PDB-6vhu: Klebsiella oxytoca NpsA N-terminal subdomain in space group P21

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vhu

タイトル

Klebsiella oxytoca NpsA N-terminal subdomain in space group P21

要素

NpsA Adenylation Domain

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / adenylation / tilivalline / tilimycin / NRPS / nonribosomal peptide synthetase

機能・相同性

機能・相同性情報

ligase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella oxytoca (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Kreitler, D.F. / Gulick, A.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020
タイトル: Biosynthesis, Mechanism of Action, and Inhibition of the Enterotoxin Tilimycin Produced by the Opportunistic PathogenKlebsiella oxytoca.
著者: Alexander, E.M. / Kreitler, D.F. / Guidolin, V. / Hurben, A.K. / Drake, E. / Villalta, P.W. / Balbo, S. / Gulick, A.M. / Aldrich, C.C.

履歴

登録	2020年1月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6vhu.ent.gz	252.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6vhu_validation.pdf.gz	264.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vhu_full_validation.pdf.gz	264.6 KB	表示
XML形式データ	6vhu_validation.xml.gz	1.5 KB	表示
CIF形式データ	6vhu_validation.cif.gz	11.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/6vhu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/6vhu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6vhtSC 6vhvC 6vhwC 6vhxC 6vhyC 6vhzC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7kk5-2 2zm7-d 1q2s-2 4dnj-d 1k4g-d 2wy8-d 1enu-d 2zpg-d 2rcw-d 1k4h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NpsA Adenylation Domain

B: NpsA Adenylation Domain

ヘテロ分子

88.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NpsA Adenylation Domain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
44.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NpsA Adenylation Domain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.949, 59.114, 80.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.124, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	NpsA Adenylation Domain 分子量: 43960.355 Da / 分子数: 2 / 変異: E312A, E313A, Q314A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: NPSA / プラスミド: pET15 / 詳細 (発現宿主): N-term TEV tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2U4DY99

-
非ポリマー , 5種, 556分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 546 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.55 % / 解説: 3D
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: well solution: 100 mM HEPES pH 7.5, 150 mM KBr, 30% w/v PEG3350 protein solution (15 mg/mL): 50 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.2 mM TCEP hanging drops: 1 uL protein solution, 1 uL well solution PH範囲: 7.5-8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03322 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月25日
放射	モノクロメーター: 1.03322 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03322 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→70.6 Å / Num. obs: 84862 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 20.6 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.132 / R_sym value: 0.121 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3365 / CC_1/2: 0.381 / R_pim(I) all: 0.805 / R_rim(I) all: 1.944 / R_sym value: 1.757 / % possible all: 77.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
autoPROC	1.0.5 (20181127)	データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	1.15_3459	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6vht

6vht

解像度: 1.6→70.6 Å / SU ML: 0.2036 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.1528

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2184	4200	4.95 %
R_work	0.188	-	-
obs	0.1895	84837	96.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→70.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5759	0	24	546	6329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0132	5988
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9312	8181
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0666	975
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0062	1057
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.0615	2164

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.3272	126	0.3002	2061	X-RAY DIFFRACTION	75.73
1.62-1.63	0.3591	105	0.2887	2340	X-RAY DIFFRACTION	82.52
1.63-1.65	0.2985	138	0.2908	2503	X-RAY DIFFRACTION	92.89
1.65-1.68	0.2952	140	0.2697	2640	X-RAY DIFFRACTION	94.4
1.68-1.7	0.2882	146	0.2538	2671	X-RAY DIFFRACTION	96.51
1.7-1.72	0.3013	114	0.2426	2720	X-RAY DIFFRACTION	96.76
1.72-1.75	0.264	133	0.2415	2662	X-RAY DIFFRACTION	96.51
1.75-1.77	0.2546	142	0.2385	2678	X-RAY DIFFRACTION	97.11
1.77-1.8	0.2737	145	0.2364	2727	X-RAY DIFFRACTION	97.19
1.8-1.83	0.2851	120	0.2328	2673	X-RAY DIFFRACTION	96.64
1.83-1.86	0.2564	125	0.2339	2719	X-RAY DIFFRACTION	97.43
1.86-1.89	0.3596	125	0.2334	2744	X-RAY DIFFRACTION	97.75
1.89-1.93	0.2689	140	0.2239	2689	X-RAY DIFFRACTION	97.45
1.93-1.97	0.241	131	0.2091	2713	X-RAY DIFFRACTION	97.3
1.97-2.01	0.2421	141	0.1971	2715	X-RAY DIFFRACTION	97.47
2.01-2.06	0.2099	163	0.1943	2709	X-RAY DIFFRACTION	97.95
2.06-2.11	0.2222	144	0.1928	2726	X-RAY DIFFRACTION	97.99
2.11-2.17	0.2144	137	0.1911	2738	X-RAY DIFFRACTION	98.06
2.17-2.23	0.2103	154	0.1861	2685	X-RAY DIFFRACTION	98.17
2.23-2.3	0.2143	143	0.1824	2733	X-RAY DIFFRACTION	98.39
2.3-2.39	0.2174	144	0.1827	2757	X-RAY DIFFRACTION	98.61
2.39-2.48	0.2099	164	0.1848	2730	X-RAY DIFFRACTION	98.64
2.48-2.6	0.227	148	0.1837	2740	X-RAY DIFFRACTION	98.37
2.6-2.73	0.2215	162	0.1866	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.11
2.73-2.9	0.1927	145	0.1805	2773	X-RAY DIFFRACTION	98.88
2.9-3.13	0.1942	147	0.1803	2793	X-RAY DIFFRACTION	99.16
3.13-3.44	0.226	133	0.161	2788	X-RAY DIFFRACTION	99.22
3.44-3.94	0.1463	158	0.1565	2775	X-RAY DIFFRACTION	99.32
3.94-4.96	0.1811	142	0.1529	2820	X-RAY DIFFRACTION	99.46
4.96-70.6	0.2529	145	0.1934	2886	X-RAY DIFFRACTION	99.38

