[日本語] English
万見
- PDB-6v7l: The structure of the P212121 crystal form of canavalin at 173 K -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v7l
タイトルThe structure of the P212121 crystal form of canavalin at 173 K
要素Canavalin
キーワードPLANT PROTEIN / precanavalin / proteolytic cleavage / vicillim / storage protein / benzoic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / protein-containing complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / Canavalin
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者McPherson, A.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Binding of benzoic acid and anions within the cupin domains of the vicilin protein canavalin from jack bean (Canavalia ensiformis): Crystal structures.
著者: McPherson, A.
履歴
登録2019年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Canavalin
B: Canavalin
C: Canavalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,5176
ポリマ－151,1503
非ポリマー3663
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assembled in the plant seed
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15860 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area39630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.889, 90.511, 183.739
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 46 - 424 / Label seq-ID: 46 - 424

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Canavalin


分子量: 50383.469 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
発現宿主: Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 参照: UniProt: P50477
#2: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: elongated regtangular prisms
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Crystals were grown by sitting drop vapor diffusion from 18% PEG 3350 in 0.1 M HEPES reservoirs. The drops were equal amounts of a 40 mg/ml solution of precanavalin (not treated with any ...詳細: Crystals were grown by sitting drop vapor diffusion from 18% PEG 3350 in 0.1 M HEPES reservoirs. The drops were equal amounts of a 40 mg/ml solution of precanavalin (not treated with any exogenous protease) in water. Crystals grew only after six to eight weeks at room temperature.
PH範囲: 7.0 - 7.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→60 Å / Num. obs: 28813 / % possible obs: 73.4 % / 冗長度: 17.2 % / Biso Wilson estimate: 54 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.282 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.29 / Rsym value: 0.275 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 2131 / CC1/2: 0.025 / % possible all: 8.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CAX

1cax


解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 51.145 / SU ML: 0.386 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.438 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1442 5.1 %RANDOM
Rwork0.1933 ---
obs0.1962 27012 78.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 240.45 Å2 / Biso mean: 78.346 Å2 / Biso min: 21.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.59 Å20 Å20 Å2
2---1.34 Å20 Å2
3---2.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8406 0 42 83 8531
Biso mean--102.43 62.9 -
残基数----1046
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0138649
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0177989
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2851.64511714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1281.57318591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.42451052
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.97823.023516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.143151519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1911563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0420.21095
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021773
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A10588
12B10588
21A10568
22C10568
31B10604
32C10604
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.506 48 -
Rwork0.529 857 -
all-905 -
obs--34.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.97530.37951.57982.2330.96682.30350.0666-0.1029-0.53630.61060.2084-0.37480.32910.2252-0.2750.3358-0.00730.00040.1287-0.06430.225952.899525.644321.1993
21.8525-1.11620.50893.62660.34561.7428-0.0197-0.21310.23570.64520.1694-0.7354-0.37570.5536-0.14980.6381-0.2119-0.13160.3167-0.1080.193762.793159.033338.4284
31.01630.92860.43264.49931.82051.5318-0.09470.02060.1436-0.3408-0.18140.4708-0.7053-0.21270.27610.50190.0586-0.03030.0809-0.08160.120232.995358.079213.7424
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A46 - 424
2X-RAY DIFFRACTION2B46 - 424
3X-RAY DIFFRACTION3C46 - 424

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る