492.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6wam_full_validation.pdf.gz | 514.9 KB | Display | |
Data in XML | 6wam_validation.xml.gz | 85.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6wam_validation.cif.gz | 116.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/6wam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/6wam | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6vm5C 6vm6SC 6wanC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 52209.676 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter baumannii (bacteria) / Gene: HMPREF0023_0548 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: C0VHC9 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.99 Å3/Da / Density % sol: 58.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4, 16% PEG-3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 15, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→39.6 Å / Num. obs: 100775 / % possible obs: 88.7 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 45.38 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 12.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.64 Å / Num. unique obs: 5818 / CC1/2: 0.808 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6VM6 Resolution: 2.6→39.6 Å / SU ML: 0.2736 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.9673
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→39.6 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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