PDB-6v2s: Crystal Structure of chromodomain of MPP8 in complex with inhibit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6v2s

タイトル

Crystal Structure of chromodomain of MPP8 in complex with inhibitor UNC3866

要素

M-phase phosphoprotein 8
UNC3866

キーワード

GENE REGULATION / structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / negative regulation of gene expression, epigenetic / heterochromatin / histone reader activity / methylated histone binding / nucleosome / chromatin binding / nucleolus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Liu, Y. / Tempel, W. / Walker, J.R. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for the Binding Selectivity of Human CDY Chromodomains.
著者: Dong, C. / Liu, Y. / Lyu, T.J. / Beldar, S. / Lamb, K.N. / Tempel, W. / Li, Y. / Li, Z. / James, L.I. / Qin, S. / Wang, Y. / Min, J.

履歴

登録	2019年11月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6v2s.cif.gz	87.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6v2s.ent.gz	54.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6v2s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/6v2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/6v2s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2mj8C 6v2dC 6v2hC 6v2rC 6v3nC 6v41C 6v8wC 3r93S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3i5w-d 2kug-d 1cta-d 7jh1-d 6log-d 2k1b-d 6t51-d 3dso-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: M-phase phosphoprotein 8

B: M-phase phosphoprotein 8

C: UNC3866

D: UNC3866

ヘテロ分子

18.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: M-phase phosphoprotein 8

C: UNC3866

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
9.19 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: M-phase phosphoprotein 8

D: UNC3866

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
9.58 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.697, 51.043, 73.781
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

#1: タンパク質	M-phase phosphoprotein 8 / Two hybrid-associated protein 3 with RanBPM / Twa3 分子量: 7344.350 Da / 分子数: 2 / 断片: chromodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MPHOSPH8, MPP8 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q99549
#2: タンパク質・ペプチド	UNC3866 タイプ: Oligopeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 795.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UNC3866
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子量: 131.173 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG 4K, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris hydrochloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.57→24.59 Å / Num. obs: 20834 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 19.65 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.04 / R_rim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 28.6

反射シェル

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs
8.62-24.59	95.8	5.3	0.018	155	1	0.02	85.8
1.57-1.6	97.7	6.6	0.805	1002	0.831	0.873	2.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
Aimless	0.5.27	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3r93

3r93

解像度: 1.6→24.12 Å / SU ML: 0.1946 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 23.9606

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2426	940	4.74 %	thin shells (sftools)
R_work	0.2083	-	-	-
obs	0.2099	19816	99.61 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→24.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1095	0	19	80	1194

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0116	1161
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3029	1566
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0765	163
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0087	196
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.2944	452

