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万見
- PDB-6vb9: Covalent adduct of cis-2,3-epoxysuccinic acid with Isocitrate Lya... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vb9
タイトルCovalent adduct of cis-2,3-epoxysuccinic acid with Isocitrate Lyase-1 from Mycobacterium tuberculosis
要素Isocitrate lyase
キーワードLYASE / enzyme / covalent inhibitor / substrate analog / Structural Genomics / PSI-Biology / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


methylisocitrate lyase activity / isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / isocitrate metabolic process / response to host immune response / carboxylic acid metabolic process / glyoxylate cycle / zymogen binding / tricarboxylic acid cycle / cellular response to hypoxia ...methylisocitrate lyase activity / isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / isocitrate metabolic process / response to host immune response / carboxylic acid metabolic process / glyoxylate cycle / zymogen binding / tricarboxylic acid cycle / cellular response to hypoxia / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isocitrate lyase / Isocitrate lyase family / Isocitrate lyase/phosphorylmutase, conserved site / Isocitrate lyase signature. / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / OXALIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Isocitrate lyase / Isocitrate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.881 Å
データ登録者Krieger, I.V. / Pham, T.V. / Meek, T.D. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01A1095208 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Covalent Inactivation of Mycobacterium tuberculosis Isocitrate Lyase by cis -2,3-Epoxy-Succinic Acid.
著者: Pham, T.V. / Mellott, D.M. / Moghadamchargari, Z. / Chen, K. / Krieger, I. / Laganowsky, A. / Sacchettini, J.C. / Meek, T.D.
履歴
登録2019年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate lyase
B: Isocitrate lyase
C: Isocitrate lyase
D: Isocitrate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,47826
ポリマ－190,1954
非ポリマー1,28322
水17,493971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34410 Å2
ΔGint-209 kcal/mol
Surface area49110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.065, 129.065, 167.825
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Isocitrate lyase


分子量: 47548.742 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cys 196 is chemically modified by cis-2,3-epoxysuccinic acid
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: aceA_1, aceA, ERS007703_00218, ERS023446_00716, ERS027651_01707, EZX46_15490, FDK60_05445, FDK62_09180, SAMEA2682864_01056, SAMEA2683035_00941
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A045H6H0, UniProt: P9WKK7*PLUS, isocitrate lyase

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非ポリマー , 5種, 993分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-OXD / OXALIC ACID / シュウ酸


分子量: 90.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H2O4
#4: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 971 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
非ポリマーの詳細GOX represents glyoxylate hydrate

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.45 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris pH 8.0 Sodium Acetate (0.2 M) 30% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 160 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 120374 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 24.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.3 / Rpim(I) all: 0.104 / Rrim(I) all: 0.318 / Χ2: 0.559 / Net I/σ(I): 2.2 / Num. measured all: 1087767
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.88-1.914.92.68734940.1311.33.0020.44153.1
1.91-1.955.32.40338820.1961.1172.6620.44859.4
1.95-1.985.62.10143410.280.9382.3110.45666.1
1.98-2.036.11.92647710.3110.8262.1030.45172.5
2.03-2.076.61.65551990.3860.6841.7980.46279.3
2.07-2.127.11.44457680.460.5741.5590.46987.7
2.12-2.177.91.27362420.550.4791.3650.47595.3
2.17-2.239.81.1466170.7120.3831.2050.47999.8
2.23-2.2910.41.02865980.7490.3361.0830.499100
2.29-2.3710.30.87865520.8330.2880.9250.501100
2.37-2.4510.20.76365870.8570.2520.8040.513100
2.45-2.559.60.63566280.8640.2170.6730.51999.8
2.55-2.6710.20.51366130.9220.1690.5410.53799.9
2.67-2.8110.40.43466300.9470.1420.4580.54599.9
2.81-2.9810.10.33466530.9660.1110.3530.592100
2.98-3.219.70.27266040.970.0920.2880.62999.3
3.21-3.5410.40.19866780.9850.0640.2080.68100
3.54-4.05100.1467050.9910.0460.1470.74899.9
4.05-5.110.20.1167930.9940.0360.1160.70999.8
5.1-509.60.08570190.9970.0290.090.59799.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F8I

1f8i


解像度: 1.881→48.935 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2276 5913 4.96 %
Rwork0.1789 --
obs0.1813 119322 89.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 79.82 Å2 / Biso mean: 26.5554 Å2 / Biso min: 9.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.881→48.935 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13268 0 103 971 14342
Biso mean--35.48 27.73 -
残基数----1708
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713715
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85318647
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0542043
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062468
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.67111043
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8814-1.90280.35391140.3509192646
1.9028-1.92520.38021100.3216211651
1.9252-1.94860.38561220.2951238958
1.9486-1.97330.33561580.2715260163
1.9733-1.99930.30871440.2715283968
1.9993-2.02670.33551470.2717296771
2.0267-2.05560.30451700.2567319777
2.0556-2.08630.30951900.2411342682
2.0863-2.11890.31511680.2334372789
2.1189-2.15360.30551900.2287393594
2.1536-2.19080.27562230.2266410899
2.1908-2.23060.27922290.22024165100
2.2306-2.27350.2962160.21154187100
2.2735-2.31990.28182250.2024122100
2.3199-2.37040.24012160.20084178100
2.3704-2.42550.25172240.2014186100
2.4255-2.48620.23832050.19814194100
2.4862-2.55340.25822140.1964184100
2.5534-2.62850.26152220.1854179100
2.6285-2.71340.23552140.18824198100
2.7134-2.81030.25771950.18384230100
2.8103-2.92280.2482140.18134207100
2.9228-3.05580.20122380.17934175100
3.0558-3.21690.2282020.1844420899
3.2169-3.41840.21462100.174253100
3.4184-3.68230.19852130.15414236100
3.6823-4.05270.182230.14034241100
4.0527-4.63870.18652480.12854257100
4.6387-5.84280.16212500.12994305100
5.8428-48.930.17622190.1428447399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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