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- PDB-6v7j: The C2221 crystal form of canavalin at 173 K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v7j
タイトルThe C2221 crystal form of canavalin at 173 K
要素Canavalin
キーワードPLANT PROTEIN / storage protein / trimer / benzoic acid / enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / protein-containing complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / Canavalin
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者McPherson, A.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Binding of benzoic acid and anions within the cupin domains of the vicilin protein canavalin from jack bean (Canavalia ensiformis): Crystal structures.
著者: McPherson, A.
履歴
登録2019年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Canavalin
B: Canavalin
C: Canavalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,05712
ポリマ－151,2943
非ポリマー7639
水8,593477
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18000 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area37940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.347, 149.247, 128.046
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 46 - 424 / Label seq-ID: 46 - 424

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Canavalin


分子量: 50431.469 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
発現宿主: Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 参照: UniProt: P50477
#2: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
解説: Rectangular blocks with edge lengths that occasionally exceeded 1.5 mm
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Vapor diffusion in Cryschem sitting drop plates at room temperature. Reservoirs were Dulbeccos Phosphate buffered saline at pH 6.5. Drops were equal amounts of the reservoir and a 40 mg/ml ...詳細: Vapor diffusion in Cryschem sitting drop plates at room temperature. Reservoirs were Dulbeccos Phosphate buffered saline at pH 6.5. Drops were equal amounts of the reservoir and a 40 mg/ml solution of the protein dissolved in water with a trace of ammonium hydroxide. Crystallization time was 24 to 48 hours.
PH範囲: 6.0 - 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50.01 Å / Num. obs: 72246 / % possible obs: 82 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 56 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.176 / Rsym value: 0.16 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 2336 / CC1/2: 0.133 / % possible all: 43.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CAX

1cax


解像度: 2→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 15.997 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2474 3636 5.1 %RANDOM
Rwork0.1957 ---
obs0.1982 67935 81.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 146.89 Å2 / Biso mean: 47.735 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.63 Å20 Å20 Å2
2---1.83 Å20 Å2
3---3.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8496 0 48 478 9022
Biso mean--62.41 53.11 -
残基数----1055
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0138812
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0178121
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3451.64711952
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2091.57318929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.14751083
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.92523.008532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.666151559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6931566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.21115
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029899
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021807
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A10780
12B10780
21A10672
22C10672
31B10742
32C10742
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 148 -
Rwork0.395 2752 -
all-2900 -
obs--44.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0494-0.0861-0.07180.4996-0.22160.71060.02180.016-0.0708-0.0323-0.03780.0825-0.01950.00150.0160.22060.008-0.03220.0193-0.02660.169451.927216.13913.6705
20.0851-0.1784-0.14380.64480.1080.55930.01780.01250.02330.0220.02740.0395-0.0650.007-0.04530.2650.0310.00930.04510.01420.131149.458554.308910.6998
30.0534-0.1401-0.08810.9371-0.07240.361-0.0143-0.0023-0.01260.1040.045-0.0061-0.0691-0.0283-0.03080.24590.0278-0.00220.0138-0.00230.140146.114437.140245.0249
40000000000000000.1083000.108300.1083000
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A46 - 424
2X-RAY DIFFRACTION2B46 - 424
3X-RAY DIFFRACTION3C46 - 424
4X-RAY DIFFRACTION4C0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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