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.68	0.2692	211	0.2341	2538	X-RAY DIFFRACTION	99.1
1.68-1.79	0.2773	85	0.2179	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.1
1.79-1.93	0.2515	87	0.209	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.93-2.12	0.301	159	0.2075	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.12-2.43	0.2395	114	0.2225	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.43-3.06	0.2497	156	0.2188	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.06-24.12	0.2144	128	0.1944	2866	X-RAY DIFFRACTION	99.83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.05174624809	0.350160143544	2.8061323901	0.133290533719	0.558350687773	3.89462050875	0.260673309965	0.0621017627408	-0.587886326256	-0.103230591313	-0.323569285068	-1.52729735734	0.066731496909	0.813531801252	-0.174889744394	0.461650509119	0.0791259134925	-0.0543378156042	0.354855955596	0.0345989134901	0.52326007261	-4.65402730886	-1.4328890012	1.84467843163
2	3.25811471619	0.217251307205	1.34142762093	2.92228276408	0.337727205216	3.52158654871	-0.00805736697986	-0.299107882408	-0.0603668024194	0.210162902882	-0.0878322452573	0.0506146180492	0.104262178338	0.0185000209344	0.146586076966	0.17290274399	-0.0101434915233	-0.00446446288305	0.18537910554	0.010147642139	0.158279984065	-17.1146194669	6.36959809659	1.48681305852
3	3.139145778	0.705306501785	1.32141224311	3.61338075454	1.35597491497	4.31043894448	0.302527733798	0.347834769789	-0.171401736214	-0.408541475132	0.148900645766	-0.620586260498	-0.00467541140198	0.571996821271	-0.377675633209	0.227633016277	0.00873231023069	0.0307322929415	0.249205012832	-0.00317331442624	0.278570254309	-12.2421289965	5.88698893122	-5.49188027735
4	4.89864314768	-2.02869462267	0.486546561819	4.37165238153	1.1739994968	3.31893102404	-0.0793642906208	-0.118818129587	-0.156866057213	0.373490564369	0.0898020434245	0.150569540809	0.416780464331	-0.343442247511	-0.00095435417793	0.158969805583	-0.0391764260256	0.00594072758731	0.192871123509	-0.00437077758055	0.141317875393	-26.153537227	3.16083763387	-7.95098784759
5	2.42559622568	0.797750272297	0.293705620306	3.23044149549	0.374476129769	4.79039991401	-0.135179530853	0.145990829514	-0.326225994285	-0.53083235582	0.0709606549413	-0.20990289235	0.0660545832303	0.315994566145	-0.179671538891	0.174046348864	0.00481721417283	0.0811598214546	0.193161978785	0.0260232329004	0.199242821567	-27.696757857	-8.06317011232	11.4128073986
6	2.52771760038	1.08942134823	-0.355966230859	4.81272480674	-0.97187079315	3.83844040794	0.126589840535	-0.0300649359807	0.0326104216338	-0.214526209573	-0.0945009580106	-0.300660774215	-0.109281906806	0.218255846173	-0.0619682238273	0.154586285636	0.0173119877658	0.0545881300613	0.152889104405	0.00672889648261	0.182938783256	-28.0659091428	-2.70445718099	10.6099846639
7	2.2549030625	-0.510237749401	0.808927380008	2.77743491855	-0.500671339734	6.29719579781	-0.0457406734489	-0.103932619555	-0.240619888347	-0.00109509365599	-0.0445821625114	-0.3681599243	0.823673998932	0.288968266368	0.0222050407245	0.196884354427	0.0312877507159	0.0154205908727	0.158361628275	0.0197237294109	0.219546305942	-26.0672248954	-10.6628337794	15.6507579735
8	0.685630922368	-0.711259339407	1.53096703062	2.42544901466	0.153277312392	4.4398115136	0.63485640993	-0.618052946172	-0.227891863056	-0.312523068181	-0.0771562280242	0.33090790779	0.859700557463	-1.33053767801	0.153939115062	0.416459697992	-0.206339999946	-0.0405694274687	0.43028004177	0.0164391533971	0.252489988362	-39.2386835803	-15.2977697872	10.0282484823
9	7.5101619851	6.04082273614	-2.31493413445	6.62080999156	-0.67785710858	2.50377267886	0.215073134339	0.00385705509298	0.358631911566	-0.241618372836	-0.205649968854	-0.819218717682	0.633555046534	0.672602136843	-0.234613343114	0.57593810165	0.0772322814973	0.0928264091322	0.378362650562	-0.0506740975424	0.384903343244	-6.70556609681	2.49368812031	-2.68436796628
10	1.29623771114	-0.677216430572	-2.05304330089	8.26446231147	0.997131836457	4.21131830031	0.200996419247	-0.172165004398	-0.21241843877	0.271087113552	0.104358157787	-0.760903051978	0.459799918712	0.476737489301	-0.127034582543	-0.0163256970067	0.0711357848664	-0.0565992003405	0.462775975768	0.0675128200641	0.234122349451	-24.2917511289	-6.79639622645	19.7775952524

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 56 through 60 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 61 through 88 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 89 through 99 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 100 through 115 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 57 through 72 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 73 through 88 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 99 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 100 through 116 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 3 through 4 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 3 through 4 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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