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7070273068	0.126122542357	-0.378277948008	1.70828347439	-0.0708709474051	1.97197098243	0.0394175820274	-0.114918571537	0.142220121247	0.146201576922	-0.0415004974467	-0.163184570159	-0.169893353038	0.149802019516	-0.00908977776036	0.157576675808	-0.0476292068146	-0.036165693525	0.125856808851	-0.0102775747085	0.141024398397	29.7674564017	11.9376288278	26.7131792174
2	3.38531054536	-0.0811118502148	-0.711322532022	3.8923942241	-0.197188077019	0.791481569923	0.0978628113852	0.237852942488	0.174872287248	-0.257859289826	-0.0257101397465	0.488347694496	-0.168314238045	-0.432220962425	-0.0694692560749	0.215059723888	0.0262586011994	-0.0088554452066	0.266282637926	-0.000588699223578	0.21312576991	10.1321651905	10.1898577262	25.1753248295
3	1.27438693275	-1.54391896194	1.31816709241	3.07002679416	-1.8853388609	1.65627154176	-0.0419012145508	-0.220676009764	0.680035476272	0.461211430787	-0.171143950111	-0.37122454411	-0.234692488494	0.0292147369195	0.227699148599	0.268811976506	-0.0403739844506	-0.050055862793	0.180511935652	-0.0413739205814	0.139321329911	24.0110578646	15.4301762757	33.9714127063
4	0.369621498699	-0.0753743997768	-0.0540889395609	1.04514194157	-0.315836453322	1.8278192161	0.0429448805172	0.108976799469	0.00674902237972	-0.148646116681	-0.0699221591832	-0.0598733829728	0.00466978877443	0.00373852785821	0.0314395044805	0.13860161046	-0.00333002406382	0.00454716661851	0.153936446309	0.00154529300036	0.117237596532	26.957580341	-0.622999558984	10.9603078075
5	2.08388355384	0.59953127119	-0.50306691871	2.28912494089	0.411193467178	2.01885481697	-0.0326331550363	0.0486234955787	-0.14137478775	-0.0931664482026	-0.0153313863914	0.0289486917283	0.230582621489	-0.0376797569592	0.0514171494356	0.139444903963	0.00480415575443	-0.0377932013013	0.116969648069	0.0115931083302	0.120627733565	20.9266177005	-19.8851409988	20.4537849462
6	2.1858318745	-0.0331821913826	-0.744683909632	1.82617557841	0.492406560951	1.78327386778	0.0469919048897	0.125735947139	0.18483957851	-0.377913385931	0.0400625262711	-0.0204180086248	-0.278101159846	0.123470953462	-0.0782958574411	0.237899309494	-0.0160833776901	-0.00927126952814	0.177308915756	0.00414006453798	0.205815285783	14.2872098938	9.92915120102	-24.8933471798
7	1.15007463588	0.521687770523	-0.0342050349316	1.51351409508	0.67774155654	1.43366379074	-0.0221429309826	-0.087942003151	-0.213428125702	0.154776842201	-0.049070079919	0.0975452051675	0.245914685771	-0.0559999475022	0.071374838426	0.146986225569	0.00118585968853	0.000628738017532	0.177677281123	0.0179468350261	0.221005561875	9.28110256576	-8.55675853564	-12.479780897

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 83 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 84 through 125 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 126 through 152 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 153 through 308 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 309 through 401 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 10 through 213 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 214 through 401 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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