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Yorodumi- PDB-6vm6: Structure of Acinetobacter baumannii Cap4 SAVED/CARF-domain conta... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vm6 | ||||||
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Title | Structure of Acinetobacter baumannii Cap4 SAVED/CARF-domain containing receptor with the cyclic trinucleotide 2'3'3'-cAAA | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / nuclease / DUF4297 / SAVED / CARF / phage immunity | ||||||
Function / homology | Function and homology information endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acinetobacter sp. ATCC 27244 (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Lowey, B. / Whiteley, A.T. / Keszei, A.F.A. / Morehouse, B.R. / Antine, S.P. / Cabrera, V. / Schwede, F. / Mekalanos, J.J. / Shao, S. / Lee, A.S.Y. / Kranzusch, P.J. | ||||||
Citation | Journal: Cell / Year: 2020 Title: CBASS Immunity Uses CARF-Related Effectors to Sense 3'-5'- and 2'-5'-Linked Cyclic Oligonucleotide Signals and Protect Bacteria from Phage Infection. Authors: Lowey, B. / Whiteley, A.T. / Keszei, A.F.A. / Morehouse, B.R. / Mathews, I.T. / Antine, S.P. / Cabrera, V.J. / Kashin, D. / Niemann, P. / Jain, M. / Schwede, F. / Mekalanos, J.J. / Shao, S. ...Authors: Lowey, B. / Whiteley, A.T. / Keszei, A.F.A. / Morehouse, B.R. / Mathews, I.T. / Antine, S.P. / Cabrera, V.J. / Kashin, D. / Niemann, P. / Jain, M. / Schwede, F. / Mekalanos, J.J. / Shao, S. / Lee, A.S.Y. / Kranzusch, P.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6vm6.cif.gz | 1.3 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6vm6.ent.gz | 910.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6vm6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6vm6_validation.pdf.gz | 523.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6vm6_full_validation.pdf.gz | 597.1 KB | Display | |
Data in XML | 6vm6_validation.xml.gz | 108.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6vm6_validation.cif.gz | 158.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/6vm6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/6vm6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 52209.676 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter sp. ATCC 27244 (bacteria) Gene: HMPREF0023_0548 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: C0VHC9 #2: RNA chain | Mass: 942.660 Da / Num. of mol.: 5 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.03 Å3/Da / Density % sol: 59.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 10% PEG-3350, 200 mM lithium sulfate, 100 mM imidazole pH 8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 14, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→49.21 Å / Num. obs: 217277 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 39.38 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 12.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.14 Å / Num. unique obs: 10452 / CC1/2: 0.55 / Rpim(I) all: 0.811 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.1→49.21 Å / SU ML: 0.2286 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.8732 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 54.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→49.21 Å
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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