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- PDB-6vci: Lipophilic envelope-spanning tunnel protein (LetB), domains MCE2-MCE3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vci
タイトルLipophilic envelope-spanning tunnel protein (LetB), domains MCE2-MCE3
要素Lipophilic envelope-spanning tunnel protein LetB
キーワードLIPID TRANSPORT / bacterial cell envelope / MCE / YebT / LetB
機能・相同性: / Mce/MlaD / MlaD protein / intermembrane lipid transfer / membrane organization / outer membrane-bounded periplasmic space / identical protein binding / plasma membrane / Lipophilic envelope-spanning tunnel protein B
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Isom, G.L. / Coudray, N. / MacRae, M.R. / McManus, C.T. / Ekiert, D.C. / Bhabha, G.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00GM112982 米国
Other privateDFS-20-16 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM128777-01 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)ACB-12002 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)AGM-12006 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: LetB Structure Reveals a Tunnel for Lipid Transport across the Bacterial Envelope.
著者: Georgia L Isom / Nicolas Coudray / Mark R MacRae / Collin T McManus / Damian C Ekiert / Gira Bhabha /
要旨: Gram-negative bacteria are surrounded by an outer membrane composed of phospholipids and lipopolysaccharide, which acts as a barrier and contributes to antibiotic resistance. The systems that mediate ...Gram-negative bacteria are surrounded by an outer membrane composed of phospholipids and lipopolysaccharide, which acts as a barrier and contributes to antibiotic resistance. The systems that mediate phospholipid trafficking across the periplasm, such as MCE (Mammalian Cell Entry) transporters, have not been well characterized. Our ~3.5 Å cryo-EM structure of the E. coli MCE protein LetB reveals an ~0.6 megadalton complex that consists of seven stacked rings, with a central hydrophobic tunnel sufficiently long to span the periplasm. Lipids bind inside the tunnel, suggesting that it functions as a pathway for lipid transport. Cryo-EM structures in the open and closed states reveal a dynamic tunnel lining, with implications for gating or substrate translocation. Our results support a model in which LetB establishes a physical link between the two membranes and creates a hydrophobic pathway for the translocation of lipids across the periplasm.
履歴
登録2019年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年3月16日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Lipophilic envelope-spanning tunnel protein LetB
A: Lipophilic envelope-spanning tunnel protein LetB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8402
ポリマ－50,8402
非ポリマー00
水86548
1
C: Lipophilic envelope-spanning tunnel protein LetB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4201
ポリマ－25,4201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Lipophilic envelope-spanning tunnel protein LetB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4201
ポリマ－25,4201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.560, 87.560, 116.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Lipophilic envelope-spanning tunnel protein LetB / Intermembrane transport protein YebT


分子量: 25419.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: yebT, b1834, JW1823 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P76272
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.07 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Crystals grew from drops consisting of 100 nL protein plus 100 nL of a reservoir solution consisting of 0.1 M Tris pH 8.5, 20% w/v PEG 1K, and were cryoprotected by supplementing the ...詳細: Crystals grew from drops consisting of 100 nL protein plus 100 nL of a reservoir solution consisting of 0.1 M Tris pH 8.5, 20% w/v PEG 1K, and were cryoprotected by supplementing the reservoir solution with 15% ethylene glycol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月29日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→46.32 Å / Num. obs: 27654 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.4 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Num. unique obs: 26145 / CC1/2: 0.62 / Rrim(I) all: 1.26 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6V0F

6v0f


解像度: 2.15→41 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2436 1321 5.05 %Random
Rwork0.2136 ---
obs-26145 99.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3246 0 0 48 3294
LS精密化 シェル解像度: 2.1502→2.2362 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3755 --
Rwork0.3477 --
obs-2429 79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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