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万見
- PDB-3s7e: Crystal structure of Ara h 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s7e
タイトルCrystal structure of Ara h 1
要素Allergen Ara h 1, clone P41B
キーワードALLERGEN / bicupin / vicilin / seed storage protein
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Allergen Ara h 1, clone P41B
類似検索 - 構成要素
生物種Arachis hypogaea (トウジンマメ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Chruszcz, M. / Maleki, S.J. / Solberg, R. / Minor, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural and Immunologic Characterization of Ara h 1, a Major Peanut Allergen.
著者: Chruszcz, M. / Maleki, S.J. / Majorek, K.A. / Demas, M. / Bublin, M. / Solberg, R. / Hurlburt, B.K. / Ruan, S. / Mattisohn, C.P. / Breiteneder, H. / Minor, W.
履歴
登録2011年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月14日Group: Database references
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Allergen Ara h 1, clone P41B
B: Allergen Ara h 1, clone P41B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2694
ポリマ－95,1982
非ポリマー712
水50428
1
A: Allergen Ara h 1, clone P41B
ヘテロ分子

A: Allergen Ara h 1, clone P41B
ヘテロ分子

A: Allergen Ara h 1, clone P41B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,9036
ポリマ－142,7973
非ポリマー1063
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area15640 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area40310 Å2
手法PISA
2
B: Allergen Ara h 1, clone P41B
ヘテロ分子

B: Allergen Ara h 1, clone P41B
ヘテロ分子

B: Allergen Ara h 1, clone P41B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,9036
ポリマ－142,7973
非ポリマー1063
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area15240 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area40450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.368, 93.368, 237.111
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 172 - 585 / Label seq-ID: 4 - 417

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Allergen Ara h 1, clone P41B / Allergen Ara h I


分子量: 47599.012 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 170-586 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ)
プラスミド: pET9a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P43238
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 15% PEG400, 100 mM NaCl, Na citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5718 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月25日 / 詳細: mirrors (VariMax)
放射モノクロメーター: VariMax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5718 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.761
11-H-K, K, -L20.239
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 19169 / Num. obs: 19169 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 34.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique all: 680 / Rsym value: 0.159 / % possible all: 64.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
Cootモデル構築
CCP4精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EA7

2ea7


解像度: 2.71→25.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.76 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.717 / SU B: 36.192 / SU ML: 0.355 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. LOW VALUES OF THE CORRELATION COEFFICIENTS ARE MOST LIKELY CAUSED BY POOR QUALITY OF THE CRYSTAL USED FOR THE EXPERIMENT. DIFFRACTION DATA ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. LOW VALUES OF THE CORRELATION COEFFICIENTS ARE MOST LIKELY CAUSED BY POOR QUALITY OF THE CRYSTAL USED FOR THE EXPERIMENT. DIFFRACTION DATA FROM THIS CRYSTAL ARE HIGHLY ANISOTROPIC.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25968 834 5 %RANDOM
Rwork0.23646 ---
all0.2376 15974 --
obs0.2376 15974 80.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.248 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.62 Å20 Å20 Å2
2---4.62 Å20 Å2
3---9.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→25.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5676 0 2 28 5706
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225774
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023875
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3281.9447810
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.29939441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0345724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.7724.884301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.70115961
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8071540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216554
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021146
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5411.53641
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.51473
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.83625834
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.65932133
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1364.51976
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A2117tight positional0.030.05
A2475medium positional0.10.5
B2117tight thermal0.030.5
B2475medium thermal0.612
LS精密化 シェル解像度: 2.71→2.78 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 48 -
Rwork0.296 707 -
obs--48.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.672-0.47860.08581.94370.06730.02280.0068-0.03660.34620.0534-0.0133-0.3077-0.01760.04480.00650.1857-0.0119-0.00550.1934-0.00710.095815.73515.53-0.166
22.2986-0.1048-0.12431.00310.11310.1290.01480.0721-0.2984-0.01850.03680.0170.10730.0268-0.05160.2388-0.0048-0.04660.191-0.01050.1559-2.78832.02238.602
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A171 - 586
2X-RAY DIFFRACTION2B171 - 586

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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